+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bi2 | ||||||
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Title | Trastuzumab Fab D185A (Light Chain) Mutant Biotin Conjugation. | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Fab / immunoglobulin | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / BIOTIN Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.801 Å | ||||||
Authors | DiDonato, M. / Spraggon, G. | ||||||
Citation | Journal: Chembiochem / Year: 2018 Title: Tuning a Protein-Labeling Reaction to Achieve Highly Site Selective Lysine Conjugation. Authors: Pham, G.H. / Ou, W. / Bursulaya, B. / DiDonato, M. / Herath, A. / Jin, Y. / Hao, X. / Loren, J. / Spraggon, G. / Brock, A. / Uno, T. / Geierstanger, B.H. / Cellitti, S.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6bi2.cif.gz | 369.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6bi2.ent.gz | 302.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6bi2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6bi2_validation.pdf.gz | 896 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6bi2_full_validation.pdf.gz | 901.3 KB | Display | |
Data in XML | 6bi2_validation.xml.gz | 40.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6bi2_validation.cif.gz | 59.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/6bi2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/6bi2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6bhzC 6bi0C 1n8zS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23988.850 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 23422.021 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D185A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 1.0% trptone, 20% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.3 / Wavelength: 0.97648 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 13, 2017 |
Radiation | Monochromator: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97648 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 78712 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 29.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 0.874 / Net I/σ(I): 25 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.86 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique obs: 7683 / CC1/2: 0.882 / Rpim(I) all: 0.276 / Rrim(I) all: 0.538 / Χ2: 0.599 / % possible all: 95.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1N8Z Resolution: 1.801→37.37 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 21.99
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.801→37.37 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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