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- PDB-6w7y: Crystal structure of SARS-CoV and SARS-CoV-2 reactive human antib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w7y
タイトルCrystal structure of SARS-CoV and SARS-CoV-2 reactive human antibody CR3022
要素
  • CR3022 Heavy chain
  • CR3022 Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Coronavirus / receptor-binding domain / COVID-19 / vaccine target / antibody / cryptic epitope / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Chen, W.H. / Joyce, M.G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and Antigenicity of the SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain
著者: Chen, W.H. / Joyce, M.G.
履歴
登録2020年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: CR3022 Heavy chain
L: CR3022 Light chain
A: CR3022 Heavy chain
B: CR3022 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,8954
ポリマ－95,8954
非ポリマー00
水00
1
H: CR3022 Heavy chain
L: CR3022 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9482
ポリマ－47,9482
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20260 Å2
手法PISA
2
A: CR3022 Heavy chain
B: CR3022 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9482
ポリマ－47,9482
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.065, 201.032, 56.971
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 15 or resid 17...
21(chain H and (resid 2 through 15 or resid 17...
12(chain B and (resid 1 or resid 3 through 105...
22(chain L and (resid 1 or resid 3 through 105...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 2 through 15 or resid 17...A2 - 15
121(chain A and (resid 2 through 15 or resid 17...A17 - 42
131(chain A and (resid 2 through 15 or resid 17...A1 - 221
141(chain A and (resid 2 through 15 or resid 17...A0
151(chain A and (resid 2 through 15 or resid 17...A60 - 66
161(chain A and (resid 2 through 15 or resid 17...A68 - 81
171(chain A and (resid 2 through 15 or resid 17...A83 - 219
211(chain H and (resid 2 through 15 or resid 17...H2 - 15
221(chain H and (resid 2 through 15 or resid 17...H17 - 42
231(chain H and (resid 2 through 15 or resid 17...H44 - 45
241(chain H and (resid 2 through 15 or resid 17...H48 - 56
251(chain H and (resid 2 through 15 or resid 17...H60 - 66
261(chain H and (resid 2 through 15 or resid 17...H68 - 81
271(chain H and (resid 2 through 15 or resid 17...H83 - 219
112(chain B and (resid 1 or resid 3 through 105...B1
122(chain B and (resid 1 or resid 3 through 105...B3 - 105
132(chain B and (resid 1 or resid 3 through 105...B107 - 112
142(chain B and (resid 1 or resid 3 through 105...B1 - 219
152(chain B and (resid 1 or resid 3 through 105...B165 - 170
162(chain B and (resid 1 or resid 3 through 105...B1
172(chain B and (resid 1 or resid 3 through 105...B8
182(chain B and (resid 1 or resid 3 through 105...B210 - 218
212(chain L and (resid 1 or resid 3 through 105...L1
222(chain L and (resid 1 or resid 3 through 105...L3 - 105
232(chain L and (resid 1 or resid 3 through 105...L107 - 112
242(chain L and (resid 1 or resid 3 through 105...L1 - 218
252(chain L and (resid 1 or resid 3 through 105...L165 - 170
262(chain L and (resid 1 or resid 3 through 105...L1
272(chain L and (resid 1 or resid 3 through 105...L8
282(chain L and (resid 1 or resid 3 through 105...L210 - 218

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体 CR3022 Heavy chain


分子量: 23668.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 CR3022 Light chain


分子量: 24278.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M imidazole, pH 6.5, 40% 2-propanol, 15% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月25日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→53.72 Å / Num. obs: 16019 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2430 / CC1/2: 0.935 / Rpim(I) all: 0.198

