PDB-6wfz: Crystal structure of Fab399 in complex with NPNA3 peptide from ci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wfz

タイトル

Crystal structure of Fab399 in complex with NPNA3 peptide from circumsporozoite protein

要素

Fab399 heavy chain
Fab399 light chain
NPNA3 peptide

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / Sporozoite / Circumsporozoite protein / Antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Pholcharee, T. / Oyen, D. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural and biophysical correlation of anti-NANP antibodies with in vivo protection against P. falciparum.
著者: Pholcharee, T. / Oyen, D. / Flores-Garcia, Y. / Gonzalez-Paez, G. / Han, Z. / Williams, K.L. / Volkmuth, W. / Emerling, D. / Locke, E. / Richter King, C. / Zavala, F. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2020年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	6wfz_validation.cif.gz	49.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/6wfz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/6wfz	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab399 heavy chain

B: Fab399 light chain

C: NPNA3 peptide

H: Fab399 heavy chain

L: Fab399 light chain

P: NPNA3 peptide

98.4 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Fab399 heavy chain

B: Fab399 light chain

C: NPNA3 peptide

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
49.2 kDa, 3 ポリマー
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2

H: Fab399 heavy chain

L: Fab399 light chain

P: NPNA3 peptide

登録者が定義した集合体
49.2 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.395, 87.604, 89.645
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Fab399 heavy chain 分子量: 23677.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Fab399 light chain 分子量: 24288.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド	NPNA3 peptide 分子量: 1231.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P02893*PLUS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M potassium fluoride, pH 7.2

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03324 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月29日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03324 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 80717 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3 % / CC_1/2: 0.917 / R_pim(I) all: 0.052 / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 1.84→1.88 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3088 / CC_1/2: 0.692 / R_pim(I) all: 0.38 / R_sym value: 0.484 / % possible all: 74.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.16_3549: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Homology model

解像度: 1.84→46.747 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.69

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2245	3869	4.8 %
R_work	0.1857	-	-
obs	0.1876	80521	96.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→46.747 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6721	0	0	367	7088

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6969
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.831	9508
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.087	5565
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1074
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1233

