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万見
- PDB-4wy7: Crystal structure of recombinant 4E10 expressed in Escherichia co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wy7
タイトルCrystal structure of recombinant 4E10 expressed in Escherichia coli with epitope bound
要素
  • Envelope glycoprotein gp160
  • Fab 4E10 Heavy chain
  • Fab 4E10Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / broad neutralizing antobody / recombinant Fab / epitope
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Rujas, E. / Morante, K. / Tsumoto, K. / Nieva, J.L. / Caaveiro, J.M.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: The Atomic Structure of the HIV-1 gp41 Transmembrane Domain and Its Connection to the Immunogenic Membrane-proximal External Region.
著者: Apellaniz, B. / Rujas, E. / Serrano, S. / Morante, K. / Tsumoto, K. / Caaveiro, J.M. / Jimenez, M.A. / Nieva, J.L.
履歴
登録2014年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab 4E10 Heavy chain
L: Fab 4E10Light chain
P: Envelope glycoprotein gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6555
ポリマ－49,4703
非ポリマー1842
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area20010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.300, 44.580, 85.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 Fab 4E10 Heavy chain


分子量: 23990.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 Shuffle
#2: 抗体 Fab 4E10Light chain


分子量: 23292.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 Shuffle
#3: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein gp160 / Env polyprotein


分子量: 2187.582 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 662-674 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate WMJ22 / 遺伝子: env / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P05880
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.58 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200 mM sodium acetate 30% PEG 8,000 100 mM sodium cacodylate Protein was prepared in PBS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→44.7 Å / Num. obs: 30114 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 76.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLM7.1.0データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
Coot0.7 and 0.8モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FX7

2fx7


解像度: 2.1→44.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.171 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2072 1530 5.1 %RANDOM
Rwork0.16169 ---
obs0.16397 28584 93.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å20 Å20.5 Å2
2---1.13 Å20 Å2
3---0.97 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3406 0 12 304 3722
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.023577
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5261.9464885
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7643.0017651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0445.043467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.36223.846143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.81115564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9331518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214066
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02823
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.963.0141806
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9593.0111805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9594.5032256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9594.5062257
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.543.3121771
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.543.3121771
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9494.852619
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.94825.1454091
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.84724.9583992
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 87 -
Rwork0.174 1521 -
obs--68.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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