PDB-6tcm: Crystal structure of the omalizumab Fab - crystal form I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tcm

タイトル

Crystal structure of the omalizumab Fab - crystal form I

要素

(Omalizumab Fab) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab / Antibody / immunoglobulin

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Mitropoulou, A.N. / Ceska, T. / Beavil, A.J. / Henry, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J. / Davies, A.M.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Engineering the Fab fragment of the anti-IgE omalizumab to prevent Fab crystallization and permit IgE-Fc complex crystallization.
著者: Mitropoulou, A.N. / Ceska, T. / Heads, J.T. / Beavil, A.J. / Henry, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J. / Davies, A.M.

履歴

登録	2019年11月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tcm.cif.gz	191.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tcm.ent.gz	150.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tcm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/6tcm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/6tcm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tcnC 6tcoC 6tcpC 6tcqC 6tcrC 6tcsC 2fjfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4s1d-3 6tcp-4 5i1g-d 4mau-d 4ygv-2 6tcr-d 6ele-2 5fgb-2 5dq9-1 4o51-2 1axs-2 6nov-1 5i1a-1 4r7d-1 5k8a-1 1u6a-d 5t6p-2 6tcn-1 3p0v-2 6tcp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Omalizumab Fab

H: Omalizumab Fab

ヘテロ分子

49.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.375, 73.555, 141.099
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体	Omalizumab Fab 分子量: 23922.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Omalizumab Fab light chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Omalizumab Fab 分子量: 24672.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Omalizumab Fab heavy chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 325分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.58 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.085M Tris pH8.5, 42.5% MPD, 15% glycerol and 0.17M ammonium phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→65.38 Å / Num. obs: 58932 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.8 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.192 / R_pim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 4.3
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 2.641 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3588 / CC_1/2: 0.413 / R_pim(I) all: 1.101 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2FJF

2fjf

解像度: 1.85→65.224 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.53

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1903	2899	5 %
R_work	0.1677	-	-
obs	0.1688	57943	98.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.91 Å² / B_iso mean: 29.315 Å² / B_iso min: 11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→65.224 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3301	0	70	314	3685
B_iso mean	-	-	54.22	40.07	-
残基数	-	-	-	-	439

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	3520
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.334	4816
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	539
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	607
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.333	2109

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.85-1.8804	0.4002	123	0.3702	2355	90
1.8804-1.9128	0.2762	127	0.2779	2402	91
1.9128-1.9476	0.2536	130	0.2338	2455	94
1.9476-1.9851	0.2179	134	0.1929	2549	96
1.9851-2.0256	0.2027	133	0.1854	2523	98
2.0256-2.0696	0.2555	138	0.184	2630	99
2.0696-2.1178	0.1915	138	0.1827	2627	100
2.1178-2.1707	0.2085	139	0.1708	2632	100
2.1707-2.2294	0.2051	139	0.1704	2642	100
2.2294-2.295	0.2146	139	0.1793	2638	100
2.295-2.3691	0.2248	138	0.1638	2626	100
2.3691-2.4538	0.1961	141	0.1664	2672	100
2.4538-2.552	0.1921	138	0.171	2633	100
2.552-2.6682	0.229	139	0.1774	2646	100
2.6682-2.8089	0.2614	142	0.2107	2660	100
2.8089-2.9848	0.1927	141	0.152	2684	100
2.9848-3.2153	0.1789	139	0.1534	2661	100
3.2153-3.5389	0.1394	143	0.1404	2687	100
3.5389-4.0509	0.1588	142	0.1356	2707	100
4.0509-5.1034	0.1352	144	0.1244	2742	100
5.1034-65.224	0.1841	152	0.1838	2873	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3127	0.1795	0.1629	0.26	0.3021	0.3359	0.0351	-0.0161	0.0304	-0.1006	0.0584	-0.2088	-0.056	0.3462	0.02	0.1299	0.047	0.0098	0.2426	-0.01	0.2563	17.4242	-0.2198	-31.6521
2	0.494	0.4204	-0.0124	0.3547	-0.2927	0.2417	0.0831	0.1557	0.0465	-0.0081	-0.0415	-0.0734	0.1542	0.0387	0.0311	0.1526	0.0628	-0.0009	0.1478	-0.0323	0.151	9.4398	-9.9793	-31.683
3	0.1083	0.1319	0.3333	0.7828	0.3439	0.7993	0.0208	0.0147	-0.0164	-0.0647	-0.0032	-0.0317	-0.0092	0.0657	0.0014	0.1081	0.0252	0.0106	0.1666	-0.001	0.1977	7.941	2.9974	-26.7173
4	0.3375	0.1062	0.073	0.2184	-0.1416	0.1954	-0.0609	0.024	0.0978	0.0443	0.0143	-0.0722	0.0543	0.0718	-0.0067	0.171	0.015	-0.0215	0.1902	-0.0324	0.164	9.07	20.4493	-12.1409
5	0.1239	0.3838	0.1614	0.1952	0.2774	0.137	-0.0815	-0.0629	0.1753	0.0636	0.0106	0.0197	-0.1822	-0.0628	-0.0741	0.212	0.0243	-0.0395	0.2117	-0.0704	0.2156	8.5628	28.2851	-4.3152
6	0.0695	-0.1249	0.0301	0.1624	0.0282	0.1778	-0.0205	-0.1028	-0.027	0.395	-0.0673	0.1425	0.2804	-0.2444	-0.0197	0.3399	0.0144	0.0051	0.245	-0.0067	0.1855	-4.174	-14.4093	-14.4926
7	0.3538	-0.2812	0.0821	0.256	0.0747	0.6382	0.1022	-0.0873	-0.0771	0.4301	-0.0032	-0.1014	0.3532	0.0184	0.0019	0.2838	0.033	-0.0392	0.1472	-0.0007	0.1536	4.3256	-18.9648	-16.8523
8	0.0263	-0.0496	0.0487	0.2795	0.2743	0.2704	-0.0446	-0.1586	-0.0291	0.8967	0.0052	0.1745	0.5856	-0.1229	-0.0801	0.5092	0.068	-0.1322	0.2486	0.0023	0.1146	4.3019	-15.9633	-8.6299
9	0.2611	-0.1445	-0.1291	0.3355	0.1306	0.8593	-0.036	-0.0354	0.0569	0.2541	0.0633	0.0099	0.1545	0.0049	0.0025	0.1228	0.0338	-0.0059	0.1408	-0.014	0.1522	-1.0209	2.8016	-12.1342
10	0.5019	0.1435	-0.3729	0.4154	0.0353	0.3277	-0.0389	0.0144	0.012	0.1678	0.0735	0.0832	-0.0261	-0.0837	-0	0.1622	0.0375	-0.0005	0.1981	0.003	0.1869	-6.0148	14.1059	-7.9642

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 1 through 25 )	L	1 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 26 through 52 )	L	26 - 52
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 53 through 132 )	L	53 - 132
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 133 through 178 )	L	133 - 178
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 179 through 217 )	L	179 - 217
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 1 through 33 )	H	1 - 33
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 34 through 76 )	H	34 - 76
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 77 through 91 )	H	77 - 91
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 92 through 165 )	H	92 - 165
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 166 through 222 )	H	166 - 222

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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