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万見
- PDB-5d1z: IsdB NEAT1 bound by clone D4-10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d1z
タイトルIsdB NEAT1 bound by clone D4-10
要素
  • D4-10 Heavy Chain
  • D4-10 Light Chain
  • Iron-regulated surface determinant protein B
  • Y10 Heavy Chain
  • Y10 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / IsdB / NEAT1 / germline encoded
機能・相同性
機能・相同性情報


heme transmembrane transporter activity / protein phosphatase regulator activity / regulation of mitotic nuclear division / chromosome segregation / chromosome / cell division / extracellular region / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein phosphatase 1 binding domain / Protein phosphatase 1 binding / Iron-regulated surface determinant protein IsdB / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain ...Protein phosphatase 1 binding domain / Protein phosphatase 1 binding / Iron-regulated surface determinant protein IsdB / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division cycle-associated protein 2 / Iron-regulated surface determinant protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Deng, X.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Germline-encoded neutralization of a Staphylococcus aureus virulence factor by the human antibody repertoire.
著者: Yeung, Y.A. / Foletti, D. / Deng, X. / Abdiche, Y. / Strop, P. / Glanville, J. / Pitts, S. / Lindquist, K. / Sundar, P.D. / Sirota, M. / Hasa-Moreno, A. / Pham, A. / Melton Witt, J. / Ni, I. ...著者: Yeung, Y.A. / Foletti, D. / Deng, X. / Abdiche, Y. / Strop, P. / Glanville, J. / Pitts, S. / Lindquist, K. / Sundar, P.D. / Sirota, M. / Hasa-Moreno, A. / Pham, A. / Melton Witt, J. / Ni, I. / Pons, J. / Shelton, D. / Rajpal, A. / Chaparro-Riggers, J.
履歴
登録2015年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Y10 Light Chain
B: Y10 Heavy Chain
C: D4-10 Light Chain
D: D4-10 Heavy Chain
I: Iron-regulated surface determinant protein B
E: D4-10 Light Chain
F: D4-10 Heavy Chain
G: Y10 Heavy Chain
H: Y10 Light Chain
J: Iron-regulated surface determinant protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,42410
ポリマ－245,42410
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23190 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area87740 Å2
2
A: Y10 Light Chain
B: Y10 Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0222
ポリマ－52,0222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA
3
C: D4-10 Light Chain
D: D4-10 Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5762
ポリマ－52,5762
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20080 Å2
手法PISA
4
E: D4-10 Light Chain
F: D4-10 Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5762
ポリマ－52,5762
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19730 Å2
手法PISA
5
G: Y10 Heavy Chain
H: Y10 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0222
ポリマ－52,0222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.292, 147.005, 165.045
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

-
要素

#1: 抗体 Y10 Light Chain


分子量: 23466.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Y10 Heavy Chain


分子量: 28555.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 D4-10 Light Chain


分子量: 23341.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 D4-10 Heavy Chain


分子量: 29234.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: タンパク質 Iron-regulated surface determinant protein B / Fur-regulated protein B / Staphylococcal iron-regulated protein H / Staphylococcus aureus surface protein J


分子量: 18114.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain MSSA476) (黄色ブドウ球菌)
株: MSSA476 / 遺伝子: isdB, frpB, sasJ, sirH, SAS1063 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q6GA86, UniProt: Q69YH5*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.02 %
結晶化温度: 290 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 17% PEG 3350 0.2M Ammonium Citrate Tri

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→24.96 Å / Num. obs: 45212 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 7.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.17→24.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / SU B: 60.916 / SU ML: 0.433 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.548
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28712 2344 4.9 %RANDOM
Rwork0.23342 ---
obs0.23605 45211 97.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.053 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å2-0 Å20 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3----0.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.17→24.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15704 0 0 0 15704
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0216095
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0214818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8571.94821854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.105334296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.01752025
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.92124.32662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.788152605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1971570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.22425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02118145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023641
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8913.1038142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8913.1038141
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5944.65110153
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5944.65110154
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6493.0497953
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6493.057954
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.2044.5911702
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.58623.0915304
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.58523.09215305
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.165→3.246 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 179 -
Rwork0.339 2967 -
obs--90.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5662-0.2214-0.86610.23940.39371.3905-0.1285-0.181-0.00920.17210.06280.17230.21850.21120.06560.21420.02950.0380.15950.04520.3164-118.034-24.277-25.1962
20.5334-0.4403-0.47120.73810.5480.64640.16-0.00630.1553-0.0888-0.09260.0449-0.2056-0.1206-0.06750.13330.0010.00820.091500.2183-116.8415-16.7056-41.707
31.6427-0.95330.64741.42480.02570.62190.0398-0.2283-0.21730.14790.03870.02910.2144-0.1191-0.07850.1099-0.01330.00460.05360.0210.0965-58.0129-84.7469-23.4395
41.1302-0.88590.70790.9389-0.37181.2326-0.0918-0.4905-0.20210.30040.33370.13260.1497-0.2967-0.24180.2074-0.0075-0.00890.23780.07130.1378-74.9347-76.7297-22.8551
51.8765-0.51130.30731.1875-0.22280.06970.00920.3740.0764-0.3291-0.081-0.08780.03960.06810.07180.10950.00040.02070.09370.05720.0954-81.5441-48.3105-54.0896
61.52690.0549-0.54820.2092-0.28220.5560.0385-0.37690.16280.2092-0.022-0.0062-0.3050.0848-0.01640.22190.0134-0.05260.1636-0.01270.2515-114.134737.5804-12.6571
70.5636-0.0839-0.24340.38310.2341.1757-0.0152-0.4380.05020.20870.1154-0.1141-0.2140.3352-0.10020.23010.0015-0.03980.3694-0.01810.2155-97.500428.6527-13.2072
80.010.0269-0.01960.8089-0.39320.3060.0352-0.0253-0.0305-0.0219-0.0918-0.01530.13660.0810.05660.1635-0.01420.00680.08940.03350.1682-56.2967-31.7558-32.859
90.1528-0.14220.40760.5503-0.65421.2887-0.0199-0.0603-0.01760.22770.0484-0.0952-0.1802-0.1184-0.02840.14290.01840.01950.1524-0.01810.2651-55.0642-25.544-15.6639
102.3475-0.9534-0.14041.13840.18520.03110.06460.3795-0.1136-0.2546-0.13240.1258-0.0416-0.02340.06780.08170.012-0.00540.06460.00240.181-91.43010.5147-43.6365
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 223
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 230
5X-RAY DIFFRACTION5I119 - 267
6X-RAY DIFFRACTION6E3 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7F1 - 228
8X-RAY DIFFRACTION8G1 - 225
9X-RAY DIFFRACTION9H3 - 216
10X-RAY DIFFRACTION10J119 - 267

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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