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Yorodumi- PDB-5yfi: Crystal structure of the anti-human prostaglandin E receptor EP4 ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5yfi | ||||||
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Title | Crystal structure of the anti-human prostaglandin E receptor EP4 antibody Fab fragment | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.848 Å | ||||||
Authors | Toyoda, Y. / Morimoto, K. / Suno, R. / Horita, S. / Iwata, S. / Kobayashi, T. | ||||||
Citation | Journal: Nat. Chem. Biol. / Year: 2019 Title: Ligand binding to human prostaglandin E receptor EP4at the lipid-bilayer interface. Authors: Toyoda, Y. / Morimoto, K. / Suno, R. / Horita, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Sekiguchi, Y. / Yasuda, S. / Shiroishi, M. / Shimizu, T. / Urushibata, Y. / Kajiwara, Y. / Inazumi, T. / ...Authors: Toyoda, Y. / Morimoto, K. / Suno, R. / Horita, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Sekiguchi, Y. / Yasuda, S. / Shiroishi, M. / Shimizu, T. / Urushibata, Y. / Kajiwara, Y. / Inazumi, T. / Hotta, Y. / Asada, H. / Nakane, T. / Shiimura, Y. / Nakagita, T. / Tsuge, K. / Yoshida, S. / Kuribara, T. / Hosoya, T. / Sugimoto, Y. / Nomura, N. / Sato, M. / Hirokawa, T. / Kinoshita, M. / Murata, T. / Takayama, K. / Yamamoto, M. / Narumiya, S. / Iwata, S. / Kobayashi, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5yfi.cif.gz | 191.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5yfi.ent.gz | 157.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5yfi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5yfi_validation.pdf.gz | 434.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5yfi_full_validation.pdf.gz | 436.5 KB | Display | |
Data in XML | 5yfi_validation.xml.gz | 20.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5yfi_validation.cif.gz | 30.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/5yfi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/5yfi | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 26614.857 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) | ||
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#2: Antibody | Mass: 27574.092 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) | ||
#3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.17 % Description: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 15% PEG 4000, 200 mM zinc acetate, 100 mM MES (pH 6.5), 100 mM guanidine hydrochloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 13, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.848→50 Å / Num. obs: 81114 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 5.2 % / Net I/σ(I): 9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.848→44.935 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.7 / Phase error: 23.66 Details: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.848→44.935 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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