[日本語] English
万見
- PDB-1t4k: Crystal Structure of Unliganded Aldolase Antibody 93F3 Fab -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t4k
タイトルCrystal Structure of Unliganded Aldolase Antibody 93F3 Fab
要素
  • IMMUNOGLOBULIN IGG1, HEAVY CHAIN
  • IMMUNOGLOBULIN IGG1, KAPPA LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / enantioselectivity / aldolase antibody / reactive lysine / aldol reaction
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhu, X. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The Origin of Enantioselectivity in Aldolase Antibodies: Crystal Structure, Site-directed Mutagenesis, and Computational Analysis
著者: Zhu, X. / Tanaka, F. / Hu, Y. / Heine, A. / Fuller, R. / Zhong, G. / Olson, A.J. / Lerner, R.A. / Barbas, C.F. / Wilson, I.A.
履歴
登録2004年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: IMMUNOGLOBULIN IGG1, KAPPA LIGHT CHAIN
B: IMMUNOGLOBULIN IGG1, HEAVY CHAIN
C: IMMUNOGLOBULIN IGG1, KAPPA LIGHT CHAIN
D: IMMUNOGLOBULIN IGG1, HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,47113
ポリマ－93,8824
非ポリマー5899
水4,990277
1
A: IMMUNOGLOBULIN IGG1, KAPPA LIGHT CHAIN
B: IMMUNOGLOBULIN IGG1, HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2687
ポリマ－46,9412
非ポリマー3275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area19750 Å2
手法PISA
2
C: IMMUNOGLOBULIN IGG1, KAPPA LIGHT CHAIN
D: IMMUNOGLOBULIN IGG1, HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2036
ポリマ－46,9412
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area19760 Å2
手法PISA
3
A: IMMUNOGLOBULIN IGG1, KAPPA LIGHT CHAIN
B: IMMUNOGLOBULIN IGG1, HEAVY CHAIN
ヘテロ分子

C: IMMUNOGLOBULIN IGG1, KAPPA LIGHT CHAIN
D: IMMUNOGLOBULIN IGG1, HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,47113
ポリマ－93,8824
非ポリマー5899
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
Buried area8920 Å2
ΔGint-313 kcal/mol
Surface area38230 Å2
手法PISA
4
C: IMMUNOGLOBULIN IGG1, KAPPA LIGHT CHAIN
ヘテロ分子

B: IMMUNOGLOBULIN IGG1, HEAVY CHAIN
ヘテロ分子

A: IMMUNOGLOBULIN IGG1, KAPPA LIGHT CHAIN
D: IMMUNOGLOBULIN IGG1, HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,47113
ポリマ－93,8824
非ポリマー5899
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation3_555-x,y+1/2,-z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-271 kcal/mol
Surface area43550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.701, 81.228, 149.496
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN IGG1, KAPPA LIGHT CHAIN


分子量: 24100.611 Da / 分子数: 2 / 断片: antibody FAB 93f3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: 93f3 murine hybridoma
#2: 抗体 IMMUNOGLOBULIN IGG1, HEAVY CHAIN


分子量: 22840.621 Da / 分子数: 2 / 断片: antibody FAB 93f3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: 93f3 murine hybridoma
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 298 K / pH: 5.5
詳細: 16-20% (w/v) PEG 8000, 0.3 M zinc acetate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 5.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月1日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 31622 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.43 / % possible all: 83.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FGW

2fgw


解像度: 2.5→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 1370 -RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.233 30570 89.1 %-
all-30570 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6596 0 9 277 6882
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る