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- PDB-6ltg: Crystal structure of the Fab fragment of murine monoclonal antibo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ltg
タイトルCrystal structure of the Fab fragment of murine monoclonal antibody OHV-3 against Human herpesvirus 6B
要素
  • antibody Fab fragment H-chain
  • antibody Fab fragment L-chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Human herpesvirus 6B / neutralizing antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Nishimura, M. / Novita, B.D. / Kato, T. / Tjan, L.H. / Wang, B. / Wakata, A. / Poetranto, A.L. / Kawabata, A. / Tang, H. / Aoshi, T. / Mori, Y.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP17im0210601 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19K06512 日本
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the interaction of human herpesvirus 6B tetrameric glycoprotein complex with the cellular receptor, human CD134.
著者: Nishimura, M. / Novita, B.D. / Kato, T. / Handayani Tjan, L. / Wang, B. / Wakata, A. / Lystia Poetranto, A. / Kawabata, A. / Tang, H. / Aoshi, T. / Mori, Y.
履歴
登録2020年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: antibody Fab fragment H-chain
B: antibody Fab fragment L-chain
C: antibody Fab fragment H-chain
D: antibody Fab fragment L-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9726
ポリマ－94,9244
非ポリマー492
水23,9961332
1
A: antibody Fab fragment H-chain
B: antibody Fab fragment L-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4863
ポリマ－47,4622
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
2
C: antibody Fab fragment H-chain
D: antibody Fab fragment L-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4863
ポリマ－47,4622
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.380, 95.200, 113.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 antibody Fab fragment H-chain


分子量: 23677.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 antibody Fab fragment L-chain


分子量: 23784.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM BIS-Tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, polyethylene glycol 3350 23% (w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→38.645 Å / Num. obs: 212352 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.561 % / Biso Wilson estimate: 26.579 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 756090 / Scaling rejects: 197
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.63-1.673.6460.711.855732615756157240.6550.83599.8
1.67-1.723.6430.612.175582415349153220.7350.71799.8
1.72-1.773.6380.4732.825438514986149500.8120.55699.8
1.77-1.823.6280.3633.665253614505144800.8750.42799.8
1.82-1.883.6230.2874.615099314093140730.9210.33799.9
1.88-1.953.6030.2126.194892513604135780.9550.24999.8
1.95-2.023.5770.1667.734687613134131040.9710.19699.8
2.02-2.13.5380.1349.514449512608125770.980.15999.8
2.1-2.23.4720.10811.274213912173121370.9880.12899.7
2.2-2.313.3340.08813.093820211524114590.9910.10599.4
2.31-2.433.1670.07714.343464611027109410.9920.09399.2
2.43-2.583.5540.06717.333691610438103860.9950.07899.5
2.58-2.763.3460.05320.5932263975696410.9960.06398.8
2.76-2.983.4690.04325.1931619916491150.9970.0599.5
2.98-3.263.7790.03630.2331541835883470.9980.04299.9
3.26-3.643.7610.0335.5228378756075460.9980.03599.8
3.64-4.213.7140.02938.0124759669566660.9980.03499.6
4.21-5.153.6990.02641.4620776563956170.9980.0399.6
5.15-7.293.6390.02638.3815864437343600.9990.03199.7
7.29-38.6453.2750.02239.457627237523290.9990.02798.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WCY

4wcy


解像度: 1.63→38.645 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.3 / 位相誤差: 19.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2036 3855 1.82 %
Rwork0.182 --
obs0.1824 212335 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 60.66 Å2 / Biso mean: 23.8584 Å2 / Biso min: 4.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.63→38.645 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6586 0 2 1332 7920
Biso mean--12.31 33.85 -
残基数----864
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.63-1.64990.3321360.29367395100
1.6499-1.67080.31231390.26627535100
1.6708-1.69280.2481350.25977443100
1.6928-1.71590.30661350.25547419100
1.7159-1.74050.25011360.23167490100
1.7405-1.76640.25541390.22477492100
1.7664-1.7940.21571380.2137396100
1.794-1.82340.25041350.21477472100
1.8234-1.85490.24351410.20927487100
1.8549-1.88860.21751400.19747428100
1.8886-1.92490.20261360.19057515100
1.9249-1.96420.24391400.17887426100
1.9642-2.00690.18741400.17697425100
2.0069-2.05360.21451380.1717525100
2.0536-2.1050.18961330.17747381100
2.105-2.16190.1921420.17877497100
2.1619-2.22550.2281330.1837454100
2.2255-2.29730.24681350.1837739499
2.2973-2.37940.20651380.1872744799
2.3794-2.47470.23691370.1907741999
2.4747-2.58730.18491390.1877424100
2.5873-2.72360.22021390.1843742299
2.7236-2.89420.23141380.1836737899
2.8942-3.11760.17291400.17757457100
3.1176-3.43120.18031410.16197442100
3.4312-3.92730.16691360.15527490100
3.9273-4.94630.13361380.14877417100
4.9463-38.6450.23891380.1918741099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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