[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-4hgw: Crystal structure of S25-2 in complex with a 5,6-dehydro-Kdo disa... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hgw | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of S25-2 in complex with a 5,6-dehydro-Kdo disaccharide | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / antibody / LPS | |||||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Brooks, C.L. / Evans, S.V. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Exploring the cross-reactivity of S25-2: complex with a 5,6-dehydro-Kdo disaccharide. Authors: Brooks, C.L. / Wimmer, K. / Kosma, P. / Muller-Loennies, S. / Brade, L. / Brade, H. / Evans, S.V. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 184.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 144.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 867.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 872.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3t77S S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Antibody | Mass: 24242.898 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: Antibody | Mass: 24110.967 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
#3: Polysaccharide | 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-prop-2-en-1-yl 3,5-dideoxy-alpha-D-threo-oct- ...3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-prop-2-en-1-yl 3,5-dideoxy-alpha-D-threo-oct-5-en-2-ulopyranosidonic acid Type: oligosaccharide / Mass: 480.418 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.29 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 8 Details: PEG 8000, MgCl, Tris, ZnCl, vapor diffusion, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 25, 2007 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→19.92 Å / Num. obs: 57408 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 12.4 / Scaling rejects: 1735 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3t77 Resolution: 1.65→19.92 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.8568 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.38 / Phase error: 20.93 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 83.35 Å2 / Biso mean: 29.158 Å2 / Biso min: 13.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→19.92 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21
|