PDB-5mu2: ACC1 Fab fragment in complex with CII583-591 (CG10)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mu2

タイトル

ACC1 Fab fragment in complex with CII583-591 (CG10)

要素

ACC1 Fab fragment heavy chain
ACC1 Fab fragment light chain
synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II

キーワード

IMMUNE SYSTEM / anti-citrullinated protein antibody (ACPA) Fab fragment collagen type II

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Dobritzsch, D. / Holmdahl, R. / Ge, C.

資金援助

スウェーデン, 6件

組織	認可番号	国
Swedish Foundation for Strategic Research	RBa08-0047	スウェーデン
Swedish Foundation for Strategic Research	RB13-015	スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation	KAW 2010.0148	スウェーデン
Swedish Research Council	K2011-52X-07931-25-5	スウェーデン
Swedish Research Council	2015-02662	スウェーデン
European Union	IMI 115142

引用

ジャーナル: JCI Insight / 年: 2017
タイトル: Anti-citrullinated protein antibodies cause arthritis by cross-reactivity to joint cartilage.
著者: Ge, C. / Tong, D. / Liang, B. / Lonnblom, E. / Schneider, N. / Hagert, C. / Viljanen, J. / Ayoglu, B. / Stawikowska, R. / Nilsson, P. / Fields, G.B. / Skogh, T. / Kastbom, A. / Kihlberg, J. / ...

履歴

登録	2017年1月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mu2.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mu2.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mu2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/5mu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/5mu2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mu0SC 5mubC 5mv3C 5mv4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3inu-2 4ojf-d 6dwc-2 6w4w-d 5dlm-1 6cdm-2 3qo0-d 1iqw-d 5mu0-5 4ygv-2 1bfo-4 5mub-6 6nov-1 3uyr-d 5mv3-2 4yho-d 5mv3-7 2aju-d 6igu-d 6b5o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ACC1 Fab fragment heavy chain

B: ACC1 Fab fragment light chain

C: ACC1 Fab fragment heavy chain

D: ACC1 Fab fragment light chain

E: ACC1 Fab fragment heavy chain

F: ACC1 Fab fragment light chain

G: ACC1 Fab fragment heavy chain

H: ACC1 Fab fragment light chain

I: ACC1 Fab fragment heavy chain

J: ACC1 Fab fragment light chain

K: ACC1 Fab fragment heavy chain

L: ACC1 Fab fragment light chain

M: ACC1 Fab fragment heavy chain

N: ACC1 Fab fragment light chain

O: ACC1 Fab fragment heavy chain

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X: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II

Q: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II

R: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II

S: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II

T: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II

U: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II

V: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II

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398 kDa, 24 ポリマー
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1

