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万見
- PDB-1q9l: S25-2 Fab Unliganded 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q9l
タイトルS25-2 Fab Unliganded 2
要素
  • S25-2 Fab (IgG1k) heavy chain
  • S25-2 Fab (IgG1k) light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antigen-binding fragment / Fab / anti-carbohydrate / anti-LPS / antibody / immunoglobulin
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Nguyen, H.P. / Seto, N.O. / MacKenzie, C.R. / Brade, L. / Kosma, P. / Brade, H. / Evans, S.V.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Germline antibody recognition of distinct carbohydrate epitopes.
著者: Nguyen, H.P. / Seto, N.O. / MacKenzie, C.R. / Brade, L. / Kosma, P. / Brade, H. / Evans, S.V.
履歴
登録2003年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE The sequence of the protein was not deposited into any sequence database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: S25-2 Fab (IgG1k) heavy chain
D: S25-2 Fab (IgG1k) heavy chain
A: S25-2 Fab (IgG1k) light chain
C: S25-2 Fab (IgG1k) light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,07414
ポリマ－96,7084
非ポリマー36610
水7,188399
1
B: S25-2 Fab (IgG1k) heavy chain
A: S25-2 Fab (IgG1k) light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4685
ポリマ－48,3542
非ポリマー1143
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area19640 Å2
手法PISA
2
D: S25-2 Fab (IgG1k) heavy chain
C: S25-2 Fab (IgG1k) light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6069
ポリマ－48,3542
非ポリマー2527
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
3
D: S25-2 Fab (IgG1k) heavy chain
C: S25-2 Fab (IgG1k) light chain
ヘテロ分子

B: S25-2 Fab (IgG1k) heavy chain
A: S25-2 Fab (IgG1k) light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,07414
ポリマ－96,7084
非ポリマー36610
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_458x-1/2,-y+1/2,-z+31
Buried area10590 Å2
ΔGint-202 kcal/mol
Surface area37460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.700, 96.000, 114.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 S25-2 Fab (IgG1k) heavy chain


分子量: 24110.967 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab Heavy chain g1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 S25-2 Fab (IgG1k) light chain


分子量: 24242.898 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab Light chain kappa / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: zinc acetate, magnesium chloride, PEG 8000, PEG 4000, cacodylate, tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
118 mg/mlFab1drop
240 mM1dropMgCl2
330 mM1dropZnCl2
48 %(w/v)PEG40001drop
511 %(w/v)ethylene glycol1drop
620 mMTris1droppH8
7200 mMTris1reservoir
825 %(w/v)1reservoirMgCl2
9100 mMPEG40001reservoirpH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.15 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.15 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→19.85 Å / Num. all: 38051 / Num. obs: 36566 / % possible obs: 84.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 34.9 Å2 / Limit h max: 37 / Limit h min: 0 / Limit k max: 41 / Limit k min: 0 / Limit l max: 49 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 281431.24 / Observed criterion F min: 0.32
反射 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / % possible all: 77.5
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 38076 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Num. measured all: 230670 / Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77.5 % / Num. unique obs: 3282 / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 4.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1q9o, S45-18 Fab unliganded

1q9o


解像度: 2.28→19.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 3663 10 %random
Rwork0.216 ---
all-43071 --
obs-36566 84.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 36.2856 Å2 / ksol: 0.298489 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 100.63 Å2 / Biso mean: 40.33 Å2 / Biso min: 17.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.78 Å20 Å20 Å2
2---7.16 Å20 Å2
3----6.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.27 Å
Luzzati d res high-2.28
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6798 0 10 399 7207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg27
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg0.91
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.28-2.360.34529910.20.28526360.024243293569.2
2.36-2.460.37131010.30.27727010.0214248301170.9
2.46-2.570.343139.80.2628890.0194283320274.8
2.57-2.70.35134210.40.25229620.0194235330478
2.7-2.870.335351100.24631480.0184281349981.7
2.87-3.090.3123679.90.22533240.0164300369185.8
3.09-3.40.3043869.60.22436170.0154290400393.3
3.4-3.890.27943810.30.21137970.0134342423597.5
3.89-4.890.2494279.90.18738670.0124357429498.6
4.89-19.850.2824309.80.22439620.0144529439297
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4water.paramwater.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.287
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.009

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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