PDB-5dqj: Structure of unliganded S55-5 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dqj

タイトル

Structure of unliganded S55-5 Fab

要素

S55-5 Fab (IgG1 kappa) light chain
S55-5 Fab (IgG1) heavy chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / carbohydrate binding / Phospholipid

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Haji-Ghassemi, O. / Evans, S.V.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Lipid A-antibody structures reveal a widely-utilized pocket specific for negatively charged groups derived from unrelated V-genes
著者: Haji-Ghassemi, O. / Muller-Loennies, S. / Rodriguez, T. / Brade, L. / Kosma, P. / Brade, H. / Evans, S.V.

履歴

登録	2015年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dqj.cif.gz	177.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dqj.ent.gz	140.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dqj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dqj_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dqj_full_validation.pdf.gz	453.7 KB	表示
XML形式データ	5dqj_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	5dqj_validation.cif.gz	42.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dqj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dqdSC 4ods 5dq9 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ajy-d 6bb4-1 5b4m-1 2vl5-2 2dtm-d 5nbw-2 5dqd-d 3ls4-d 5mub-2 6dca-2 1riu-d 1aj7-d 5mp5-3 1q9l-2 3uo1-d 1f8t-d 5mu0-1 2aj3-2 4jm4-d 5mu0-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: S55-5 Fab (IgG1 kappa) light chain

H: S55-5 Fab (IgG1) heavy chain

B: S55-5 Fab (IgG1 kappa) light chain

A: S55-5 Fab (IgG1) heavy chain

95.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: S55-5 Fab (IgG1 kappa) light chain

H: S55-5 Fab (IgG1) heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: S55-5 Fab (IgG1 kappa) light chain

A: S55-5 Fab (IgG1) heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.607, 139.872, 72.076
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.660, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	L
2	1	B
1	2	H
2	2	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	L	1 - 217
2	1	B	1 - 217
1	2	H	1 - 222
2	2	A	1 - 222

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: 抗体	S55-5 Fab (IgG1 kappa) light chain 分子量: 24087.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascites / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	S55-5 Fab (IgG1) heavy chain 分子量: 23846.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascites / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.36 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 5% (w/v) glycerol and 15% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月1日 / 詳細: Vertical focusing mirror

放射

モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 30002 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.071 / Χ²: 0.909 / Net I/av σ(I): 18.743 / Net I/σ(I): 17 / Num. measured all: 111916

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.6-2.69	3.8	0.619	3034	0.823	0.367	0.721	0.995	100
2.69-2.8	3.8	0.426	3029	0.904	0.252	0.495	1	100
2.8-2.93	3.8	0.259	2993	0.95	0.154	0.301	1.006	100
2.93-3.08	3.8	0.171	2988	0.976	0.102	0.2	0.986	100
3.08-3.27	3.8	0.111	3015	0.989	0.067	0.13	0.912	99.9
3.27-3.53	3.8	0.077	3008	0.993	0.047	0.091	0.898	99.7
3.53-3.88	3.5	0.061	2872	0.994	0.038	0.072	0.965	95.4
3.88-4.44	3.6	0.038	2998	0.998	0.024	0.045	0.661	98.6
4.44-5.58	3.7	0.03	3007	0.998	0.018	0.035	0.756	99.4
5.58-25	3.7	0.029	3058	0.998	0.017	0.033	0.887	99.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DQD

5dqd

解像度: 2.61→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / WR_factor R_free: 0.2414 / WR_factor R_work: 0.1981 / FOM work R set: 0.8206 / SU B: 11.116 / SU ML: 0.232 / SU R Cruickshank DPI: 1.1244 / SU R_free: 0.2959 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.124 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2281	1461	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1932	-	-	-
obs	0.1949	28504	98.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 120 Å² / B_iso mean: 67.347 Å² / B_iso min: 31.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.9 Å²	-0 Å²	4.08 Å²
2-	-	-2.57 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.61→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6718	0	0	54	6772
B_iso mean	-	-	-	57.78	-
残基数	-	-	-	-	878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	6882
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	6300
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.356	1.943	9354
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.954	3	14574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.646	5	874
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.093	23.741	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.52	15	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.103	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	7754
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.086	6.555	3508
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.085	6.554	3507
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.304	9.831	4378

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	L	11151	0.15
1	2	B	11151	0.15
2	1	H	11824	0.11
2	2	A	11824	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.606→2.673 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	100	-
R_work	0.32	2033	-
all	-	2133	-
obs	-	-	95.22 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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