PDB-5t6p: Crystal structure of therapeutic mAB AR20.5 in complex with MUC1 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t6p

タイトル

Crystal structure of therapeutic mAB AR20.5 in complex with MUC1 peptide

要素

Fab Fragment - Heavy Chain
Fab fragment AR20.5 - Light Chain
MUC1 Peptide Fragment

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / Fab

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Dectin-2 family / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Brooks, C.L. / Movahedin, M.

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2017
タイトル: Glycosylation of MUC1 influences the binding of a therapeutic antibody by altering the conformational equilibrium of the antigen.
著者: Movahedin, M. / Brooks, T.M. / Supekar, N.T. / Gokanapudi, N. / Boons, G.J. / Brooks, C.L.

履歴

登録	2016年9月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月18日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2017年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t6p.cif.gz	493.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t6p.ent.gz	416.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t6p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/5t6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/5t6p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5t78C 4hgwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4r7d-1 5i1g-d 1kfa-2 2orb-1 5nyx-2 1rzi-8 6y49-d 5x4g-d 6ltg-2 6ugt-2 5d1z-3 3eo0-2 3fzu-2 5i1h-d 6z3k-4 5e2v-d 4yhn-2 6xul-5 3qnz-d 1uwe-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
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SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
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#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab fragment AR20.5 - Light Chain

B: Fab Fragment - Heavy Chain

C: Fab fragment AR20.5 - Light Chain

D: Fab Fragment - Heavy Chain

E: MUC1 Peptide Fragment

F: MUC1 Peptide Fragment

95.8 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Fab fragment AR20.5 - Light Chain

B: Fab Fragment - Heavy Chain

F: MUC1 Peptide Fragment

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 3 ポリマー
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2

C: Fab fragment AR20.5 - Light Chain

D: Fab Fragment - Heavy Chain

E: MUC1 Peptide Fragment

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.700, 69.700, 363.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain F
2	1	chain E
1	2	(chain A and (resseq 1:202 or (resid 203 and (name...
2	2	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...
1	3	(chain B and (resseq 2 or resseq 4:129 or resseq 138:215))
2	3	(chain D and (resseq 2 or resseq 4:129 or resseq 138:215))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASP	ASP	PRO	PRO	chain F	F	F	3 - 8	3 - 8
2	1	1	ASP	ASP	PRO	PRO	chain E	E	E	3 - 8	3 - 8
1	1	2	ASP	ASP	THR	THR	(chain A and (resseq 1:202 or (resid 203 and (name...	A	A	1 - 202	1 - 202
1	2	2	HIS	HIS	HIS	HIS	(chain A and (resseq 1:202 or (resid 203 and (name...	A	A	203	203
1	3	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain A and (resseq 1:202 or (resid 203 and (name...	A	A	1 - 216	1 - 216
1	4	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain A and (resseq 1:202 or (resid 203 and (name...	A	A	1 - 216	1 - 216
1	5	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain A and (resseq 1:202 or (resid 203 and (name...	A	A	1 - 216	1 - 216
1	6	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain A and (resseq 1:202 or (resid 203 and (name...	A	A	1 - 216	1 - 216
1	7	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain A and (resseq 1:202 or (resid 203 and (name...	A	A	1 - 216	1 - 216
1	8	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain A and (resseq 1:202 or (resid 203 and (name...	A	A	1 - 216	1 - 216
1	9	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain A and (resseq 1:202 or (resid 203 and (name...	A	A	1 - 216	1 - 216
1	10	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain A and (resseq 1:202 or (resid 203 and (name...	A	A	1 - 216	1 - 216
1	11	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain A and (resseq 1:202 or (resid 203 and (name...	A	A	1 - 216	1 - 216
1	12	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain A and (resseq 1:202 or (resid 203 and (name...	A	A	1 - 216	1 - 216
1	13	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain A and (resseq 1:202 or (resid 203 and (name...	A	A	1 - 216	1 - 216
1	14	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain A and (resseq 1:202 or (resid 203 and (name...	A	A	1 - 216	1 - 216
1	15	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain A and (resseq 1:202 or (resid 203 and (name...	A	A	1 - 216	1 - 216
1	16	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain A and (resseq 1:202 or (resid 203 and (name...	A	A	1 - 216	1 - 216
1	17	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain A and (resseq 1:202 or (resid 203 and (name...	A	A	1 - 216	1 - 216
2	1	2	ASP	ASP	SER	SER	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	1 - 57	1 - 57
2	2	2	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	58	58
2	3	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	1 - 216	1 - 216
2	4	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	1 - 216	1 - 216
2	5	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	1 - 216	1 - 216
2	6	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	1 - 216	1 - 216
2	7	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	1 - 216	1 - 216
2	8	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	1 - 216	1 - 216
2	9	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	1 - 216	1 - 216
2	10	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	1 - 216	1 - 216
2	11	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	1 - 216	1 - 216
2	12	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	1 - 216	1 - 216
2	13	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	1 - 216	1 - 216
2	14	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	1 - 216	1 - 216
2	15	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	1 - 216	1 - 216
2	16	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	1 - 216	1 - 216
2	17	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	1 - 216	1 - 216
2	18	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	1 - 216	1 - 216
2	19	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	1 - 216	1 - 216
2	20	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	1 - 216	1 - 216
2	21	2	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain C and (resseq 1:57 or (resid 58 and (name...	C	C	1 - 216	1 - 216
1	1	3	VAL	VAL	VAL	VAL	(chain B and (resseq 2 or resseq 4:129 or resseq 138:215))	B	B	2	2
1	2	3	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain B and (resseq 2 or resseq 4:129 or resseq 138:215))	B	B	4 - 129	4 - 129
1	3	3	MET	MET	PRO	PRO	(chain B and (resseq 2 or resseq 4:129 or resseq 138:215))	B	B	138 - 215	138 - 215
2	1	3	VAL	VAL	VAL	VAL	(chain D and (resseq 2 or resseq 4:129 or resseq 138:215))	D	D	2	2
2	2	3	LEU	LEU	PRO	PRO	(chain D and (resseq 2 or resseq 4:129 or resseq 138:215))	D	D	4 - 129	4 - 129
2	3	3	MET	MET	PRO	PRO	(chain D and (resseq 2 or resseq 4:129 or resseq 138:215))	D	D	138 - 215	138 - 215

