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- PDB-6b5o: Structure of PfCSP peptide 29 with human protective antibody CIS43 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6b5o | ||||||
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Title | Structure of PfCSP peptide 29 with human protective antibody CIS43 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Malaria / pfCSP / vaccine / antibodies | ||||||
Function / homology | ![]() entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pancera, M. / Weidle, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: A human monoclonal antibody prevents malaria infection by targeting a new site of vulnerability on the parasite. Authors: Kisalu, N.K. / Idris, A.H. / Weidle, C. / Flores-Garcia, Y. / Flynn, B.J. / Sack, B.K. / Murphy, S. / Schon, A. / Freire, E. / Francica, J.R. / Miller, A.B. / Gregory, J. / March, S. / Liao, ...Authors: Kisalu, N.K. / Idris, A.H. / Weidle, C. / Flores-Garcia, Y. / Flynn, B.J. / Sack, B.K. / Murphy, S. / Schon, A. / Freire, E. / Francica, J.R. / Miller, A.B. / Gregory, J. / March, S. / Liao, H.X. / Haynes, B.F. / Wiehe, K. / Trama, A.M. / Saunders, K.O. / Gladden, M.A. / Monroe, A. / Bonsignori, M. / Kanekiyo, M. / Wheatley, A.K. / McDermott, A.B. / Farney, S.K. / Chuang, G.Y. / Zhang, B. / Kc, N. / Chakravarty, S. / Kwong, P.D. / Sinnis, P. / Bhatia, S.N. / Kappe, S.H.I. / Sim, B.K.L. / Hoffman, S.L. / Zavala, F. / Pancera, M. / Seder, R.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 219 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 439 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 439.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6b5lC ![]() 6b5mC ![]() 6b5nC ![]() 6b5pC ![]() 6b5rC ![]() 6b5sC ![]() 6b5tC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 24206.227 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 24138.707 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
#3: Protein/peptide | Mass: 1506.493 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) ![]() ![]() References: UniProt: P02893*PLUS |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.6M Sodium Citrate Tribasic Dihydrate pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 28, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.18→50 Å / Num. obs: 22790 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 13.5 % / Net I/σ(I): 13.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.194→50 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 28.89
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.194→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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