A: ACC1 Fab fragment heavy chain

B: ACC1 Fab fragment light chain

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2

C: ACC1 Fab fragment heavy chain

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3

E: ACC1 Fab fragment heavy chain

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4

G: ACC1 Fab fragment heavy chain

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5

I: ACC1 Fab fragment heavy chain

J: ACC1 Fab fragment light chain

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8

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単位格子

Length a, b, c (Å)	148.861, 156.008, 156.592
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	PRO	PRO	A	A	1 - 218	1 - 218
2	1	GLU	GLU	PRO	PRO	C	C	1 - 218	1 - 218
1	2	GLU	GLU	PRO	PRO	A	A	1 - 218	1 - 218
2	2	GLU	GLU	PRO	PRO	E	E	1 - 218	1 - 218
1	3	GLU	GLU	ARG	ARG	A	A	1 - 216	1 - 216
2	3	GLU	GLU	ARG	ARG	G	G	1 - 216	1 - 216
1	4	GLU	GLU	PRO	PRO	A	A	1 - 218	1 - 218
2	4	GLU	GLU	PRO	PRO	I	I	1 - 218	1 - 218
1	5	GLU	GLU	PRO	PRO	A	A	1 - 218	1 - 218
2	5	GLU	GLU	PRO	PRO	K	K	1 - 218	1 - 218
1	6	GLU	GLU	PRO	PRO	A	A	1 - 218	1 - 218
2	6	GLU	GLU	PRO	PRO	M	M	1 - 218	1 - 218
1	7	GLU	GLU	GLY	GLY	A	A	1 - 217	1 - 217
2	7	GLU	GLU	GLY	GLY	O	O	1 - 217	1 - 217
1	8	ASP	ASP	CYS	CYS	B	B	1 - 218	1 - 218
2	8	ASP	ASP	CYS	CYS	D	D	1 - 218	1 - 218
1	9	ASP	ASP	ASN	ASN	B	B	1 - 216	1 - 216
2	9	ASP	ASP	ASN	ASN	F	F	1 - 216	1 - 216
1	10	ASP	ASP	ASN	ASN	B	B	1 - 216	1 - 216
2	10	ASP	ASP	ASN	ASN	H	H	1 - 216	1 - 216
1	11	ASP	ASP	CYS	CYS	B	B	1 - 218	1 - 218
2	11	ASP	ASP	CYS	CYS	J	J	1 - 218	1 - 218
1	12	ASP	ASP	CYS	CYS	B	B	1 - 218	1 - 218
2	12	ASP	ASP	CYS	CYS	L	L	1 - 218	1 - 218
1	13	ASP	ASP	CYS	CYS	B	B	1 - 218	1 - 218
2	13	ASP	ASP	CYS	CYS	N	N	1 - 218	1 - 218
1	14	ASP	ASP	ASN	ASN	B	B	1 - 216	1 - 216
2	14	ASP	ASP	ASN	ASN	P	P	1 - 216	1 - 216
1	15	GLU	GLU	PRO	PRO	C	C	1 - 218	1 - 218
2	15	GLU	GLU	PRO	PRO	E	E	1 - 218	1 - 218
1	16	GLU	GLU	ARG	ARG	C	C	1 - 216	1 - 216
2	16	GLU	GLU	ARG	ARG	G	G	1 - 216	1 - 216
1	17	GLU	GLU	PRO	PRO	C	C	1 - 218	1 - 218
2	17	GLU	GLU	PRO	PRO	I	I	1 - 218	1 - 218
1	18	GLU	GLU	PRO	PRO	C	C	1 - 218	1 - 218
2	18	GLU	GLU	PRO	PRO	K	K	1 - 218	1 - 218
1	19	GLU	GLU	PRO	PRO	C	C	1 - 218	1 - 218
2	19	GLU	GLU	PRO	PRO	M	M	1 - 218	1 - 218
1	20	GLU	GLU	GLY	GLY	C	C	1 - 217	1 - 217
