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- PDB-6x5e: Crystal structure of a Lewis-binding Fab (ch88.2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x5e
タイトルCrystal structure of a Lewis-binding Fab (ch88.2)
要素
  • ch88.2 Fab heavy chain
  • ch88.2 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin / chimeric antibody / antigen binding fragment / Lewis-binding antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / NICKEL (II) ION
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Soliman, C. / Ramsland, P.A.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: Molecular and structural basis for Lewis glycan recognition by a cancer-targeting antibody.
著者: Soliman, C. / Guy, A.J. / Chua, J.X. / Vankemmelbeke, M. / McIntosh, R.S. / Eastwood, S. / Truong, V.K. / Elbourne, A. / Spendlove, I. / Durrant, L.G. / Ramsland, P.A.
履歴
登録2020年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: ch88.2 Fab light chain
H: ch88.2 Fab heavy chain
A: ch88.2 Fab light chain
B: ch88.2 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3277
ポリマ－96,1514
非ポリマー1763
水64936
1
L: ch88.2 Fab light chain
H: ch88.2 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1934
ポリマ－48,0762
非ポリマー1172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19930 Å2
手法PISA
2
A: ch88.2 Fab light chain
B: ch88.2 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1343
ポリマ－48,0762
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.423, 68.480, 91.750
Angle α, β, γ (deg.)110.495, 99.289, 90.006
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1

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要素

#1: 抗体 ch88.2 Fab light chain


分子量: 23644.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 ch88.2 Fab heavy chain


分子量: 24431.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG MME 200, Tris, Nickel (II) chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 44428 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 60.41 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.29→2.4 Å / Num. unique obs: 6787 / CC1/2: 0.719 / Rrim(I) all: 0.88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X80

4x80


解像度: 2.29→33.49 Å / SU ML: 0.4361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.87 / 位相誤差: 37.6612
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2841 1943 5.41 %RANDOM
Rwork0.2299 33993 --
obs0.2329 35936 92.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→33.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6658 0 3 36 6697
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076816
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00369268
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05061041
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00571181
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9055923
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.29-2.350.38511360.34882414X-RAY DIFFRACTION93.54
2.35-2.410.38761400.33222470X-RAY DIFFRACTION93.21
2.41-2.480.34371420.33042407X-RAY DIFFRACTION92.72
2.48-2.560.42921260.3292470X-RAY DIFFRACTION91.6
2.56-2.650.38841410.33482335X-RAY DIFFRACTION91.26
2.65-2.760.41151310.31372481X-RAY DIFFRACTION92.46
2.76-2.880.34171370.29342450X-RAY DIFFRACTION93.8
2.89-3.040.34371480.28252464X-RAY DIFFRACTION94.57
3.04-3.230.32241560.26882486X-RAY DIFFRACTION93.85
3.23-3.480.33211400.25462363X-RAY DIFFRACTION91.22
3.48-3.830.3221370.23112416X-RAY DIFFRACTION91.11
3.83-4.380.25231390.20292365X-RAY DIFFRACTION91.49
4.38-5.510.20431320.16592450X-RAY DIFFRACTION92.35
5.51-33.490.23431380.19972422X-RAY DIFFRACTION92.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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