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Yorodumi- PDB-6tcp: Crystal structure of the omalizumab Fab Leu158Pro light chain mut... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6tcp | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the omalizumab Fab Leu158Pro light chain mutant - crystal form II | |||||||||
Components | (Omalizumab Fab Leu158Pro light chain ...) x 2 | |||||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / Fab / Antibody / immunoglobulin | |||||||||
| Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER Function and homology information | |||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | |||||||||
Authors | Mitropoulou, A.N. / Ceska, T. / Beavil, A.J. / Henry, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J. / Davies, A.M. | |||||||||
| Funding support | United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2020Title: Engineering the Fab fragment of the anti-IgE omalizumab to prevent Fab crystallization and permit IgE-Fc complex crystallization. Authors: Mitropoulou, A.N. / Ceska, T. / Heads, J.T. / Beavil, A.J. / Henry, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J. / Davies, A.M. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6tcp.cif.gz | 644.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6tcp.ent.gz | 534.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6tcp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6tcp_validation.pdf.gz | 513 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6tcp_full_validation.pdf.gz | 522.4 KB | Display | |
| Data in XML | 6tcp_validation.xml.gz | 61.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 6tcp_validation.cif.gz | 83.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/6tcp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/6tcp | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6tcmSC ![]() 6tcnC ![]() 6tcoC ![]() 6tcqC ![]() 6tcrC ![]() 6tcsC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Antibody , 2 types, 8 molecules LACEHBDF
| #1: Antibody | Mass: 23906.244 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Omalizumab Fab Leu158Pro light chain mutant / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK / Production host: Homo sapiens (human)#2: Antibody | Mass: 24672.490 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Omalizumab Fab heavy chain / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK / Production host: Homo sapiens (human) |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 322 molecules 






| #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-PEG / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.21 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20% PEG 4000, 0.2M magnesium sulphate and 10% glycerol. Crystals were cryoprotected in 20% PEG 4000, 0.2M magnesium sulphate and 18% glycerol. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.9173 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Sep 24, 2011 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9173 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.5→82.21 Å / Num. obs: 74746 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.254 / Rpim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 8.9 |
| Reflection shell | Resolution: 2.5→2.55 Å / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.464 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4509 / CC1/2: 0.562 / Rpim(I) all: 0.602 / % possible all: 99.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6TCM Resolution: 2.5→81.022 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.26
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 109.63 Å2 / Biso mean: 36.3553 Å2 / Biso min: 5.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→81.022 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
United Kingdom, 2items
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