+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6nov | ||||||
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Title | A Fab derived from ixekizumab | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / IL17 / IL-17 / Ixekizumab / Fab / antibody | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.14 Å | ||||||
Authors | Durbin, J.D. / Clawson, D.K. / Lu, F. / Tian, Y. / Lu, J. / Schmitt, M. / Atwell, S. | ||||||
Citation | Journal: Mabs / Year: 2019 Title: Development of tibulizumab, a tetravalent bispecific antibody targeting BAFF and IL-17A for the treatment of autoimmune disease. Authors: Benschop, R.J. / Chow, C.K. / Tian, Y. / Nelson, J. / Barmettler, B. / Atwell, S. / Clawson, D. / Chai, Q. / Jones, B. / Fitchett, J. / Torgerson, S. / Ji, Y. / Bina, H. / Hu, N. / Ghanem, M. ...Authors: Benschop, R.J. / Chow, C.K. / Tian, Y. / Nelson, J. / Barmettler, B. / Atwell, S. / Clawson, D. / Chai, Q. / Jones, B. / Fitchett, J. / Torgerson, S. / Ji, Y. / Bina, H. / Hu, N. / Ghanem, M. / Manetta, J. / Wroblewski, V.J. / Lu, J. / Allan, B.W. #1: Journal: Mol. Pharm. / Year: 2016 Title: Therapeutic Antibody Engineering To Improve Viscosity and Phase Separation Guided by Crystal Structure. Authors: Chow, C.K. / Allan, B.W. / Chai, Q. / Atwell, S. / Lu, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6nov.cif.gz | 177.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6nov.ent.gz | 144.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6nov.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/6nov ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/6nov | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24269.119 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) #2: Antibody | Mass: 24129.000 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) #3: Chemical | ChemComp-12P / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.28 % / Description: 150um plate |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 28% PEG 5000 MME/100 mM MES (pH 6.5)/200 mM ammonium phosphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9793 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225-HS / Detector: CCD / Date: Nov 29, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→41.688 Å / Num. obs: 66339 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 35.6 Å2 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.146 / Rsym value: 0.127 / Net I/av σ(I): 3.7 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 467195 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.14→19.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.872 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.842 / SU R Cruickshank DPI: 0.239 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.245 / SU Rfree Blow DPI: 0.204 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.204
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Displacement parameters | Biso max: 136.81 Å2 / Biso mean: 44.77 Å2 / Biso min: 14.19 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.14→19.87 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.14→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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