[日本語] English
万見
- PDB-4o51: Crystal structure of the QAA variant of anti-hinge rabbit antibod... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o51
タイトルCrystal structure of the QAA variant of anti-hinge rabbit antibody 2095-2 in complex with IDES hinge peptide
要素
  • IDES hinge peptide
  • QAA-2095-2 heavy chain
  • QAA-2095-2 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold / antibody / hinge
機能・相同性
機能・相同性情報


Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway ...Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.204 Å
データ登録者Malia, T.J. / Luo, J. / Teplyakov, A. / Gilliland, G.L.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Structure and specificity of an antibody targeting a proteolytically cleaved IgG hinge.
著者: Malia, T.J. / Teplyakov, A. / Brezski, R.J. / Luo, J. / Kinder, M. / Sweet, R.W. / Almagro, J.C. / Jordan, R.E. / Gilliland, G.L.
履歴
登録2013年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22014年8月6日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: QAA-2095-2 light chain
H: QAA-2095-2 heavy chain
M: IDES hinge peptide
A: QAA-2095-2 light chain
B: QAA-2095-2 heavy chain
N: IDES hinge peptide
C: QAA-2095-2 light chain
D: QAA-2095-2 heavy chain
O: IDES hinge peptide
E: QAA-2095-2 light chain
F: QAA-2095-2 heavy chain
P: IDES hinge peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,62212
ポリマ－192,62212
非ポリマー00
水14,898827
1
L: QAA-2095-2 light chain
H: QAA-2095-2 heavy chain
M: IDES hinge peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1563
ポリマ－48,1563
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
2
A: QAA-2095-2 light chain
B: QAA-2095-2 heavy chain
N: IDES hinge peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1563
ポリマ－48,1563
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA
3
C: QAA-2095-2 light chain
D: QAA-2095-2 heavy chain
O: IDES hinge peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1563
ポリマ－48,1563
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18750 Å2
手法PISA
4
E: QAA-2095-2 light chain
F: QAA-2095-2 heavy chain
P: IDES hinge peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1563
ポリマ－48,1563
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.510, 93.870, 74.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain M
21chain N
31chain O
41chain P
12chain H
22chain B
32chain D
42chain F
13chain L
23chain A
33chain C
43chain E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain MM0
211chain NN0
311chain OO0
411chain PP0
112chain HH0
212chain BB0
312chain DD0
412chain FF0
113chain LL0
213chain AA0
313chain CC0
413chain EE0

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体
QAA-2095-2 light chain


分子量: 23185.604 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus, Homo sapiens / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
QAA-2095-2 heavy chain


分子量: 23565.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus, Homo sapiens / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド
IDES hinge peptide


分子量: 1404.543 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 827 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 24% PEG8000, cryoprotection: mother liquor + 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月8日 / 詳細: VARIMAX HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.45
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 79799 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.677 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 87.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1232)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4MA3

