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Yorodumi- PDB-6ev2: Crystal structure of antibody against schizophyllan in complex wi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ev2 | |||||||||
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Title | Crystal structure of antibody against schizophyllan in complex with laminarihexaose | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Antibody / Fab / Schizophyllan / laminarihexaose | |||||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / beta-laminaribiose / beta-D-glucopyranose Function and homology information | |||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.403 Å | |||||||||
Authors | Sung, K.H. / Josewski, J. / Duebel, S. / Blankenfeldt, W. / Rau, U. | |||||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2018 Title: Structural insights into antigen recognition of an anti-beta-(1,6)-beta-(1,3)-D-glucan antibody. Authors: Sung, K.H. / Josewski, J. / Dubel, S. / Blankenfeldt, W. / Rau, U. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ev2.cif.gz | 669.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ev2.ent.gz | 557.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ev2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ev2_validation.pdf.gz | 768.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ev2_full_validation.pdf.gz | 780.6 KB | Display | |
Data in XML | 6ev2_validation.xml.gz | 63.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6ev2_validation.cif.gz | 89.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/6ev2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/6ev2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ev1SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23665.475 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 23540.115 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Homo sapiens (human) #3: Polysaccharide | beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose / beta-laminaribiose | #4: Sugar | ChemComp-BGC / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 52.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: HEPES, Sodium acetate, lithium sulfate, PEG 4,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 6, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→91 Å / Num. obs: 74793 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 12.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.403→2.445 Å / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.779 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3694 / Rpim(I) all: 0.312 / Rrim(I) all: 0.84 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6EV1 Resolution: 2.403→55.787 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: NONE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.14 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.403→55.787 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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