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- PDB-5jor: Crystal structure of unbound anti-glycan antibody Fab14.22 at 2.2 A -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jor | ||||||
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Title | Crystal structure of unbound anti-glycan antibody Fab14.22 at 2.2 A | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / S. pneumoniae serotype 14 / anti-glycan B cells / synthetic conjugate vaccine / nanomolar affinity anti-glycan antibody / immune system-bacterial glycan complex | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sarkar, A. / Irimia, A. / Teyton, L. / Wilson, I.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: T cells control the generation of nanomolar-affinity anti-glycan antibodies. Authors: Polonskaya, Z. / Deng, S. / Sarkar, A. / Kain, L. / Comellas-Aragones, M. / McKay, C.S. / Kaczanowska, K. / Holt, M. / McBride, R. / Palomo, V. / Self, K.M. / Taylor, S. / Irimia, A. / ...Authors: Polonskaya, Z. / Deng, S. / Sarkar, A. / Kain, L. / Comellas-Aragones, M. / McKay, C.S. / Kaczanowska, K. / Holt, M. / McBride, R. / Palomo, V. / Self, K.M. / Taylor, S. / Irimia, A. / Mehta, S.R. / Dan, J.M. / Brigger, M. / Crotty, S. / Schoenberger, S.P. / Paulson, J.C. / Wilson, I.A. / Savage, P.B. / Finn, M.G. / Teyton, L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 699.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 577.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5jopC ![]() 1qgcS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Antibody , 2 types, 8 molecules BFHDALCE
#1: Antibody | Mass: 26778.113 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 24436.193 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 4 types, 946 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | ChemComp-1PE / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1:1 (v/v) protein/reservoir drop equilibrated against 3.6M ammonium sulfate, with 10% PEG400 and 10%MPD, in 1M of HEPES (pH 7.5) reservoir solution |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 293 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 15, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03321 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.206→49.74 Å / Num. obs: 109255 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 37.5 Å2 / CC1/2: 0.902 / Rsym value: 0.013 / Net I/σ(I): 6.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.2061→2.2312 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 95.3 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1QGC Resolution: 2.206→49.733 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.55 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.206→49.733 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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