4ma3


解像度: 2.204→48.739 Å / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 37.73 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2134 2146 2.69 %RANDOM
Rwork0.1817 ---
obs0.1842 79799 88.95 %-
all-79799 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.204→48.739 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12976 0 0 827 13803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713300
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12118140
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1874668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422100
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082308
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11M104X-RAY DIFFRACTION8.146TORSIONAL
12N104X-RAY DIFFRACTION8.146TORSIONAL
13O104X-RAY DIFFRACTION8.146TORSIONAL
14P104X-RAY DIFFRACTION8.146TORSIONAL
21H3828X-RAY DIFFRACTION8.146TORSIONAL
22B3828X-RAY DIFFRACTION8.146TORSIONAL
23D3828X-RAY DIFFRACTION8.146TORSIONAL
24F3828X-RAY DIFFRACTION8.146TORSIONAL
31L3944X-RAY DIFFRACTION8.146TORSIONAL
32A3944X-RAY DIFFRACTION8.146TORSIONAL
33C3944X-RAY DIFFRACTION8.146TORSIONAL
34E3944X-RAY DIFFRACTION8.146TORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2066-2.26180.3131420.29465618X-RAY DIFFRACTION88
2.2618-2.32290.34791480.28295744X-RAY DIFFRACTION90
2.3229-2.39120.31261460.26295732X-RAY DIFFRACTION90
2.3912-2.46840.3271430.26475700X-RAY DIFFRACTION90
2.4684-2.55660.2691480.25585744X-RAY DIFFRACTION90
2.5566-2.6590.29771450.23515755X-RAY DIFFRACTION90
2.659-2.780.22661480.22495713X-RAY DIFFRACTION90
2.78-2.92650.24911520.20775704X-RAY DIFFRACTION89
2.9265-3.10980.19641440.18625688X-RAY DIFFRACTION89
3.1098-3.34980.2171520.17215656X-RAY DIFFRACTION89
3.3498-3.68680.21811410.16655481X-RAY DIFFRACTION86
3.6868-4.21990.17911280.14634870X-RAY DIFFRACTION76
4.2199-5.3150.12981160.11724619X-RAY DIFFRACTION72
5.315-42.84470.20141470.16655735X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9551-0.5742-0.01452.9009-1.45842.3742-0.07880.0871-0.3298-0.1207-0.03350.37290.104-0.02130.07210.20780.00720.00740.262-0.10810.28921.83658.4212-10.5998
21.4103-0.1090.05060.5960.43832.5481-0.2109-0.2319-0.30160.0158-0.12660.17990.18450.03910.25120.1944-0.02070.02010.19720.01770.301526.148611.229612.9595
32.23260.86561.41471.98361.03853.0821-0.11280.21240.0948-0.3011-0.12610.2457-0.4068-0.16070.19410.25260.0139-0.08490.2099-0.02140.243227.126529.4391-10.4858
43.56380.0568-0.71180.95941.98964.31910.0244-0.7925-1.04520.99310.08930.17181.5245-0.1144-0.12680.6867-0.017-0.08120.43740.170.457439.276314.390727.7504
51.1025-0.29360.19872.3261-0.04422.465-0.0391-0.1178-0.1359-0.0053-0.0134-0.23590.05060.32480.03250.1584-0.02310.00850.37150.06260.287239.434620.654116.7285
63.46582.2885-1.38252.0677-0.41191.00160.82960.563-0.1851-0.3958-0.2178-0.0479-0.04460.256-0.48120.6266-0.0285-0.11310.6429-0.2040.352222.442323.1933-26.1058
73.087-0.0278-0.31822.9025-1.08612.2832-0.1068-0.40950.72890.09890.1081-0.0659-0.22910.1685-0.00140.24020.0249-0.06590.2481-0.10580.365955.161338.6831-12.1795
81.99770.11550.94141.53680.23351.7694-0.10220.70470.3495-0.18720.08640.2704-0.08510.0703-0.02580.2376-0.0438-0.04440.51770.22290.399659.214634.5326-48.6166
92.3922-0.86930.79922.07940.75334.3141-0.1923-0.2894-0.29080.0762-0.29110.2820.5238-0.0730.43550.29610.02210.11490.29360.02880.352161.989711.5835-21.1385
102.3935-0.1248-0.74762.85981.542.1827-0.2026-0.4483-0.13980.52130.1142-0.33480.15220.03370.08030.27450.08080.00220.22690.04270.328362.212219.4615-11.6222
110.5366-0.740.3762.5940.83751.4535-0.1493-0.8365-0.57910.3445-0.22970.13370.4732-0.04190.02120.35740.00780.07650.49240.2120.372354.60815.4631-7.6269
122.10721.2020.13363.15680.77713.058-0.2557-0.3977-0.1384-0.2364-0.08710.1218-0.1669-0.05110.34690.21760.0525-0.00610.1895-0.01260.297659.683319.8943-13.9027
131.9697-1.116-3.07621.53521.00727.0853-0.58430.44-0.27760.1132-0.26190.18641.0427-0.29690.71250.24770.01550.0620.3901-0.08130.371861.071612.5914-32.1208