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: 抗体	Fab fragment AR20.5 - Light Chain 分子量: 23943.729 Da / 分子数: 2 / 断片: antibody Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Hybridoma, AR20.5 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	Fab Fragment - Heavy Chain 分子量: 23131.971 Da / 分子数: 2 / 断片: MUC1 peptide APDTRPAP / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma AR20.5 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド	MUC1 Peptide Fragment 分子量: 824.901 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15941*PLUS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.76 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 20000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月7日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.1

反射

解像度: 1.91→46.44 Å / Num. obs: 81198 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 11.34

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.91-1.96		0.765	2.86	0.911	1	98.8
1.96-2.01		0.705	3.28	0.814	1	100
2.01-2.07		0.543	4.25	0.867	1	100
2.07-2.14		0.434	5.27	0.911	1	100
2.14-2.21		0.374	5.96	0.933	1	100
2.21-2.28		0.402	5.42	0.956	1	97.7
2.28-2.37		0.28	7.96	0.96	1	100
2.37-2.47		0.223	9.89	0.972	1	100
2.47-2.58		0.188	11.61	0.979	1	100
2.58-2.7		0.163	13.15	0.984	1	100
2.7-2.85		0.136	15.48	0.987	1	100
2.85-3.02		0.121	17.37	0.99	1	100
3.02-3.23		0.112	18.87	0.991	1	100
3.23-3.49		0.104	20.13	0.991	1	100
3.49-3.82		0.1	20.44	0.992	1	99.9
3.82-4.27		0.093	21.34	0.994	1	100
4.27-4.93		0.086	22.03	0.994	1	100
4.93-6.04		0.076	22.08	0.995	1	100
6.04-8.54		0.069	22.01	0.995	1	99.5
	8.54	0.07	21.23	0.993	1	93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HGW

4hgw

解像度: 1.97→46.437 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.91

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2324	3612	4.88 %
R_work	0.2213	-	-
obs	0.2228	74059	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 181.61 Å² / B_iso mean: 47.8871 Å² / B_iso min: 17.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.97→46.437 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6596	0	0	438	7034
B_iso mean	-	-	-	39.3	-
残基数	-	-	-	-	856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6776
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.831	9234
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1032
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1166
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.929	4036