2	20	GLU	GLU	GLY	GLY	O	O	1 - 217	1 - 217
1	21	ASP	ASP	ASN	ASN	D	D	1 - 216	1 - 216
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1	22	ASP	ASP	ASN	ASN	D	D	1 - 216	1 - 216
2	22	ASP	ASP	ASN	ASN	H	H	1 - 216	1 - 216
1	23	ASP	ASP	CYS	CYS	D	D	1 - 218	1 - 218
2	23	ASP	ASP	CYS	CYS	J	J	1 - 218	1 - 218
1	24	ASP	ASP	CYS	CYS	D	D	1 - 218	1 - 218
2	24	ASP	ASP	CYS	CYS	L	L	1 - 218	1 - 218
1	25	ASP	ASP	CYS	CYS	D	D	1 - 218	1 - 218
2	25	ASP	ASP	CYS	CYS	N	N	1 - 218	1 - 218
1	26	ASP	ASP	ASN	ASN	D	D	1 - 216	1 - 216
2	26	ASP	ASP	ASN	ASN	P	P	1 - 216	1 - 216
1	27	GLU	GLU	ARG	ARG	E	E	1 - 216	1 - 216
2	27	GLU	GLU	ARG	ARG	G	G	1 - 216	1 - 216
1	28	GLU	GLU	PRO	PRO	E	E	1 - 218	1 - 218
2	28	GLU	GLU	PRO	PRO	I	I	1 - 218	1 - 218
1	29	GLU	GLU	PRO	PRO	E	E	1 - 218	1 - 218
2	29	GLU	GLU	PRO	PRO	K	K	1 - 218	1 - 218
1	30	GLU	GLU	PRO	PRO	E	E	1 - 218	1 - 218
2	30	GLU	GLU	PRO	PRO	M	M	1 - 218	1 - 218
1	31	GLU	GLU	ARG	ARG	E	E	1 - 216	1 - 216
2	31	GLU	GLU	ARG	ARG	O	O	1 - 216	1 - 216
1	32	ASP	ASP	GLU	GLU	F	F	1 - 217	1 - 217
2	32	ASP	ASP	GLU	GLU	H	H	1 - 217	1 - 217
1	33	ASP	ASP	ASN	ASN	F	F	1 - 216	1 - 216
2	33	ASP	ASP	ASN	ASN	J	J	1 - 216	1 - 216
1	34	ASP	ASP	ASN	ASN	F	F	1 - 216	1 - 216
2	34	ASP	ASP	ASN	ASN	L	L	1 - 216	1 - 216
1	35	ASP	ASP	ASN	ASN	F	F	1 - 216	1 - 216
2	35	ASP	ASP	ASN	ASN	N	N	1 - 216	1 - 216
1	36	ASP	ASP	GLU	GLU	F	F	1 - 217	1 - 217
2	36	ASP	ASP	GLU	GLU	P	P	1 - 217	1 - 217
1	37	GLU	GLU	ARG	ARG	G	G	1 - 216	1 - 216
2	37	GLU	GLU	ARG	ARG	I	I	1 - 216	1 - 216
1	38	GLU	GLU	ARG	ARG	G	G	1 - 216	1 - 216
2	38	GLU	GLU	ARG	ARG	K	K	1 - 216	1 - 216
1	39	GLU	GLU	ARG	ARG	G	G	1 - 216	1 - 216
2	39	GLU	GLU	ARG	ARG	M	M	1 - 216	1 - 216
1	40	GLU	GLU	ARG	ARG	G	G	1 - 216	1 - 216
2	40	GLU	GLU	ARG	ARG	O	O	1 - 216	1 - 216
1	41	ASP	ASP	ASN	ASN	H	H	1 - 216	1 - 216
2	41	ASP	ASP	ASN	ASN	J	J	1 - 216	1 - 216
1	42	ASP	ASP	ASN	ASN	H	H	1 - 216	1 - 216
2	42	ASP	ASP	ASN	ASN	L	L	1 - 216	1 - 216
1	43	ASP	ASP	ASN	ASN	H	H	1 - 216	1 - 216
2	43	ASP	ASP	ASN	ASN	N	N	1 - 216	1 - 216
1	44	ASP	ASP	GLU	GLU	H	H	1 - 217	1 - 217
2	44	ASP	ASP	GLU	GLU	P	P	1 - 217	1 - 217
1	45	GLU	GLU	PRO	PRO	I	I	1 - 218	1 - 218
2	45	GLU	GLU	PRO	PRO	K	K	1 - 218	1 - 218
1	46	GLU	GLU	PRO	PRO	I	I	1 - 218	1 - 218
2	46	GLU	GLU	PRO	PRO	M	M	1 - 218	1 - 218
1	47	GLU	GLU	GLY	GLY	I	I	1 - 217	1 - 217
2	47	GLU	GLU	GLY	GLY	O	O	1 - 217	1 - 217
