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万見
- PDB-2a77: Anti-Cocaine Antibody 7.5.21, Crystal Form II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a77
タイトルAnti-Cocaine Antibody 7.5.21, Crystal Form II
要素
  • Immunoglobulin Heavy Chain
  • Immunoglobulin Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pozharski, E. / Hewagama, A. / Shanafelt, A. / Ringe, D. / Petsko, G.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Flexibility of Packing: Four Crystal Forms of an Anti-Cocaine Antibody 7.5.21
著者: Pozharski, E. / Hewagama, A. / Shanafelt, A. / Ringe, D. / Petsko, G.A.
履歴
登録2005年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Immunoglobulin Light Chain
H: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,98315
ポリマ－47,7622
非ポリマー1,22113
水5,729318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6260 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
2
L: Immunoglobulin Light Chain
H: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子

L: Immunoglobulin Light Chain
H: Immunoglobulin Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,96730
ポリマ－95,5254
非ポリマー2,44226
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area13880 Å2
ΔGint-235 kcal/mol
Surface area38040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.410, 81.857, 61.608
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin Light Chain


分子量: 23893.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: hybridoma / 株: BALB/C
#2: 抗体 Immunoglobulin Heavy Chain


分子量: 23868.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: hybridoma / 株: BALB/C
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 16% PEG8000, 0.3M ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.89996 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 46600 / Num. obs: 46600 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 1.124 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible obs: 87.2 % / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. measured obs: 4182 / Num. unique all: 4182 / Χ2: 0.971 / % possible all: 87.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A1W

2a1w


解像度: 1.8→33.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 8.041 / SU ML: 0.123 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 2356 5.1 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.22 46597 --
obs-46597 97.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.947 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å20 Å20.02 Å2
2--1.94 Å20 Å2
3----1.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3328 0 72 318 3718
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0223522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.041.9664797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3535445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.94523.504137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.12615551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8531518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022627
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.21593
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.22283
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2580.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.220.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2681.52246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.90623555
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.81531479
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.914.51236
LS精密化 シェル解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 168 -
Rwork0.317 2842 -
all-3010 -
obs--84.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5950.22950.0570.9256-1.00713.44060.0731-0.32120.1734-0.0309-0.03460.11-0.0292-0.0352-0.0386-0.16260.01580.0177-0.0860.025-0.05425.97353.333423.4679
21.6988-0.29950.06540.6967-1.02492.49630.03520.15850.0444-0.0509-0.0866-0.0602-0.15970.09190.0514-0.09480.04070.0079-0.10180.0442-0.140738.5123-4.686111.3162
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LA1 - 1121 - 112
21HB1 - 1231 - 122
32LA113 - 216113 - 216
42HB124 - 223123 - 222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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