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	F	54	X-RAY DIFFRACTION	4.084	TORSIONAL
1	2	E	54	X-RAY DIFFRACTION	4.084	TORSIONAL
2	1	A	2619	X-RAY DIFFRACTION	4.084	TORSIONAL
2	2	C	2619	X-RAY DIFFRACTION	4.084	TORSIONAL
3	1	B	2401	X-RAY DIFFRACTION	4.084	TORSIONAL
3	2	D	2401	X-RAY DIFFRACTION	4.084	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9703-2.0042	0.3056	191	0.3006	3469	3660	95
2.0042-2.0407	0.3179	182	0.2907	3480	3662	95
2.0407-2.0799	0.2957	187	0.2995	3415	3602	95
2.0799-2.1224	0.2874	155	0.2815	3542	3697	96
2.1224-2.1685	0.2815	177	0.2888	3467	3644	95
2.1685-2.219	0.2703	171	0.3108	3432	3603	95
2.219-2.2745	0.4917	183	0.4662	3377	3560	92
2.2745-2.3359	0.3316	185	0.3051	3511	3696	95
2.3359-2.4047	0.2777	191	0.2788	3487	3678	95
2.4047-2.4823	0.268	143	0.278	3516	3659	96
2.4823-2.571	0.2729	168	0.2782	3504	3672	95
2.571-2.6739	0.2638	216	0.2648	3480	3696	94
2.6739-2.7956	0.2747	147	0.2527	3559	3706	96
2.7956-2.9429	0.2264	166	0.2418	3488	3654	95
2.9429-3.1272	0.2393	216	0.2238	3497	3713	94
3.1272-3.3685	0.2393	160	0.216	3580	3740	96
3.3685-3.7073	0.2164	201	0.1975	3540	3741	95
3.7073-4.2432	0.174	164	0.1656	3610	3774	96
4.2432-5.3439	0.1665	197	0.1397	3665	3862	95
5.3439-39.3694	0.1993	208	0.1886	3817	4025	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4817	0.0782	0.2504	4.1632	-0.7779	2.2554	-0.1614	-0.0467	0.1428	0.2129	-0.048	-0.2749	-0.0031	0.1247	0.1642	0.2367	0.1157	0.0208	0.2538	0.014	0.2087	70.5811	74.8994	56.4106
2	1.0626	-1.0964	0.0346	3.4107	-1.0265	1.1042	0.0652	0.2135	0.0917	-0.0007	-0.2937	-0.2808	0.0408	0.1123	0.2148	0.2727	0.1026	0.0512	0.2983	0.028	0.1765	61.9988	89.1889	47.8825
3	7.4513	-1.2626	2.2856	2.2497	-0.6928	2.0297	0.0447	-0.0534	0.7421	0.0106	-0.1612	-0.0348	-0.2276	-0.14	0.1167	0.3421	0.0865	0.0755	0.2689	0.0529	0.2482	53.4086	108.225	44.4865
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5	4.2049	-1.4656	0.088	2.9335	0.5381	1.2163	-0.0343	0.1177	-0.1506	-0.3253	-0.0548	0.3334	0.0161	-0.1643	0.0646	0.3146	0.0818	0.011	0.2768	-0.004	0.2143	56.6168	66.0905	40.5972
6	1.7778	-0.8375	-0.7492	1.5112	1.5077	2.3793	-0.0581	-0.467	0.4646	0.2882	0.0215	0.2365	-0.0801	-0.2818	0.267	0.3252	0.2117	0.0652	0.4117	-0.0509	0.3246	54.3379	71.9618	51.7386
7	3.7935	-0.11	0.8743	3.3622	0.6709	2.7607	-0.0867	-0.5628	-0.3364	0.3567	0.0065	0.4134	0.228	-0.3939	0.0343	0.3438	0.042	0.0828	0.3925	0.0114	0.3305	50.6665	60.4186	48.5035
8	4.1372	0.6422	0.9443	3.5533	-0.3031	2.1968	-0.1177	-0.1212	0.0013	0.1137	0.0345	0.5949	-0.012	-0.3354	0.1805	0.2066	0.0902	0.0228	0.3164	0.0287	0.2945	46.9592	67.0194	43.1637
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10	6.5469	-3.4678	0.2053	2.6148	1.1072	1.9056	-0.0072	0.1014	0.9002	0.0879	-0.2362	0.3903	-0.6195	-0.3445	-0.1701	0.2839	0.1359	-0.064	0.3599	-0.0495	0.456	49.4306	77.2399	42.1012
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12	3.5425	0.8975	-0.6678	0.9506	-0.5327	0.3068	0.1253	0.414	-0.1307	0.077	-0.0093	0.3084	-0.0296	-0.0433	0.0045	0.3604	0.2882	0.006	0.5801	-0.182	0.3854	52.1161	99.4131	34.212
13	4.4353	-0.3103	-0.7354	2.4371	-0.7306	0.8862	-0.21	0.6562	-1.6265	-0.1534	-0.1206	0.0812	0.3339	-0.0567	0.5624	0.3327	0.1504	-0.1038	0.5246	-0.35	0.9653	51.5111	88.9746	33.8562
14	5.0173	-0.213	-1.5022	2.3195	-0.8922	4.5828	0.0209	1.1219	-0.7499	-0.228	-0.1127	-0.1157	0.0576	0.0689	0.1814	0.3058	0.1274	-0.0001	0.5564	-0.0675	0.3634	55.3676	97.6055	33.8674