1	48	ASP	ASP	CYS	CYS	J	J	1 - 218	1 - 218
2	48	ASP	ASP	CYS	CYS	L	L	1 - 218	1 - 218
1	49	ASP	ASP	CYS	CYS	J	J	1 - 218	1 - 218
2	49	ASP	ASP	CYS	CYS	N	N	1 - 218	1 - 218
1	50	ASP	ASP	ASN	ASN	J	J	1 - 216	1 - 216
2	50	ASP	ASP	ASN	ASN	P	P	1 - 216	1 - 216
1	51	GLU	GLU	PRO	PRO	K	K	1 - 218	1 - 218
2	51	GLU	GLU	PRO	PRO	M	M	1 - 218	1 - 218
1	52	GLU	GLU	GLY	GLY	K	K	1 - 217	1 - 217
2	52	GLU	GLU	GLY	GLY	O	O	1 - 217	1 - 217
1	53	ASP	ASP	CYS	CYS	L	L	1 - 218	1 - 218
2	53	ASP	ASP	CYS	CYS	N	N	1 - 218	1 - 218
1	54	ASP	ASP	ASN	ASN	L	L	1 - 216	1 - 216
2	54	ASP	ASP	ASN	ASN	P	P	1 - 216	1 - 216
1	55	GLU	GLU	GLY	GLY	M	M	1 - 217	1 - 217
2	55	GLU	GLU	GLY	GLY	O	O	1 - 217	1 - 217
1	56	ASP	ASP	ASN	ASN	N	N	1 - 216	1 - 216
2	56	ASP	ASP	ASN	ASN	P	P	1 - 216	1 - 216
1	57	HYP	HYP	ILE	ILE	X	Q	9 - 21	9 - 21
2	57	HYP	HYP	ILE	ILE	Q	R	9 - 21	9 - 21
1	58	HYP	HYP	PRO	PRO	X	Q	9 - 23	9 - 23
2	58	HYP	HYP	PRO	PRO	R	S	9 - 23	9 - 23
1	59	HYP	HYP	PRO	PRO	X	Q	9 - 23	9 - 23
2	59	HYP	HYP	PRO	PRO	S	T	9 - 23	9 - 23
1	60	PRO	PRO	GLY	GLY	X	Q	11 - 22	11 - 22
2	60	PRO	PRO	GLY	GLY	T	U	11 - 22	11 - 22
1	61	HYP	HYP	GLY	GLY	X	Q	12 - 22	12 - 22
2	61	HYP	HYP	GLY	GLY	U	V	12 - 22	12 - 22
1	62	HYP	HYP	GLY	GLY	X	Q	12 - 22	12 - 22
2	62	HYP	HYP	GLY	GLY	V	W	12 - 22	12 - 22
1	63	HYP	HYP	ILE	ILE	Q	R	9 - 21	9 - 21
2	63	HYP	HYP	ILE	ILE	R	S	9 - 21	9 - 21
1	64	HYP	HYP	ILE	ILE	Q	R	9 - 21	9 - 21
2	64	HYP	HYP	ILE	ILE	S	T	9 - 21	9 - 21
1	65	PRO	PRO	ILE	ILE	Q	R	11 - 21	11 - 21
2	65	PRO	PRO	ILE	ILE	T	U	11 - 21	11 - 21
1	66	HYP	HYP	PRO	PRO	R	S	9 - 23	9 - 23
2	66	HYP	HYP	PRO	PRO	S	T	9 - 23	9 - 23
1	67	PRO	PRO	GLY	GLY	R	S	11 - 22	11 - 22
2	67	PRO	PRO	GLY	GLY	T	U	11 - 22	11 - 22
1	68	HYP	HYP	GLY	GLY	R	S	12 - 22	12 - 22
2	68	HYP	HYP	GLY	GLY	U	V	12 - 22	12 - 22
1	69	HYP	HYP	GLY	GLY	R	S	12 - 22	12 - 22
2	69	HYP	HYP	GLY	GLY	V	W	12 - 22	12 - 22
1	70	PRO	PRO	GLY	GLY	S	T	11 - 22	11 - 22
2	70	PRO	PRO	GLY	GLY	T	U	11 - 22	11 - 22
1	71	HYP	HYP	GLY	GLY	S	T	12 - 22	12 - 22
2	71	HYP	HYP	GLY	GLY	U	V	12 - 22	12 - 22
1	72	HYP	HYP	GLY	GLY	S	T	12 - 22	12 - 22
2	72	HYP	HYP	GLY	GLY	V	W	12 - 22	12 - 22
1	73	HYP	HYP	GLY	GLY	T	U	12 - 22	12 - 22
2	73	HYP	HYP	GLY	GLY	U	V	12 - 22	12 - 22
1	74	HYP	HYP	GLY	GLY	T	U	12 - 22	12 - 22
2	74	HYP	HYP	GLY	GLY	V	W	12 - 22	12 - 22
1	75	HYP	HYP	GLY	GLY	U	V	12 - 22	12 - 22
2	75	HYP	HYP	GLY	GLY	V	W	12 - 22	12 - 22

