+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6w89 | ||||||
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Title | Structure of DNMT3A (R882H) in complex with CGA DNA | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/DNA / DNA methylation / DNMT3A(R882H) / AML / epigenetics / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information retrotransposon silencing by heterochromatin formation / epigenetic programing of female pronucleus / chorionic trophoblast cell differentiation / positive regulation of cellular response to hypoxia / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / cellular response to bisphenol A / protein-cysteine methyltransferase activity / genomic imprinting / unmethylated CpG binding ...retrotransposon silencing by heterochromatin formation / epigenetic programing of female pronucleus / chorionic trophoblast cell differentiation / positive regulation of cellular response to hypoxia / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / cellular response to bisphenol A / protein-cysteine methyltransferase activity / genomic imprinting / unmethylated CpG binding / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / autosome genomic imprinting / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / S-adenosylmethionine metabolic process / SUMOylation of DNA methylation proteins / ESC/E(Z) complex / XY body / response to vitamin A / cellular response to ethanol / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / lncRNA binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / response to ionizing radiation / negative regulation of gene expression, epigenetic / hepatocyte apoptotic process / male meiosis I / chromosome, centromeric region / catalytic complex / heterochromatin / enzyme activator activity / Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases / DNA methylation / condensed nuclear chromosome / PRC2 methylates histones and DNA / response to cocaine / Defective pyroptosis / stem cell differentiation / cellular response to amino acid stimulus / response to lead ion / euchromatin / placenta development / neuron differentiation / response to toxic substance / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / transcription corepressor activity / response to estradiol / cellular response to hypoxia / spermatogenesis / methylation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.499 Å | ||||||
Authors | Anteneh, H. / Song, J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2020 Title: Structural basis for impairment of DNA methylation by the DNMT3A R882H mutation. Authors: Anteneh, H. / Fang, J. / Song, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6w89.cif.gz | 891.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6w89.ent.gz | 728.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6w89.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/6w89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/6w89 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6w8bC 6w8dC 6w8jC 5yx2S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA (cytosine-5)-methyltransferase ... , 2 types, 8 molecules ADGJBCHI
#1: Protein | Mass: 32696.668 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: DNMT3A / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9Y6K1, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase #2: Protein | Mass: 24163.705 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: DNMT3L / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9UJW3 |
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-DNA chain , 1 types, 4 molecules EFKL
#3: DNA chain | Mass: 7698.969 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 3 types, 267 molecules
#4: Chemical | ChemComp-CIT / #5: Chemical | ChemComp-SAH / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.24 Å3/Da / Density % sol: 62.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M Sodium Citrate pH 4.2, 1% PEG8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 26, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.499→37.72 Å / Num. obs: 110518 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 10.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.59 Å / Num. unique obs: 110518 / CC1/2: 0.726 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5YX2 Resolution: 2.499→37.72 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 31.32 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 251.83 Å2 / Biso mean: 90.5492 Å2 / Biso min: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.499→37.72 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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