142.3361-0.2197-0.15792.26082.39484.80560.03850.50750.6938-0.8016-0.0592-0.1394-0.7621-0.6438-0.06220.31350.054-0.00540.70590.15330.441671.729133.6677-51.4886
152.42291.8746-0.80143.8745-1.63842.7217-0.31210.51610.13960.1520.2843-0.4763-0.0454-0.2932-0.00120.17970.0292-0.02890.2505-0.03010.265869.883525.2757-39.5248
163.2730.5005-0.87413.4762-0.70812.75790.1230.68460.13210.3220.20760.0238-0.278-0.1283-0.28030.1965-0.0001-0.01560.23390.03170.260167.475530.018-40.5085
173.70791.759-1.55166.0326-2.2424.6346-0.12150.2608-0.2394-0.0406-0.1545-0.67430.0130.2970.29570.18460.0654-0.00370.35310.0120.211877.398824.6749-41.9754
180.99890.24470.97892.061-0.75121.54510.5707-0.77280.25010.4352-0.4150.3859-0.7834-0.2092-0.18050.87030.26030.20060.63420.04550.415554.580622.51641.6393
192.4517-0.4807-0.85841.17850.01981.0933-0.0151-0.16080.47660.06450.01930.1499-0.2040.0332-0.01930.30440.0055-0.07650.2481-0.09540.4489-13.112938.9979-12.3313
202.22650.09270.26612.3404-0.77792.7992-0.1516-0.38510.67740.14690.0095-0.0588-0.23160.40420.10250.22830.0373-0.0380.3138-0.12560.4281-6.670638.4309-12.0829
210.23390.3439-0.64970.8167-1.72913.7229-0.02170.25550.54180.3371-0.0604-0.0875-0.48650.1118-0.02030.3890.0923-0.02720.23580.15220.639-5.862847.3122-33.463
222.64271.2211.02460.6792-0.01512.479-0.05651.012-0.1338-0.06290.091-0.27240.1490.1752-0.07110.22790.0372-0.0840.8220.09610.24822.772626.5649-53.4474
231.32740.25140.31374.08323.67123.8054-0.0978-0.01040.185-0.23950.04990.2363-0.2211-0.03830.03870.2172-0.0409-0.00540.51050.26410.529-6.762136.2201-46.516
241.55780.31891.29480.7790.97723.20320.21360.39790.4463-0.12190.51360.5101-0.4107-0.2274-0.66710.29-0.08030.0020.53110.22170.5245-11.783929.5527-50.8959
252.0670.92990.88684.73842.46472.9191-0.20170.60240.20860.19440.30140.26790.41610.5669-0.06470.2263-0.0052-0.08350.45020.15790.3417-3.416131.8601-45.257
261.4697-0.4010.60041.86942.46475.19230.22240.5567-0.1411-0.4131-0.02850.3506-0.2474-0.3033-0.05990.29680.0161-0.08020.86560.28120.4317-7.866935.4091-55.9947
270.7032-0.13090.40550.790.54932.11120.09010.39820.094-0.2114-0.00130.1342-0.0548-0.1030.28720.3449-0.1004-0.1730.96530.2950.4262-4.618639.6022-56.0738
282.68840.1253-0.02322.75260.4923.7455-0.3563-0.5214-0.40510.34220.2077-0.36410.35180.12920.18460.28670.1110.01120.32590.03090.34140.248914.2013-13.5545
293.635-0.0885-1.61853.25310.59983.0265-0.1785-0.1136-0.71530.255-0.16670.13610.3598-0.18790.28320.24940.01820.07330.29930.00580.3192-9.034717.6152-10.513
303.24581.3654-0.06141.71491.66647.09-0.45790.04850.06170.3124-0.3129-0.22170.5102-0.5070.60040.3658-0.03830.02330.19280.07070.4127-9.376611.726-18.732
312.4618-0.7312-1.12681.2491-0.6762.8014-0.2402-0.1021-0.10220.2873-0.10610.03110.25750.05450.29980.16750.0580.01410.20940.00080.2154-1.950520.7373-18.4045
323.10790.15591.31140.71232.00835.9098-0.02250.75690.9058-0.46330.09060.1314-1.2984-0.5618-0.08740.44810.13710.06520.570.1920.47237.316733.6406-51.5222
331.5037-0.1664-0.08162.4565-0.32931.983-0.08670.63260.02960.15660.16310.0951-0.1449-0.2323-0.0960.15490.00540.00220.37490.02530.18634.268827.8685-40.0555
342.33490.4402-0.58023.276-1.42653.0265-0.24850.1799-0.1286-0.162-0.009-0.45010.0267-0.07710.27890.1930.03160.02910.442-0.02340.296113.170924.6828-41.9748
351.3366-0.83661.45852.0944-0.28022.190.5065-0.757-0.05840.6265-0.02860.3035-0.685-0.0095-0.41120.67460.22360.06720.91790.06420.2834-9.644722.43971.6541
361.45070.78310.5132.71871.66162.13280.1083-0.2392-0.39290.27020.0261-0.32790.2377-0.1021-0.08780.28970.0029-0.01580.26640.13340.326441.203453.578912.3049
370.9242-0.09310.01610.6881-0.6533.0696-0.18340.1412-0.1618-0.1072-0.0771-0.03950.0674-0.12090.23710.154-0.00250.01760.2235-0.03160.237237.97159.5938-18.046
381.8573-0.71490.41071.9124-0.43811.1821-0.0827-0.17750.14120.3387-0.0443-0.2408-0.33420.0110.1250.3008-0.0032-0.06410.2320.06640.229136.318376.103612.5255
390.64991.1239-0.54823.08620.41262.0947-0.2379-0.66460.18360.39620.1882-0.3972-0.465-0.3153-0.20060.4837-0.0561-0.18030.6524-0.03960.213541.796880.035715.2053