NCSアンサンブル:

#1: 抗体	ACC1 Fab fragment heavy chain 分子量: 23353.164 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: B cell hybridoma / Variant: B10.RIII.Cia5
#2: 抗体	ACC1 Fab fragment light chain 分子量: 23721.199 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: B cell hybridoma / Variant: B10.RIII.Cia5
#3: タンパク質・ペプチド	synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II 分子量: 2698.919 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成詳細: the synthesized peptide is a triple-helical homotrimer of the above provided sequence, but only a single alpha-chain is bound to ACC1 in the crystal structure 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% (w/v) PEG3350, 0.1 M Bistris-Propane pH 7.5, 0.2 M sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: PILATUS 6 / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→49.09 Å / Num. obs: 100498 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 46.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.799 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4899 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MU0

5mu0

解像度: 2.7→49.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 31.297 / SU ML: 0.292 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22845	4864	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20629	-	-	-
obs	0.20737	95561	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.939 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.7→49.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27006	0	0	441	27447

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	27684
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	25288
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.484	1.947	37631
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.005	3	58617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.743	5	3544
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.399	24.444	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.918	15	4355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.315	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	4213
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	31216
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	6112
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.832	2.526	14266
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.832	2.526	14265
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.482	3.784	17780
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.481	3.784	17781
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.78	2.568	13418
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.78	2.568	13419
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.354	3.821	19852
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.705	28.126	27879
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.705	28.126	27880
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	12870	0.06
1	2	C	12870	0.06
2	1	A	12856	0.06
2	2	E	12856	0.06
3	1	A	12784	0.05
3	2	G	12784	0.05
4	1	A	12908	0.05
4	2	I	12908	0.05
5	1	A	12926	0.05
5	2	K	12926	0.05
6	1	A	12918	0.06
6	2	M	12918	0.06
7	1	A	12878	0.05
7	2	O	12878	0.05
8	1	B	13324	0.05
8	2	D	13324	0.05
9	1	B	13346	0.03
9	2	F	13346	0.03
10	1	B	13276	0.05
10	2	H	13276	0.05
11	1	B	13372	0.04
11	2	J	13372	0.04
12	1	B	13420	0.04
12	2	L	13420	0.04
13	1	B	13420	0.03
13	2	N	13420	0.03
14	1	B	13208	0.05
14	2	P	13208	0.05
15	1	C	12804	0.07
15	2	E	12804	0.07
16	1	C	12716	0.06
16	2	G	12716	0.06
17	1	C	13062	0.06
17	2	I	13062	0.06
18	1	C	12832	0.07
18	2	K	12832	0.07
19	1	C	12926	0.06
19	2	M	12926	0.06
20	1	C	12798	0.06
20	2	O	12798	0.06
21	1	D	13270	0.05
21	2	F	13270	0.05
22	1	D	13226	0.05
22	2	H	13226	0.05
23	1	D	13368	0.05
23	2	J	13368	0.05
24	1	D	13362	0.05
24	2	L	13362	0.05
25	1	D	13330	0.05
25	2	N	13330	0.05
26	1	D	13186	0.06
26	2	P	13186	0.06
27	1	E	12746	0.06
27	2	G	12746	0.06
28	1	E	12864	0.05
28	2	I	12864	0.05
29	1	E	12758	0.07
29	2	K	12758	0.07
30	1	E	12928	0.04
30	2	M	12928	0.04
31	1	E	12812	0.05
31	2	O	12812	0.05
32	1	F	13346	0.05
32	2	H	13346	0.05
33	1	F	13318	0.04
33	2	J	13318	0.04
34	1	F	13326	0.04
34	2	L	13326	0.04
35	1	F	13342	0.03
35	2	N	13342	0.03
36	1	F	13302	0.05
36	2	P	13302	0.05
37	1	G	12772	0.06
37	2	I	12772	0.06
38	1	G	12724	0.06
38	2	K	12724	0.06
39	1	G	12796	0.05
39	2	M	12796	0.05
40	1	G	12826	0.04
40	2	O	12826	0.04
41	1	H	13344	0.04
41	2	J	13344	0.04
42	1	H	13326	0.04
42	2	L	13326	0.04
43	1	H	13282	0.05
43	2	N	13282	0.05
44	1	H	13328	0.05
44	2	P	13328	0.05
45	1	I	12884	0.05
45	2	K	12884	0.05
46	1	I	12988	0.04
46	2	M	12988	0.04
47	1	I	12854	0.05
47	2	O	12854	0.05
48	1	J	13452	0.03
48	2	L	13452	0.03
49	1	J	13392	0.04
49	2	N	13392	0.04
50	1	J	13286	0.04
50	2	P	13286	0.04
51	1	K	12920	0.05
51	2	M	12920	0.05
52	1	K	12836	0.05
52	2	O	12836	0.05
53	1	L	13400	0.04
53	2	N	13400	0.04
54	1	L	13312	0.04
54	2	P	13312	0.04
55	1	M	12918	0.04
55	2	O	12918	0.04
56	1	N	13208	0.05
56	2	P	13208	0.05
57	1	X	444	0.07
57	2	Q	444	0.07
58	1	X	514	0.15
58	2	R	514	0.15
59	1	X	502	0.15
59	2	S	502	0.15
60	1	X	416	0.09
60	2	T	416	0.09
61	1	X	374	0.03
61	2	U	374	0.03
62	1	X	362	0.13
62	2	V	362	0.13
63	1	Q	444	0.11
63	2	R	444	0.11
64	1	Q	440	0.1
64	2	S	440	0.1
65	1	Q	384	0.08
65	2	T	384	0.08
66	1	R	504	0.11
66	2	S	504	0.11
67	1	R	418	0.09
67	2	T	418	0.09
68	1	R	374	0.03
68	2	U	374	0.03
69	1	R	362	0.13
69	2	V	362	0.13
70	1	S	430	0.01
70	2	T	430	0.01
71	1	S	362	0.1
71	2	U	362	0.1
72	1	S	376	0.09
72	2	V	376	0.09
73	1	T	364	0.1
73	2	U	364	0.1
74	1	T	380	0.09
74	2	V	380	0.09
75	1	U	364	0.13
75	2	V	364	0.13

