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Yorodumi- PDB-6ugx: Crystal structure of the Fc fragment of PF06438179/GP1111 an infl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ugx | |||||||||
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Title | Crystal structure of the Fc fragment of PF06438179/GP1111 an infliximab biosimilar in a primative orthorhombic crystal form, Lot A | |||||||||
Components | PF-06438179/GP1111 Fc | |||||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / Antibody / biologic / biosimilar / infliximab / fragment crystallizable | |||||||||
Function / homology | Function and homology information immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / extracellular exosome / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | |||||||||
Authors | Mayclin, S.J. / Edwards, T.E. | |||||||||
Citation | Journal: BioDrugs / Year: 2020 Title: Crystal Structures of PF-06438179/GP1111, an Infliximab Biosimilar. Authors: Lerch, T.F. / Sharpe, P. / Mayclin, S.J. / Edwards, T.E. / Polleck, S. / Rouse, J.C. / Zou, Q. / Conlon, H.D. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ugx.cif.gz | 198.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ugx.ent.gz | 153.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ugx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ugx_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ugx_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 6ugx_validation.xml.gz | 21.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6ugx_validation.cif.gz | 31.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/6ugx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/6ugx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ugsC 6ugtC 6uguC 6ugvC 6ugwC 6ugyC 4cdhS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 28361.252 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Mus musculus (house mouse) / References: UniProt: P0DOX5 |
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-Sugars , 2 types, 2 molecules
#2: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
-Non-polymers , 3 types, 341 molecules
#4: Chemical | ChemComp-K / |
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#5: Chemical | ChemComp-CL / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 10 mg/mL protein with 200 mM potassium nitrate, 20% PEG3350, cryoprotectant: 20% ethylene glycol, puckID sxt1-6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Oct 22, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 32975 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.031 % / Biso Wilson estimate: 25.98 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 0.966 / Net I/σ(I): 13.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 4CDH Resolution: 2.1→50 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.58
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 108.54 Å2 / Biso mean: 39.9097 Å2 / Biso min: 5.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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