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.84-1.8624	0.3709	103	0.3109	1716	X-RAY DIFFRACTION	61
1.8624-1.886	0.3626	119	0.2947	2162	X-RAY DIFFRACTION	79
1.886-1.9108	0.3086	111	0.2817	2495	X-RAY DIFFRACTION	87
1.9108-1.937	0.3098	146	0.2587	2601	X-RAY DIFFRACTION	93
1.937-1.9647	0.2783	123	0.2364	2696	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9647-1.994	0.2868	130	0.2309	2789	X-RAY DIFFRACTION	97
1.994-2.0252	0.264	141	0.2213	2747	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0252-2.0584	0.3024	136	0.224	2790	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0584-2.0939	0.2888	128	0.2225	2815	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0939-2.1319	0.2287	144	0.2216	2813	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1319-2.173	0.2602	147	0.208	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.173-2.2173	0.2639	126	0.2135	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2173-2.2655	0.2473	151	0.2002	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2655-2.3182	0.2403	153	0.1951	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3182-2.3762	0.2498	138	0.2045	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3762-2.4404	0.2708	148	0.2082	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4404-2.5122	0.2732	153	0.2193	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5122-2.5933	0.2851	138	0.2176	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5933-2.686	0.2659	154	0.2029	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.686-2.7935	0.2362	136	0.2086	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7935-2.9207	0.2339	149	0.2146	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9207-3.0746	0.2514	148	0.2084	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0746-3.2672	0.2388	142	0.1998	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2672-3.5194	0.209	131	0.1868	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5194-3.8734	0.2167	159	0.1718	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8734-4.4335	0.1619	131	0.1415	2846	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4335-5.5843	0.1636	130	0.128	2859	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5843-46.747	0.1709	154	0.1552	2917	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3129	-0.1577	-0.8846	1.1229	-0.1401	0.5947	-0.234	0.6692	-0.42	-0.036	0.0227	0.0295	0.1512	-0.4744	0.2049	0.207	-0.1358	0.0272	0.4814	-0.2036	0.3095	23.957	7.6647	-9.7383
2	0.4387	0.0986	-0.1987	0.6208	1.0788	1.3657	-0.4858	-0.2333	-0.8396	0.0258	-0.1711	-0.2533	0.3891	-0.3643	-0.5016	0.3775	-0.0695	0.1914	0.2506	0.1544	0.7241	54.1516	-3.7595	-16.4532
3	1.6317	0.3979	-0.0742	0.9009	0.0668	1.0518	0.0383	-0.0459	0.1117	0.1989	-0.0208	0.0128	-0.1463	-0.0926	0	0.2409	-0.0332	-0.0276	0.2203	-0.0014	0.2578	35.6494	24.5659	2.0263
4	0.8059	0.4748	-0.8422	-0.0903	-0.3877	0.6707	-0.0884	-0.0825	-0.3032	0.005	-0.0944	-0.056	0.008	0.0124	-0.0662	0.2276	-0.0327	-0.027	0.2615	0.0071	0.3224	47.0421	14.8881	-9.0313
5	0.2692	0.3892	-0.0009	0.4422	0.3676	0.2817	-0.0895	-0.0946	-0.235	-0.0833	-0.2495	-0.065	0.0534	-0.0828	0.0003	0.2509	0.0177	0.0213	0.2898	0.0569	0.3183	59.218	11.9906	-18.7797
6	0.4924	0.5403	-0.4027	0.524	-0.1393	0.7785	-0.0387	-0.2544	-0.3461	-0.1787	-0.3436	-0.4374	0.05	0.0974	-0.0809	0.2762	0.0759	0.1225	0.2333	0.0802	0.4274	65.9758	7.9459	-27.6292
7	-0.0045	-0.0173	-0.0135	0.0384	-0.0067	0.0059	0.1894	0.4769	0	-0.158	0.2029	0.8952	-0.1586	-0.2253	0.0002	0.3011	0.006	-0.0318	0.4332	0.0418	0.3985	12.7266	21.3611	-1.6839
8	0.2112	0.1498	-0.03	0.3671	0.0324	0.6121	0.1315	-0.1569	-0.1196	0.2089	-0.2985	-0.3967	-0.0972	0.3386	-0.0693	0.5006	-0.0931	-0.0597	0.3868	-0.0379	0.2934	16.0756	8.6796	34.3116
9	0.1021	-0.1311	-0.0049	0.3753	-0.1943	0.315	0.1127	-0.0735	0.019	-0.0587	-0.3258	-0.3177	0.0664	0.2391	-0.0337	0.2151	-0.0626	-0.0151	0.2994	-0.0144	0.2623	19.9938	9.7218	21.1306
10	0.4346	-0.056	0.4401	0.3441	0.212	0.4072	0.1607	-0.1433	0.08	0.1661	-0.0782	-0.0444	-0.0883	-0.1126	0.0001	0.2916	-0.0224	0.0094	0.202	-0.0274	0.2164	8.8139	14.1303	23.3349
11	0.1686	0.0933	0.144	0.1226	0.0338	0.1957	-0.1696	0.2636	0.0025	0.4994	0.0704	0.0037	-0.4251	0.2513	-0.0035	0.4783	-0.0362	0.0107	0.2758	-0.0449	0.2576	11.3124	19.5465	28.2393
12	0.167	-0.0871	0.1628	0.19	-0.1162	0.1981	0.0797	0.2034	-0.0157	0.4872	-0.2232	-0.1011	-0.1407	0.0812	-0.0022	0.4469	-0.1002	-0.0171	0.3394	-0.0244	0.2895	15.0725	14.9631	31.8768
13	0.1934	0.0732	0.005	0.1673	-0.0034	0.1153	0.0301	0.0579	-0.0202	0.0294	-0.0201	-0.1738	0.1292	0.2306	-0.0081	0.2485	-0.0478	-0.0249	0.2082	-0.0206	0.2068	10.5185	5.9618	21.5535
14	0.1965	0.0404	-0.1976	0.0086	-0.0105	0.4432	-0.1232	-0.136	-0.0811	-0.3651	0.2122	-0.2723	-0.1469	0.4613	-0.0102	0.432	-0.0197	-0.053	0.3781	-0.0457	0.3265	11.8342	-6.1397	49.3442
15	-0.0231	0.0644	-0.0571	0.0805	-0.1325	0.1685	0.0703	-0.1056	-0.0047	-0.0028	0.0126	-0.353	-0.2782	0.4153	-0.0081	0.3049	-0.0042	-0.0105	0.3062	-0.0203	0.3014	9.9304	-14.2868	47.3174
16	0.1271	0.1789	0.2661	0.4394	-0.2512	0.5499	-0.2248	-0.0965	-0.0577	-0.0872	0.2869	-0.0688	-0.1037	0.5973	0.0005	0.2842	-0.0267	0.005	0.3657	-0.0508	0.2655	10.1898	-12.1392	42.1866
17	0.193	0.0488	-0.0042	0.0115	-0.025	0.4198	-0.1152	-0.1516	-0.171	-0.1465	0.0988	-0.6143	-0.042	1.1367	-0.0062	0.3226	-0.0022	-0.0224	0.5895	-0.0372	0.4538	19.2239	-15.1906	45.4243
18	0.7186	0.6095	-0.7182	1.0427	-1.2543	1.2287	-0.1086	0.1321	0.0811	-0.1023	0.2309	0.1397	0.1608	-0.2466	0	0.2669	-0.0518	-0.0333	0.2239	0.0126	0.2213	-4.1974	0.2046	17.3869
19	0.7526	0.866	0.5363	1.2787	0.7412	0.6671	0.0879	-0.2712	0.0379	0.1862	-0.1156	0.0192	0.1089	-0.2382	-0.0001	0.3338	-0.0264	0.0138	0.2815	0.0031	0.2253	-1.7061	-18.3486	50.0326
20	-0.0041	0.0161	0.0209	0.0105	0.0316	0.0441	0.2873	0.2117	0.4738	0.386	0.0926	0.2115	-0.7882	-0.1595	0.0005	0.4293	0.06	0.0795	0.251	-0.0112	0.3472	7.3957	21.9248	12.1802

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 119 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 120 through 213 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 80 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 81 through 128 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 129 through 174 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 175 through 214 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 11 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 1 through 17 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 18 through 33 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 34 through 62 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 63 through 71 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 72 through 85 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 86 through 109 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 110 through 134 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'H' and (resid 135 through 145 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'H' and (resid 146 through 188 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'H' and (resid 189 through 213 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'L' and (resid 1 through 118 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'L' and (resid 119 through 213 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'P' and (resid 1 through 11 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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