+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3fzu | ||||||
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Title | IgG1 Fab characterized by H/D exchange | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / IgG1 Fab | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Arndt, J. / Houde, D. / Domeier, W. / Berkowitz, S. / Engen, J.R. | ||||||
Citation | Journal: Anal Chem / Year: 2009 Title: Characterization of IgG1 conformation and conformational dynamics by hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry. Authors: Houde, D. / Arndt, J. / Domeier, W. / Berkowitz, S. / Engen, J.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3fzu.cif.gz | 167.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3fzu.ent.gz | 139.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3fzu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/3fzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/3fzu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23543.205 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell (production host): hybridoma / Production host: MUS MUSCULUS (house mouse) #2: Antibody | Mass: 23640.402 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell (production host): hybridoma / Production host: MUS MUSCULUS (house mouse) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.68 Å3/Da / Density % sol: 66.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 38% PEG 400, 200 mM sodium chloride, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Feb 1, 2008 |
Radiation | Monochromator: Diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 42711 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 31.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 19.608 / SU ML: 0.197 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.344 / ESU R Free: 0.266 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.514 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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