401.5481-0.46130.81221.2323-0.68932.8486-0.0089-0.01320.26720.1127-0.0931-0.0775-0.2966-0.02540.14490.19330.0277-0.06730.2851-0.01190.320636.451275.39676.3311
413.1758-0.2771-0.36790.6958-1.92755.7561-0.21360.638-0.7777-0.7710.0154-0.21681.53390.17190.11380.64420.03180.04740.6427-0.22260.349925.004261.2545-27.7523
421.2423-0.24670.01132.01080.32482.3385-0.0830.1252-0.03110.0364-0.01420.24860.0612-0.25250.08350.17820.0146-0.02520.315-0.00840.254227.790266.3996-16.1136
432.77190.7870.54612.51570.13542.78160.01260.03890.1119-0.0457-0.39610.75550.107-0.7870.36430.24110.0289-0.02090.4862-0.06990.398318.941369.7722-17.9897
441.2225-0.7048-0.77241.7642-1.25042.60440.2661-0.4437-0.17110.3502-0.2032-0.044-0.30470.22770.05150.55580.0465-0.11110.61630.23620.327141.746770.06626.0834
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 2 through 49 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 50 through 215 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 2 through 120 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 121 through 135 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 136 through 214 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'M' and (resid 231 through 236 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 2 through 104 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 105 through 215 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 2 through 16 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 17 through 44 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 45 through 74 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 75 through 107 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 108 through 120 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 121 through 135 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 136 through 158 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 159 through 189 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 190 through 214 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'N' and (resid 231 through 236 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 2 through 39 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 40 through 104 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 105 through 115 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 116 through 130 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 131 through 152 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 153 through 165 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 166 through 190 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 191 through 200 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 201 through 215 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 2 through 32 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 33 through 74 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 75 through 88 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 89 through 120 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 121 through 135 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 136 through 189 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 190 through 214 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'O' and (resid 231 through 236 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 2 through 76 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 77 through 215 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 2 through 58 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 59 through 74 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 75 through 120 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 121 through 135 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 136 through 189 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'F' and (resid 190 through 214 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'P' and (resid 231 through 236 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る