PDB-3fo9: Crystal structure of aldolase antibody 33F12 Fab' in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fo9

タイトル

Crystal structure of aldolase antibody 33F12 Fab' in complex with hapten 1,3-diketone

要素

Immunoglobulin IGG2A - heavy chain
Immunoglobulin IGG2A - light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / aldolase antibody / enamine intermediate / amine catalysis

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / early endosome to late endosome transport / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zhu, X. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Direct observation of an enamine intermediate in amine catalysis
著者: Zhu, X. / Tanaka, F. / Lerner, R.A. / Barbas, C.F. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2008年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fo9.cif.gz	184.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fo9.ent.gz	145 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fo9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fo9_validation.pdf.gz	849.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fo9_full_validation.pdf.gz	864.5 KB	表示
XML形式データ	3fo9_validation.xml.gz	34.8 KB	表示
CIF形式データ	3fo9_validation.cif.gz	49.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3fo9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3fo9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1axtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5mp1-2 5mp5-4 4jn1-d 6peh-1 5a16-3 1nd0-3 4m61-2 5mvj-4 6mqm-3 6vl8-1 1fl6-1 6bzw-4 5ur8-d 4jzo-2 6wfz-1 6dc8-d 5mu2-7 5uel-d 5dqj-2 1rul-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Immunoglobulin IGG2A - light chain

H: Immunoglobulin IGG2A - heavy chain

A: Immunoglobulin IGG2A - light chain

B: Immunoglobulin IGG2A - heavy chain

ヘテロ分子

96.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: Immunoglobulin IGG2A - light chain

H: Immunoglobulin IGG2A - heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Immunoglobulin IGG2A - light chain

B: Immunoglobulin IGG2A - heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.830, 81.038, 174.314
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Immunoglobulin IGG2A - light chain 分子量: 24142.783 Da / 分子数: 2 / 断片: light chain of 33F12 Fab' fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体	Immunoglobulin IGG2A - heavy chain 分子量: 23829.885 Da / 分子数: 2 / 断片: heavy chain of 33F12 Fab' fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01865*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-DIK / 5-{[4-(5-methyl-3-oxohex-4-en-1-yl)phenyl]amino}-5-oxopentanoic acid 分子量: 317.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₃NO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.24 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.4 詳細: 30% PEG 4000, 10% isopropanol, 0.1M Hepes., pH 7.4, EVAPORATION, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月6日

放射

モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→43.56 Å / Num. obs: 71502 / % possible obs: 96.1 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Χ²: 1.933 / Net I/σ(I): 36.891

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.94	0.486	3470	0.847	1	71.1
1.94-1.99	0.392	4068	0.883	1	83.1
1.99-2.05	0.342	4597	0.947	1	94
2.05-2.11	0.28	4815	1.072	1	98.6
2.11-2.17	0.215	4883	1.183	1	99.5
2.17-2.25	0.194	4910	1.272	1	99.9
2.25-2.34	0.157	4909	1.362	1	99.9
2.34-2.45	0.129	4936	1.451	1	100
2.45-2.58	0.106	4906	1.624	1	100
2.58-2.74	0.086	4968	1.85	1	99.8
2.74-2.95	0.068	4914	2.201	1	99.8
2.95-3.25	0.058	4982	2.699	1	99.6
3.25-3.72	0.05	4986	3.12	1	99.6
3.72-4.68	0.043	4994	3.19	1	98.7
4.68-50	0.04	5164	3.025	1	97.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AXT

1axt

解像度: 1.9→43.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / WR_factor R_free: 0.254 / WR_factor R_work: 0.219 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.812 / SU B: 8.556 / SU ML: 0.121 / SU R Cruickshank DPI: 0.177 / SU R_free: 0.156 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	3601	5 %	RANDOM
R_work	0.215	-	-	-
obs	0.216	71432	96.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 85.77 Å² / B_iso mean: 41.536 Å² / B_iso min: 24.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.58 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6746	0	44	238	7028

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	6962
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.308	1.96	9464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.022	5	870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.957	23.897	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.532	15	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.614	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5230
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	2813
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	4698
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	341
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.196	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.166	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.782	1.5	4460
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.275	2	7058
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.746	3	2919
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.624	4.5	2406

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.364	205	-
R_work	0.289	3653	-
all	-	3858	-
obs	-	-	71.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2498	0.326	-0.8289	0.7714	-0.1815	0.8	-0.18	0.1323	0.0211	-0.0867	0.1334	0.014	0.0587	-0.15	0.0466	-0.0233	-0.0821	0.0202	0.0194	0.0195	-0.0497	3.7767	18.8505	79.257
2	1.6571	0.6815	-0.0143	1.0416	0.5579	1.2058	-0.0267	-0.0373	-0.019	0.034	0.0103	-0.1343	0.189	0.0895	0.0164	-0.0274	0.0261	-0.0038	-0.0414	0.0117	-0.0143	38.8605	26.5132	66.9434
3	2.65	0.6982	-0.3536	1.0715	0.2532	1.2533	-0.0675	-0.0669	0.3143	0.0324	0.0618	0.2469	-0.0404	-0.103	0.0057	-0.0595	0.0252	-0.0099	-0.0379	0.0144	0.0128	4.5153	38.703	87.8351
4	0.7853	-0.1238	-0.4161	0.7635	0.191	1.6593	0.0509	0.0236	0.1203	-0.1108	0.0148	-0.0964	0.0244	-0.0094	-0.0657	-0.0051	0.0215	-0.0046	-0.0414	0.0164	-0.0221	30.0277	39.7876	66.7755
5	1.4684	0.4091	0.2001	0.8699	0.1408	1.4887	-0.1149	-0.0321	0.1054	0.0855	0.0881	0.0759	0.0713	-0.1839	0.0269	-0.0612	0.0234	0.0296	-0.0546	0.0416	0.0175	7.5802	55.2514	66.5855
6	1.9442	-0.3774	-0.8892	0.7164	0.7298	1.3359	0.0161	0.0044	-0.1718	0.0794	-0.0497	0.0636	0.1425	-0.025	0.0335	-0.0507	-0.0138	-0.0027	-0.0552	0.0385	0.0164	11.9602	31.8069	37.0893
7	0.7273	-0.0376	-0.2729	0.8076	0.5769	1.196	-0.0695	0.0746	0.196	0.0088	0.0651	0.0595	-0.1018	0.0282	0.0044	-0.0485	0.0128	-0.025	-0.0692	0.0723	0.06	22.6762	67.252	56.7037
8	1.3071	0.6636	0.4412	0.7298	0.6614	0.9376	-0.017	0.0249	-0.012	-0.0491	0.0082	0.0724	-0.0654	-0.0111	0.0089	-0.0626	-0.0199	-0.0076	-0.039	0.0615	0.0261	13.9341	47.0391	32.3638

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 105
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	106 - 214
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	1 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	106 - 228
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1 - 105
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	106 - 214
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 105
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	106 - 228

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関連情報:EMDBヘッダ

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