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- PDB-5i66: X-ray structure of the Fab fragment of 8B6, a murine monoclonal a... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5i66 | |||||||||
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Title | X-ray structure of the Fab fragment of 8B6, a murine monoclonal antibody specific for the human serotonin transporter | |||||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin fold | |||||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Coleman, J.A. / Green, E.M. / Gouaux, E. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: X-ray structures and mechanism of the human serotonin transporter. Authors: Coleman, J.A. / Green, E.M. / Gouaux, E. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 254.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 208.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 431 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 433.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5i6xC ![]() 5i6zC ![]() 5i71C ![]() 5i73C ![]() 5i74C ![]() 5i75C ![]() 4lqfS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 23688.365 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Antibody | Mass: 23718.217 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 100 mM HEPES pH 7.5, 300 mM NH4H2PO4 and 22.5% pure PEG (0.3-0.8 kDa) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 18, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.62→57.672 Å / Num. obs: 117803 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.0522 / Net I/σ(I): 18.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4LQF Resolution: 1.624→57.672 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.12 / Phase error: 22.92
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.624→57.672 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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