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Yorodumi- PDB-5yx2: Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L in complex with DNA containing... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5yx2 | ||||||
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Title | Crystal structure of DNMT3A-DNMT3L in complex with DNA containing two CpG sites | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/TRANSFERASE REGULATOR/DNA / DNMT3A / DNMT3L / DNA methylation / TRANSFERASE-TRANSFERASE REGULATOR-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information retrotransposon silencing by heterochromatin formation / epigenetic programing of female pronucleus / chorionic trophoblast cell differentiation / positive regulation of cellular response to hypoxia / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / cellular response to bisphenol A / protein-cysteine methyltransferase activity / genomic imprinting / unmethylated CpG binding ...retrotransposon silencing by heterochromatin formation / epigenetic programing of female pronucleus / chorionic trophoblast cell differentiation / positive regulation of cellular response to hypoxia / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / cellular response to bisphenol A / protein-cysteine methyltransferase activity / genomic imprinting / unmethylated CpG binding / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / autosome genomic imprinting / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / S-adenosylmethionine metabolic process / SUMOylation of DNA methylation proteins / ESC/E(Z) complex / XY body / response to vitamin A / cellular response to ethanol / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / lncRNA binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / response to ionizing radiation / negative regulation of gene expression, epigenetic / hepatocyte apoptotic process / male meiosis I / chromosome, centromeric region / catalytic complex / heterochromatin / enzyme activator activity / Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases / DNA methylation / condensed nuclear chromosome / PRC2 methylates histones and DNA / response to cocaine / Defective pyroptosis / stem cell differentiation / cellular response to amino acid stimulus / response to lead ion / euchromatin / placenta development / neuron differentiation / response to toxic substance / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / transcription corepressor activity / response to estradiol / cellular response to hypoxia / spermatogenesis / methylation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.653 Å | ||||||
Authors | Zhang, Z.M. / Song, J. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2018 Title: Structural basis for DNMT3A-mediated de novo DNA methylation. Authors: Zhang, Z.M. / Lu, R. / Wang, P. / Yu, Y. / Chen, D. / Gao, L. / Liu, S. / Ji, D. / Rothbart, S.B. / Wang, Y. / Wang, G.G. / Song, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5yx2.cif.gz | 444.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5yx2.ent.gz | 359.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5yx2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/5yx2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/5yx2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6brrC 6f57C 2qrvS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA (cytosine-5)-methyltransferase ... , 2 types, 4 molecules ADBC
#1: Protein | Mass: 32715.719 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: DNMT3A / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q9Y6K1, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase #2: Protein | Mass: 24050.547 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: DNMT3L / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9UJW3 |
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-DNA chain , 1 types, 2 molecules EF
#3: DNA chain | Mass: 7698.969 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 3 types, 83 molecules
#4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.1 M Tris-HCl (pH 7.0), 200 mM NaH2PO4, 5% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 0.9774 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 22, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9774 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.65→50 Å / Num. obs: 40049 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 3.3 % / Net I/σ(I): 15.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.74 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2QRV Resolution: 2.653→33.114 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 25.35
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.653→33.114 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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