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- PDB-3i9g: Crystal structure of the LT1009 (SONEPCIZUMAB) antibody Fab fragm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i9g
タイトルCrystal structure of the LT1009 (SONEPCIZUMAB) antibody Fab fragment in complex with sphingosine-1-phosphate
要素(Sonepcizumab antibody Fab fragment, ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Fab / Sphingosine-1-phosphate / Calcium / Immunoglobin / IgG
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-S1P
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Huxford, T.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: The crystal structure of sphingosine-1-phosphate in complex with a Fab fragment reveals metal bridging of an antibody and its antigen.
著者: Wojciak, J.M. / Zhu, N. / Schuerenberg, K.T. / Moreno, K. / Shestowsky, W.S. / Hiraiwa, M. / Sabbadini, R. / Huxford, T.
#1: ジャーナル: J.Lipid Res. / 年: 2009
タイトル: Production and characterization of monoclonal anti-sphingosine-1-phosphate antibodies
著者: O'Brien, N. / Jones, S.T. / Williams, D.G. / Cunningham, H.B. / Moreno, K. / Visentin, B. / Gentile, A. / Vekich, J. / Shestowsky, W. / Hiraiwa, M. / Matteo, R. / Cavalli, A. / Grotjahn, D. / ...著者: O'Brien, N. / Jones, S.T. / Williams, D.G. / Cunningham, H.B. / Moreno, K. / Visentin, B. / Gentile, A. / Vekich, J. / Shestowsky, W. / Hiraiwa, M. / Matteo, R. / Cavalli, A. / Grotjahn, D. / Grant, M. / Hansen, G. / Campbell, M.A. / Sabbadini, R.
履歴
登録2009年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Sonepcizumab antibody Fab fragment, heavy chain
L: Sonepcizumab antibody Fab fragment, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,05110
ポリマ－47,4702
非ポリマー5818
水5,098283
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area19480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.052, 70.889, 138.719
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 Sonepcizumab antibody Fab fragment, heavy chain


分子量: 24027.127 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab Fragment / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Humanized mouse IgG1K expressed from a stable transfected CHO cell line
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: IgG1K / 細胞株 (発現宿主): CHO cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Sonepcizumab antibody Fab fragment, light chain


分子量: 23442.965 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab Fragment / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Humanized mouse IgG1K expressed from a stable transfected CHO cell line
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): CHO cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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非ポリマー , 4種, 291分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-S1P / (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate / sphingosine 1-phosphate / りん酸(2S,3R)-2-アミノ-3-ヒドロキシ-4-オクタデセニル


分子量: 379.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38NO5P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.04 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1 microliter of 12 mg/mL S1P:Fab complex was mixed with 1 microliter and sealed over 1 mL of reservoir solution containing 22% (w/v) polyethylene glycol 3350, 100 mM MgSO4, 100 mM sodium ...詳細: 1 microliter of 12 mg/mL S1P:Fab complex was mixed with 1 microliter and sealed over 1 mL of reservoir solution containing 22% (w/v) polyethylene glycol 3350, 100 mM MgSO4, 100 mM sodium citrate (pH 6.0) and 10% (v/v) ethylene glycol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月21日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 52056 / Num. obs: 50494 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 3.8 / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / Num. unique all: 3940 / Rsym value: 0.409 / % possible all: 76.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU B: 2.81 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 2548 5.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 50430 96.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.32 Å2 / Biso mean: 28.232 Å2 / Biso min: 14.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20 Å20 Å2
2---1.26 Å20 Å2
3---0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3361 0 32 283 3676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5421.9544715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8495433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.92124.752141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.26415567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6121511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022595
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.21442
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.22341
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2230.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.110.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9131.52235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50623527
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.10231431
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.374.51188
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 147 -
Rwork0.257 2601 -
all-2748 -
obs--72.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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