15	2.3771	-2.0766	-1.6794	1.8206	1.5535	2.4019	-0.3939	0.8902	-1.2718	-0.0967	-0.0361	0.1124	0.3737	-0.5917	0.6334	0.4101	0.0418	-0.0161	0.8639	-0.6819	1.0889	47.4362	87.7262	30.8224
16	4.3899	1.2581	-2.1038	5.546	0.6104	3.4745	-0.1301	1.1443	-0.776	-0.4326	-0.28	0.1281	0.2087	-0.7148	-0.1303	0.4252	0.1852	-0.0478	1.2635	-0.3973	0.4396	48.973	96.2068	25.0899
17	1.5442	-0.5459	-0.0696	4.2435	-1.1139	2.9831	0.0039	0.0146	-0.0821	-0.1076	0.0286	-0.2093	-0.031	0.0725	-0.0036	0.166	-0.0725	0.0022	0.1815	-0.0367	0.2049	104.2044	110.5515	5.1495
18	2.6424	-0.0644	-0.4081	4.7513	-0.8699	1.9307	0.0145	-0.1756	-0.0376	0.4287	-0.0449	-0.8451	-0.2159	0.5168	-0.0245	0.23	-0.0538	-0.0541	0.3123	-0.0237	0.3201	111.0324	113.4615	9.0578
19	1.7618	1.3363	0.3011	5.3644	-1.4447	1.0742	0.1798	-0.0792	-0.2565	0.1342	-0.2155	-0.22	-0.051	0.218	0.0986	0.2664	-0.038	0.0511	0.2347	-0.0123	0.2044	102.6956	104.2339	9.9177
20	6.2799	2.3482	-0.9006	3.2568	-0.5913	1.1915	0.5303	-0.9743	-0.2538	0.4365	-0.5587	0.1376	-0.0931	0.141	-0.0686	0.4117	-0.1403	-0.0323	0.3283	0.0284	0.2793	84.5225	83.7897	22.3671
21	5.1508	0.9702	-0.8748	2.5024	-0.3303	1.4795	0.3499	-0.0192	-1.4583	0.3557	-0.2915	-0.3115	0.2561	-0.0623	0.0125	0.4108	-0.0762	-0.0699	0.2591	0.0335	0.4993	85.2824	78.9325	18.2874
22	5.7897	1.367	1.4806	3.4203	1.2271	2.4319	-0.115	-0.5195	0.3436	0.2993	-0.0714	0.6165	-0.2036	-0.4053	0.1486	0.3069	0.0033	0.0901	0.3203	-0.0661	0.3226	85.8809	119.8504	16.4361
23	5.6905	1.2423	-0.2992	8.6965	1.0593	4.2829	0.0435	0.4186	-0.762	-0.2694	0.1862	0.1141	0.2914	-0.5386	0.004	0.1984	-0.0537	-0.0476	0.2861	-0.061	0.202	89.6385	114.9171	6.1596
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25	4.3226	0.6452	1.1613	4.2761	1.1029	4.1078	0.0488	0.0243	0.3553	0.0113	-0.1298	0.4519	-0.1256	-0.4861	0.0491	0.2715	0.0418	0.0151	0.3701	-0.0296	0.4284	82.7113	125.3113	11.668
26	8.4731	-0.891	2.0008	4.5301	-2.6075	5.5318	-0.095	1.0667	-0.7463	-0.7527	0.1853	0.8738	0.1747	-0.5375	-0.0839	0.3374	-0.0742	-0.0583	0.5702	-0.043	0.6253	77.3239	113.4024	3.416
27	7.9324	1.5087	1.1646	3.7947	0.2506	2.7935	-0.0675	-0.1294	-0.3528	0.2103	0.0528	0.2183	-0.1803	-0.2105	-0.0185	0.2349	0.0029	0.064	0.1907	-0.0404	0.2811	91.4733	116.8445	14.594
28	0.4062	0.6624	-1.1518	4.2424	-2.3104	5.9805	0.1391	-0.3991	0.4013	0.4671	-0.1132	0.5013	-0.2421	-0.1325	-0.0733	0.2877	-0.2083	0.0137	0.4929	-0.1201	0.5804	73.5902	95.9412	21.5986
29	6.6818	-1.7796	2.0652	7.0672	-2.679	6.646	0.5855	-0.9978	0.1965	0.8779	-0.7269	0.3589	0.5227	0.2008	0.1652	0.5247	-0.2434	0.1416	0.5498	-0.172	0.3416	82.6599	90.3602	26.3746
30	3.9748	-0.3699	0.0417	3.6055	-0.3035	2.9044	0.0804	-0.7447	1.1299	0.7532	-0.2476	0.0816	0.0595	0.0777	0.296	0.3957	-0.1622	0.0472	0.4781	-0.1447	0.4451	83.9811	96.0962	22.5962
31	4.2688	-1.3801	0.876	0.8129	-0.6792	0.6075	-0.2697	-1.538	0.0241	1.3877	0.0575	-0.2287	-0.2908	0.0239	0.1647	1.2269	-0.1919	-0.0629	1.5373	0.1357	0.3799	88.3042	88.6681	41.0943
32	5.378	0.1313	0.4258	4.3765	0.4721	4.3672	0.2677	-1.0248	1.3329	0.7779	-0.0969	0.5025	0.0399	-0.0652	0.0974	0.4836	-0.1904	0.1031	0.5901	-0.3749	0.8148	77.4805	102.6117	26.308
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34	1.4132	0.18	-0.317	0.2116	0.0552	0.1199	-0.0597	-0.3102	0.585	0.0017	0.2223	-0.5432	-0.3588	0.213	0.181	0.379	0.0057	-0.0626	0.2695	-0.1034	0.3926	101.511	127.0912	7.1869
35	1.8541	0.4447	1.9827	0.3139	0.1238	2.7225	-0.0753	-0.1065	-0.4855	0.3486	0.255	-0.3515	0.7459	0.1152	0.1668	0.4393	0.0927	0.0435	0.2461	-0.033	0.2671	66.2431	59.6982	52.1431

