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- PDB-5jop: Crystal structure of anti-glycan antibody Fab14.22 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jop
タイトルCrystal structure of anti-glycan antibody Fab14.22 in complex with Streptococcus pneumoniae serotype 14 tetrasaccharide at 1.75 A
要素
  • Fab 14.22 light chain
  • Fab14.22 heavy chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / S. pneumoniae serotype 14 / anti-glycan B cells / synthetic conjugate vaccine / nanomolar affinity anti-glycan antibody / immune system-bacterial glycan complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Sarkar, A. / Irimia, A. / Teyton, L. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J. Clin. Invest. / 年: 2017
タイトル: T cells control the generation of nanomolar-affinity anti-glycan antibodies.
著者: Polonskaya, Z. / Deng, S. / Sarkar, A. / Kain, L. / Comellas-Aragones, M. / McKay, C.S. / Kaczanowska, K. / Holt, M. / McBride, R. / Palomo, V. / Self, K.M. / Taylor, S. / Irimia, A. / Mehta, ...著者: Polonskaya, Z. / Deng, S. / Sarkar, A. / Kain, L. / Comellas-Aragones, M. / McKay, C.S. / Kaczanowska, K. / Holt, M. / McBride, R. / Palomo, V. / Self, K.M. / Taylor, S. / Irimia, A. / Mehta, S.R. / Dan, J.M. / Brigger, M. / Crotty, S. / Schoenberger, S.P. / Paulson, J.C. / Wilson, I.A. / Savage, P.B. / Finn, M.G. / Teyton, L.
履歴
登録2016年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms ...atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Fab 14.22 light chain
E: Fab14.22 heavy chain
L: Fab 14.22 light chain
H: Fab14.22 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,88728
ポリマ－102,4294
非ポリマー3,45924
水18,5371029
1
D: Fab 14.22 light chain
E: Fab14.22 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,94114
ポリマ－51,2142
非ポリマー1,72612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
L: Fab 14.22 light chain
H: Fab14.22 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,94614
ポリマ－51,2142
非ポリマー1,73212
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.267, 74.740, 120.304
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 DLEH

#1: 抗体 Fab 14.22 light chain


分子量: 24436.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): B cell hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab14.22 heavy chain


分子量: 26778.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): B cell hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
糖 , 1種, 2分子

#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-6)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]2-acetamido-2- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-6)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 707.630 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-6[DGalpb1-4]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2-3-2/a4-b1_a6-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}[(6+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 1051分子

#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1029 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.53 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.8 M NaHPO4/1.2 M K2HPO4, 0.1M sodium acetate (pH 4.5), and 5% Jeffamine 900

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→47.19 Å / Num. obs: 106772 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / CC1/2: 0.93 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.75→1.7692 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: 000)精密化
HKL-2000v706eデータ削減
HKL-2000v706eデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QGC

1qgc


解像度: 1.75→47.184 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1999 5337 5 %
Rwork0.1654 --
obs0.1671 106745 96.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.184 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6606 0 222 1032 7860
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0147263
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3679946
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7214276
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1121126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091247
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7493-1.76920.31911750.28113313X-RAY DIFFRACTION95
1.7692-1.790.31531800.26553424X-RAY DIFFRACTION98
1.79-1.81180.27881810.26123445X-RAY DIFFRACTION99
1.8118-1.83480.29051800.24623408X-RAY DIFFRACTION99
1.8348-1.85890.27791790.2443419X-RAY DIFFRACTION99
1.8589-1.88440.28421820.2353435X-RAY DIFFRACTION99
1.8844-1.91130.27571810.22723449X-RAY DIFFRACTION99
1.9113-1.93980.23761790.213401X-RAY DIFFRACTION99
1.9398-1.97020.23271840.19743501X-RAY DIFFRACTION99
1.9702-2.00250.23651770.18113367X-RAY DIFFRACTION99
2.0025-2.0370.20671830.18043459X-RAY DIFFRACTION99
2.037-2.0740.20611810.18523430X-RAY DIFFRACTION99
2.074-2.11390.23161790.17683413X-RAY DIFFRACTION99
2.1139-2.15710.19831800.17483425X-RAY DIFFRACTION98
2.1571-2.2040.20981820.17043446X-RAY DIFFRACTION98
2.204-2.25520.20311780.16763402X-RAY DIFFRACTION98
2.2552-2.31160.21021790.1653393X-RAY DIFFRACTION98
2.3116-2.37410.22581800.17013419X-RAY DIFFRACTION98
2.3741-2.4440.2111790.17353406X-RAY DIFFRACTION98
2.444-2.52290.23951800.1763410X-RAY DIFFRACTION97
2.5229-2.6130.25141760.17593379X-RAY DIFFRACTION97
2.613-2.71770.21541780.17123366X-RAY DIFFRACTION97
2.7177-2.84130.20371770.15973356X-RAY DIFFRACTION96
2.8413-2.99110.18931750.15733341X-RAY DIFFRACTION95
2.9911-3.17850.18481770.15583358X-RAY DIFFRACTION96
3.1785-3.42380.17841730.1483285X-RAY DIFFRACTION94
3.4238-3.76820.14711730.13733292X-RAY DIFFRACTION93
3.7682-4.31320.16321730.12473275X-RAY DIFFRACTION93
4.3132-5.43290.14681680.12623212X-RAY DIFFRACTION91
5.4329-47.2010.20231680.17853179X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.73080.22150.05360.0274-0.00394.1677-0.0501-0.02570.1202-0.0075-0.0046-0.0218-0.11820.30670.04930.15890.0411-0.020.13120.00110.2403-10.537959.646719.7555
21.36541.4030.93045.03473.76494.12080.1053-0.12210.14330.0222-0.23860.1046-0.033-0.33730.16610.03240.0706-0.03120.18040.02840.0987-29.349749.921831.1768
30.50740.1357-0.32170.32560.41792.9870.0354-0.00050.0229-0.0690.1311-0.0108-0.017-0.0917-0.16570.16450.036-0.01830.12860.02350.1908-27.829756.115314.9552
41.4871-0.28710.86320.44580.15571.24130.0246-0.06130.077-0.0447-0.0222-0.04770.0488-0.03880.00140.14650.01360.03110.1296-0.01140.1241-12.03737.763839.8819
51.20320.11841.52370.25190.26242.33020.09980.0512-0.12990.06460.048-0.04770.2180.2106-0.15290.19820.0540.00590.1865-0.04820.1774-4.839725.587529.3939
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN E AND RESID 1:212 )E1 - 212
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN D AND RESID 301:304 ) OR ( CHAIN L AND RESID 301:304 )D301 - 304
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN D AND RESID 301:304 ) OR ( CHAIN L AND RESID 301:304 )L301 - 304
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN D AND RESID 1:213 )D1 - 213
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN L AND RESID 1:213 )L1 - 213
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN H AND RESID 1:212 )H1 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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