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万見
- PDB-5d1x: IsdB NEAT2 bound by D4-30 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d1x
タイトルIsdB NEAT2 bound by D4-30
要素
  • D4-30 Heavy Chain
  • D4-30 Light Chain
  • Iron-regulated surface determinant protein B
  • P5 Heavy Chain
  • P5 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / IsdB / NEAT2 / germline encoded
機能・相同性
機能・相同性情報


heme transmembrane transporter activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Iron-regulated surface determinant protein IsdB / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : ...Iron-regulated surface determinant protein IsdB / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Iron-regulated surface determinant protein B / Iron-regulated surface determinant protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Deng, X.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Germline-encoded neutralization of a Staphylococcus aureus virulence factor by the human antibody repertoire.
著者: Yeung, Y.A. / Foletti, D. / Deng, X. / Abdiche, Y. / Strop, P. / Glanville, J. / Pitts, S. / Lindquist, K. / Sundar, P.D. / Sirota, M. / Hasa-Moreno, A. / Pham, A. / Melton Witt, J. / Ni, I. ...著者: Yeung, Y.A. / Foletti, D. / Deng, X. / Abdiche, Y. / Strop, P. / Glanville, J. / Pitts, S. / Lindquist, K. / Sundar, P.D. / Sirota, M. / Hasa-Moreno, A. / Pham, A. / Melton Witt, J. / Ni, I. / Pons, J. / Shelton, D. / Rajpal, A. / Chaparro-Riggers, J.
履歴
登録2015年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Database references
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D4-30 Light Chain
B: D4-30 Heavy Chain
C: P5 Heavy Chain
D: P5 Light Chain
E: Iron-regulated surface determinant protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,8095
ポリマ－118,8095
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9530 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area44600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.251, 111.251, 105.226
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: 抗体 D4-30 Light Chain


分子量: 24085.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 D4-30 Heavy Chain


分子量: 27757.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 P5 Heavy Chain


分子量: 29434.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 P5 Light Chain


分子量: 23651.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: タンパク質 Iron-regulated surface determinant protein B / Fur-regulated protein B / Staphylococcal iron-regulated protein H / Staphylococcus aureus surface protein J


分子量: 13879.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain USA300) (黄色ブドウ球菌)
株: USA300 / 遺伝子: isdB, frpB, sasJ, sirH, SAUSA300_1028 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q2FHV2, UniProt: Q2FZF0*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.67 %
結晶化温度: 290 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 15% PEG10k 0.1M Tris pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.21→49.79 Å / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 9.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
SCALAデータスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.21→49.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.871 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 74.469 / SU ML: 0.545 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.594
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30996 1208 5.8 %RANDOM
Rwork0.26903 ---
obs0.27138 19661 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 87.022 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.21→49.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6684 0 0 0 6684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0196839
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4651.9459287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.998314576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7575861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.25723.791277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.242151114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8321535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217675
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021546
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1934.4273468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1934.4273467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.3226.6394321
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.3226.6394322
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.1734.4233371
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.1734.4233372
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.2826.6364967
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined0.46834.4657053
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other0.46834.4667054
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.21→3.293 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 98 -
Rwork0.323 1360 -
obs--93.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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