PDB-6a9k: Crystal structure of the complex of the hydrolytic antibody Fab 9...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a9k

タイトル

Crystal structure of the complex of the hydrolytic antibody Fab 9C10 with a transition-state analog

要素

IMMUNOGLOBULIN 9C10 H CHAIN
IMMUNOGLOBULIN 9C10 L CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Catalytic Antibody / Hydrolytic Antibody / 9C10 / Fab / Complex / Transition-State Analog

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-9T0

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Tsuchiya, Y. / Fujii, I. / Tada, T. / Yamaguchi, A. / Tsumuraya, T. / Kumon, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the complex of the hydrolytic antibody Fab 9C10 with a transition-state analog
著者: Tsuchiya, Y. / Fujii, I. / Tada, T. / Yamaguchi, A. / Tsumuraya, T. / Kumon, A.

履歴

登録	2018年7月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a9k.cif.gz	189 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a9k.ent.gz	148.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a9k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/6a9k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/6a9k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2dtmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5d6c-2 5mv3-6 6qna-4 5mub-1 3if1-2 4wht-1 6h3h-1 1t4k-2 5bzw-d 4xbg-1 3g6j-4 5i8o-d 3tcl-2 2v17-d 5t0y-1 7jwq-2 5mu0-4 4xce-1 3uo1-d 6c5k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: IMMUNOGLOBULIN 9C10 L CHAIN

H: IMMUNOGLOBULIN 9C10 H CHAIN

A: IMMUNOGLOBULIN 9C10 L CHAIN

B: IMMUNOGLOBULIN 9C10 H CHAIN

ヘテロ分子

97.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: IMMUNOGLOBULIN 9C10 L CHAIN

H: IMMUNOGLOBULIN 9C10 H CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 2 ポリマー
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2

A: IMMUNOGLOBULIN 9C10 L CHAIN

B: IMMUNOGLOBULIN 9C10 H CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.986, 36.553, 111.986
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	IMMUNOGLOBULIN 9C10 L CHAIN 分子量: 24131.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	IMMUNOGLOBULIN 9C10 H CHAIN 分子量: 23922.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-9T0 / 5-[(2R,3R)-2-[2,2-bis(chloranyl)ethanoylamino]-3-(4-nitrophenyl)-3-[oxidanyl-[[4-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethanoylamino]phenyl]methyl]phosphoryl]oxy-propoxy]-5-oxidanylidene-pentanoic acid 分子量: 702.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₅Cl₂F₃N₃O₁₁P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 25% PEG 3350, 0.1 mM EDTA, pH8.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 59706 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.155 / R_pim(I) all: 0.063 / R_rim(I) all: 0.167 / Χ²: 1.039 / Net I/av σ(I): 15.9 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.921 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 3012 / CC_1/2: 0.774 / R_pim(I) all: 0.397 / R_rim(I) all: 1.005 / Χ²: 1.004 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2DTM

2dtm

解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 4.669 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.172 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24929	2993	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19421	-	-	-
obs	0.197	56045	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.642 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6754	0	90	313	7157

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.02	7020
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	6360
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.818	1.969	9574
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.985	3.003	14732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.279	5	874
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.414	23.75	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.902	15	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.019	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.197	0.2	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	7888
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1570
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.937	3.122	3508
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.933	3.121	3507
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.311	4.658	4378
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.31	4.66	4379
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.347	3.392	3512
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.348	3.393	3507
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.008	4.959	5190
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.058	25.494	7728
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.055	25.463	7684
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	221	-
R_work	0.249	4088	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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