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万見
- PDB-3qg6: Structural Basis for Ligand Recognition and Discrimination of a Q... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qg6
タイトルStructural Basis for Ligand Recognition and Discrimination of a Quorum Quenching Antibody
要素
  • AP4-24H11 Heavy Chain
  • AP4-24H11 Light Chain
  • Agr autoinducing peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / Immunoglobulin Fold / Antigen binding / AIP4 binding / Secreted / IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex
機能・相同性Staphylococcal AgrD / Staphylococcal AgrD protein / Staphylococcal AgrD protein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Agr autoinducing peptide
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kirchdoerfer, R.N. / Janda, J.D. / Kaufmann, G.F. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for Ligand Recognition and Discrimination of a Quorum-quenching Antibody.
著者: Kirchdoerfer, R.N. / Garner, A.L. / Flack, C.E. / Mee, J.M. / Horswill, A.R. / Janda, K.D. / Kaufmann, G.F. / Wilson, I.A.
履歴
登録2011年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP4-24H11 Light Chain
B: AP4-24H11 Heavy Chain
H: AP4-24H11 Heavy Chain
L: AP4-24H11 Light Chain
C: Agr autoinducing peptide
D: Agr autoinducing peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,06017
ポリマ－96,4256
非ポリマー63511
水5,296294
1
A: AP4-24H11 Light Chain
B: AP4-24H11 Heavy Chain
D: Agr autoinducing peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4978
ポリマ－48,2133
非ポリマー2855
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20030 Å2
手法PISA
2
H: AP4-24H11 Heavy Chain
L: AP4-24H11 Light Chain
C: Agr autoinducing peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5639
ポリマ－48,2133
非ポリマー3506
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.360, 98.498, 73.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21L
12B
22H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRLYSLYSAA5 - 2075 - 212
21THRTHRLYSLYSLD5 - 2075 - 212
12GLNGLNTHRTHRBB5 - 1105 - 110
22GLNGLNTHRTHRHC5 - 1105 - 110

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質・ペプチド Agr autoinducing peptide


分子量: 1027.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: the peptide was chemically synthesized / 参照: UniProt: Q9F6Z3

-
抗体 , 2種, 4分子 ALBH

#1: 抗体 AP4-24H11 Light Chain


分子量: 24137.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体 AP4-24H11 Heavy Chain


分子量: 23047.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 305分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 29mM Zinc chloride, 20% PEG 4000, 0.1M sodium cacodylate. Cryoprotection in 20% Glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→39.74 Å / Num. all: 29017 / Num. obs: 29017 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 40.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 90.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 15C8

15c8


解像度: 2.5→39.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 18.676 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23877 1477 5.1 %RANDOM
Rwork0.18354 ---
all0.18637 29017 --
obs0.18637 27360 93.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.847 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.17 Å20 Å20.11 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----1.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6695 0 11 294 7000
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226872
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4611.9669370
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.469311162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2335847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.53624.135266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.917151081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9541526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21066
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3681.54253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1451.51714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.71626940
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.96532619
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8064.52430
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1222medium positional0.090.5
22H622medium positional0.060.5
11A1518loose positional0.535
22H804loose positional0.525
11A1222medium thermal1.382
22H622medium thermal2.282
11A1518loose thermal1.310
22H804loose thermal1.9510
LS精密化 シェル解像度: 2.501→2.566 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 92 -
Rwork0.264 1794 -
obs-1794 83.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0278-0.05750.03540.35460.30461.03270.00670.00360.0210.02170.01270.0006-0.0006-0.0212-0.01950.06860.00480.02910.01890.01450.070910.748614.29432.4472
20.5274-0.3713-0.02970.56450.21510.13880.0005-0.024-0.02070.02550.0349-0.05140.011-0.0252-0.03540.03390.0067-0.00960.1025-0.01080.0436-3.3083-7.88537.324
30.09830.2145-0.0461.29060.57860.6015-0.0581-0.02480.01930.07070.06850.06440.15120.1352-0.01030.09460.04370.00790.0536-0.01560.031824.0056-3.926634.6123
40.5114-0.02580.29680.0509-0.20530.9669-0.04790.1146-0.05770.01850.0338-0.0112-0.0163-0.04560.01410.10740.024-0.00360.0642-0.00960.030711.4722-9.86331.3782
50.01930.0368-0.06620.14230.11931.0699-0.00960.0037-0.0291-0.0322-0.0252-0.0749-0.0426-0.14890.03480.02030.05080.01370.1692-0.00670.049817.12492.0797-31.7602
60.4168-0.2660.520.5392-0.40830.70310.0397-0.0159-0.0429-0.02210.0233-0.0156-0.021-0.0206-0.0630.10810.00150.03440.01620.00080.052837.557612.2483-4.1447
70.8252-0.17520.55930.1030.12291.2737-0.01240.05230.05280.0674-0.0035-0.01840.23430.03570.01580.0941-0.02610.02240.0549-0.01620.038525.141-17.9631-24.0379
80.2487-0.1829-0.39030.49480.19720.69990.06160.0379-0.0013-0.0126-0.027-0.0204-0.0445-0.0775-0.03450.073-0.0106-0.00050.01880.00350.103929.81441.61725.7419
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2H115 - 227
3X-RAY DIFFRACTION3L1 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4L108 - 212
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 114
6X-RAY DIFFRACTION6B115 - 222
7X-RAY DIFFRACTION7A1 - 108
8X-RAY DIFFRACTION8A109 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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