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	325	-
R_work	0.319	6989	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2118	-1.7308	-1.0008	3.4494	-0.1613	5.2555	0.0211	-0.2031	0.3568	-0.0261	0.1122	-0.6087	0.1076	0.2752	-0.1333	0.0326	-0.0037	0.0045	0.0545	-0.0849	0.2206	5.7903	-40.5456	30.7431
2	2.334	-0.705	-0.7637	6.7058	-0.8271	3.2879	0.0016	0.2271	0.2319	-0.5743	-0.2936	-0.8286	0.1163	0.0439	0.2921	0.2935	0.0063	0.2612	0.1206	0.0826	0.4659	5.1385	-17.3093	8.2228
3	1.773	-0.1209	-0.1088	3.8871	-1.6563	2.4633	0.0196	0.2089	0.2406	-0.4896	0.0702	-0.0685	-0.0111	-0.0726	-0.0898	0.1299	-0.0329	0.0703	0.0735	-0.0577	0.1977	-11.7795	-24.2373	17.8278
4	3.9287	-1.9387	-0.4833	4.6642	1.6301	6.4051	0.2035	0.0295	-0.0594	-0.2084	-0.1159	0.4394	-0.3654	-0.5345	-0.0876	0.1498	0.027	-0.0208	0.1281	0.0412	0.0716	-78.2931	4.5932	34.2511
5	2.9833	-1.7556	0.7677	6.8896	0.7782	4.8477	-0.0694	0.069	-0.3375	-0.1169	-0.0275	0.2712	-0.0806	-0.9164	0.0968	0.1466	-0.0383	0.0033	0.442	0.0156	0.0964	-79.1072	-17.6233	10.9711
6	3.6034	-2.4755	-1.8506	4.3612	2.4192	3.781	-0.1627	-0.7939	0.1483	0.4527	0.3837	-0.2681	0.2525	0.3634	-0.221	0.1947	-0.0434	-0.0945	0.2091	0.0036	0.049	-58.2182	-5.3624	37.7993
7	1.5632	0.3451	2.0015	1.0496	0.5301	7.4409	-0.0842	0.22	-0.0255	-0.2354	-0.0149	-0.1391	-0.0532	0.0291	0.0991	0.1796	-0.0206	-0.0215	0.0531	0.0199	0.12	-64.9386	-17.8501	4.3859
8	4.9467	-0.2551	0.3079	3.3868	-1.2997	4.5453	-0.1097	0.2492	-0.2416	-0.2065	0.0565	-0.3132	0.2831	-0.3896	0.0532	0.052	-0.0604	-0.0161	0.0898	0.0303	0.1086	-46.6756	-1.9363	12.3812
9	6.4814	1.3785	-2.1629	2.165	0.6577	5.5464	-0.1949	0.3704	0.0615	-0.4653	0.2742	-0.498	-0.2423	-0.1175	-0.0793	0.1791	-0.0496	0.0931	0.1699	0.0895	0.3309	-42.0061	12.0344	-16.0082
10	4.1458	1.755	-0.7581	3.3742	-1.2407	4.0042	0.0115	-0.2124	0.0658	0.1367	-0.156	-0.7722	0.1453	0.3308	0.1445	0.0336	0.0082	-0.0937	0.0799	0.0111	0.3836	-30.4085	12.5909	18.0693
11	1.6598	0.5217	1.8381	3.7291	0.3902	5.5146	-0.2933	0.2584	0.5386	-1.0192	0.2409	-0.0836	-0.9027	-0.1281	0.0525	0.4963	-0.0741	0.101	0.2208	0.1812	0.5419	-38.7495	27.7725	-13.8767
12	5.496	0.1563	0.8448	5.0879	1.479	5.3245	0.0744	0.4898	0.3225	-0.3753	-0.06	-0.1653	-0.0678	0.4919	-0.0144	0.0503	0.0343	0.0604	0.1123	0.0556	0.1354	-27.9371	-33.7367	11.0392
13	3.2645	1.955	-0.3443	3.0094	2.719	5.4912	-0.453	0.4901	0.6335	-0.7944	0.6321	0.3498	0.3035	0.6734	-0.1791	1.6195	0.1921	-0.2323	0.3039	-0.0193	0.7066	-33.6725	-49.0556	-13.1377
14	10.6207	5.7335	7.3003	6.1972	6.5771	7.3385	0.2954	0.6408	1.3756	-0.3181	-0.1994	-0.2403	0.0597	-0.1059	-0.096	1.4038	-0.0464	-0.371	0.7719	0.3752	1.0016	-40.1761	-45.6536	-22.5657
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30	6.3457	0.3515	1.0249	0.0266	0.0592	0.1845	-0.1026	0.1145	-0.3158	-0.0001	0.0596	-0.0273	-0.006	0.0534	0.043	0.4419	0.0509	-0.0688	0.4133	0.009	0.58	-28.4892	37.8189	22.8889
31	2.7077	2.9199	4.3039	7.536	4.2233	6.9486	0.0626	0.1157	-0.0781	0.086	0.0069	-0.6678	-0.0852	0.2651	-0.0696	0.5242	-0.0764	-0.0082	0.3537	-0.0634	0.3652	-64.6496	44.2471	47.1628
32	5.3833	-4.951	-2.1538	23.9658	-10.8264	10.946	-0.212	0.3802	0.3194	-0.4417	0.2215	-0.3437	-0.1005	0.3091	-0.0095	0.3546	-0.264	0.0066	0.5834	-0.0139	0.344	43.1618	3.2497	53.3213
33	11.1382	0.029	-2.6582	7.0172	-4.735	5.7843	0.0471	-1.1563	-0.4988	0.4211	-0.0207	0.3802	0.3082	0.3611	-0.0264	0.4005	0.0148	0.01	0.3189	-0.0503	0.2275	-4.3303	-38.1597	49.2875