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 80 )	A	1 - 80
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 81 through 133 )	A	81 - 133
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 134 through 216 )	A	134 - 216
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 17 )	B	2 - 17
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 18 through 40 )	B	18 - 40
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 41 through 51 )	B	41 - 51
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 52 through 73 )	B	52 - 73
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 74 through 91 )	B	74 - 91
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 92 through 106 )	B	92 - 106
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 107 through 114 )	B	107 - 114
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 115 through 129 )	B	115 - 129
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 138 through 148 )	B	138 - 148
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 149 through 160 )	B	149 - 160
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 161 through 196 )	B	161 - 196
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 197 through 206 )	B	197 - 206
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 207 through 215 )	B	207 - 215
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 1 through 53 )	C	1 - 53
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 54 through 80 )	C	54 - 80
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 81 through 118 )	C	81 - 118
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 119 through 149 )	C	119 - 149
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 150 through 216 )	C	150 - 216
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 2 through 40 )	D	2 - 40
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 41 through 51 )	D	41 - 51
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 52 through 61 )	D	52 - 61
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 62 through 83 )	D	62 - 83
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 84 through 91 )	D	84 - 91
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 92 through 114 )	D	92 - 114
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 115 through 129 )	D	115 - 129
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 138 through 148 )	D	138 - 148
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 149 through 186 )	D	149 - 186
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 187 through 196 )	D	187 - 196
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 197 through 206 )	D	197 - 206
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 207 through 215 )	D	207 - 215
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 3 through 8 )	E	3 - 8
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 3 through 8 )	F	3 - 8

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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