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Yorodumi- PDB-6ugt: Crystal structure of the Fab fragment of PF06438179/GP1111 an inf... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ugt | ||||||
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Title | Crystal structure of the Fab fragment of PF06438179/GP1111 an infliximab biosimilar in a I-centered orthorhombic crystal form, Lot A | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / infliximab / biosimilar / TNFa | ||||||
Function / homology | Function and homology information immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / immune response / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Lerch, T.F. / Sharpe, P. / Mayclin, S.J. / Edwards, T.E. / Polleck, S. / Rouse, J.C. / Conlan, H.D. | ||||||
Citation | Journal: BioDrugs / Year: 2020 Title: Crystal Structures of PF-06438179/GP1111, an Infliximab Biosimilar. Authors: Lerch, T.F. / Sharpe, P. / Mayclin, S.J. / Edwards, T.E. / Polleck, S. / Rouse, J.C. / Zou, Q. / Conlon, H.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ugt.cif.gz | 357.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ugt.ent.gz | 289.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ugt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ugt_validation.pdf.gz | 264.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ugt_full_validation.pdf.gz | 264.6 KB | Display | |
Data in XML | 6ugt_validation.xml.gz | 1.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6ugt_validation.cif.gz | 13.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/6ugt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/6ugt | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ugsC 6uguC 6ugvC 6ugwC 6ugxC 6ugyC 4g3yS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24356.178 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Mus musculus (house mouse) / References: UniProt: A8K008 #2: Antibody | Mass: 23460.873 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Mus musculus (house mouse) / References: UniProt: Q6P5S8 #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.47 Å3/Da / Density % sol: 64.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 10 mg/mL PF06438179 Fab lot A against 2.16 M sodium malonate, 4% v/v t-butanol, crystal tracking ID 267662h2, unique puck ID sdw5-8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Nov 19, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. obs: 72719 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 4.928 % / Biso Wilson estimate: 26.74 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 0.956 / Net I/σ(I): 10.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 4G3Y Resolution: 2.15→50 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 22.88
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 98.52 Å2 / Biso mean: 33.3042 Å2 / Biso min: 11.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.15→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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