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 120
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	121 - 218
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 218
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	1 - 114
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	115 - 218
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	1 - 104
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	105 - 218
8	X-RAY DIFFRACTION	8	E	1 - 112
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	113 - 218
10	X-RAY DIFFRACTION	10	F	1 - 105
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	106 - 217
12	X-RAY DIFFRACTION	12	G	1 - 109
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	110 - 185
14	X-RAY DIFFRACTION	14	G	186 - 216
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	1 - 120
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	121 - 217
17	X-RAY DIFFRACTION	17	I	1 - 218
18	X-RAY DIFFRACTION	18	J	1 - 218
19	X-RAY DIFFRACTION	19	K	1 - 117
20	X-RAY DIFFRACTION	20	K	118 - 218
21	X-RAY DIFFRACTION	21	L	1 - 218
22	X-RAY DIFFRACTION	22	M	1 - 218
23	X-RAY DIFFRACTION	23	N	1 - 218
24	X-RAY DIFFRACTION	24	O	1 - 217
25	X-RAY DIFFRACTION	25	P	1 - 217
26	X-RAY DIFFRACTION	26	Q	8 - 22
27	X-RAY DIFFRACTION	27	R	9 - 23
28	X-RAY DIFFRACTION	28	S	9 - 23
29	X-RAY DIFFRACTION	29	T	11 - 23
30	X-RAY DIFFRACTION	30	U	12 - 26
31	X-RAY DIFFRACTION	31	V	12 - 23
32	X-RAY DIFFRACTION	32	W	13 - 21
33	X-RAY DIFFRACTION	33	X	9 - 23

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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