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5XS7

5xs7


解像度: 3.3→53.72 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2783 800 5 %
Rwork0.2515 15199 -
obs0.2528 15999 96.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 145.74 Å2 / Biso mean: 72.7833 Å2 / Biso min: 37.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→53.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6583 0 0 0 6583
残基数----866
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1596X-RAY DIFFRACTION20.59TORSIONAL
12H1596X-RAY DIFFRACTION20.59TORSIONAL
21B1738X-RAY DIFFRACTION20.59TORSIONAL
22L1738X-RAY DIFFRACTION20.59TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.3-3.510.35951280.3292430255893
3.51-3.780.33951350.29482569270499
3.78-4.160.31311360.29292576271299
4.16-4.760.24381350.2282582271797
4.76-5.990.26431310.232475260695
6-53.720.24121350.2132567270296
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.92020.33920.92871.2324-1.23551.7313-0.4779-0.3411-0.76330.05260.80621.1425-0.1237-0.00230.16840.72330.12370.3070.5760.10850.6787-54.7206-37.9833-6.7043
21.544-2.1012-0.08863.9789-0.16360.24630.07710.10620.06391.21460.10990.2636-0.3353-0.28070.10820.76450.06690.15850.58390.03840.3679-47.885-37.1025-0.0176
3-0.08020.21110.41013.6421-1.38552.71340.0943-0.17220.1422-0.28590.14180.1730.17040.0990.05030.49710.1418-0.00280.47280.02860.3228-43.4103-16.956-28.5078
43.96380.122-0.98483.0353-0.24032.2749-0.1378-0.1752-0.20060.1249-0.1136-0.89330.34140.54330.06250.6820.11080.00690.43080.11150.5807-29.5985-46.7339-7.3698
52.87090.5279-0.15642.708-1.33761.482-0.2841-0.07110.1760.6645-0.2392-0.68690.1415-0.35440.06770.51650.08920.00770.54690.05920.4262-31.0716-43.1907-8.1097
62.953-0.7315-0.14753.2639-0.02421.00220.041-0.08090.31120.3652-0.27-0.5056-0.21490.0607-0.00820.56110.0386-0.00690.51350.09240.3513-27.6669-12.9277-24.7443
70.86930.1199-1.23643.11580.63751.80941.08970.4151-0.4932-0.2854-0.17060.0234-1.37980.1667-0.07940.7584-0.0762-0.12180.635-0.12480.6122-5.15922.845-3.9791
80.3096-0.65951.038.6434-0.95692.52670.7094-0.00560.3033-2.0461-0.0537-0.4342-0.24910.32260.18030.5993-0.0020.31550.6289-0.20710.92081.096725.9047-2.2987
92.4996-2.7287-1.47543.35091.25282.1150.2045-0.13890.3096-0.25390.3667-0.91390.33140.1612-0.14770.6854-0.02130.05520.5676-0.07420.91982.84222.68725.9441
100.24310.1066-0.16844.08780.2839-0.1559-0.0161-0.11120.0244-0.5066-0.01890.0005-0.03430.1311-0.11090.69440.052-0.10890.6138-0.09560.4112-14.83149.26810.8252
110.83220.1244-1.2991.13610.94482.3677-0.6215-0.0720.0564-0.40540.10190.2391-0.1717-0.2998-0.08380.68580.0638-0.25750.4951-0.03720.5904-24.37113.9374-1.2441
126.89722.41780.35872.7446-0.93891.2977-0.79412.2427-0.3677-0.86050.4581-0.3830.142-0.1805-0.23711.15620.021-0.57590.3846-0.22410.4433-31.46191.146-9.2085
131.8532-0.54830.64771.56480.67461.9002-0.1610.5855-0.9589-0.046-0.0336-0.239-0.7898-0.15490.00091.15740.0286-0.24870.5035-0.06780.659-24.9907-2.1757-9.9506
141.55620.66660.26152.15031.76871.5723-0.44540.4092-0.06441.70210.4208-0.5002-0.3190.196-0.10411.29430.0394-0.03450.4499-0.01250.5532-17.770424.853723.4287
150.588-0.17920.25230.9204-0.29331.41190.05480.5459-0.49340.52860.6551-0.7252-0.27991.2747-0.19610.7286-0.0565-0.19320.7132-0.06290.6242-6.356135.756621.5869
160.51710.5268-0.44562.59330.33680.77490.17590.2145-0.17521.27690.17990.55420.4312-0.0366-0.12210.83140.1259-0.01020.753-0.03630.6374-16.474233.866615.6776
173.35850.5842-1.22993.10790.22441.5741-0.3532-0.09580.34970.32560.2174-0.22660.39310.1451-0.11790.55520.1362-0.05830.6032-0.15490.5335-12.385827.587316.5784
182.0693-0.2889-0.28163.3037-1.39190.75890.03170.0477-0.2493-0.0792-0.24081.2026-0.08120.0065-0.00790.55720.0531-0.04680.5071-0.01630.5352-28.1489-0.314710.7564
191.29890.5249-0.84832.05040.48762.09210.2966-0.0488-0.418-0.6244-0.39350.6687-0.05370.2942-0.04820.6190.0391-0.15370.373-0.06170.5361-23.7821-3.286310.3722
202.4256-0.38540.1214.8929-0.70521.499-0.0454-0.2113-0.51040.577-0.9241.25670.4563-0.36660.14080.514-0.053-0.12660.46970.08460.6672-32.0487-9.451314.8595
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 32 )H1 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 33 through 112 )H33 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 113 through 220 )H113 - 220
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 1 through 76 )L1 - 76
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 77 through 108 )L77 - 108
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 109 through 218 )L109 - 218
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1 through 12 )A1 - 12
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 13 through 32 )A13 - 32
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 33 through 99 )A33 - 99
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 100 through 151 )A100 - 151
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 152 through 194 )A152 - 194
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 195 through 206 )A195 - 206
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 207 through 221 )A207 - 221
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 1 through 24 )B1 - 24
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 25 through 44 )B25 - 44
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 45 through 81 )B45 - 81
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 82 through 108 )B82 - 108
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 109 through 156 )B109 - 156
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 157 through 194 )B157 - 194
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 195 through 219 )B195 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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