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Yorodumi- PDB-5xli: Structure of anti-Angiotensin II type2 receptor antibody (D5711-4A03) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xli | ||||||||||||
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Title | Structure of anti-Angiotensin II type2 receptor antibody (D5711-4A03) | ||||||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antigbody / IgG / Fab | ||||||||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.696 Å | ||||||||||||
Authors | Asada, H. / Horita, S. / Iwata, S. / Hirata, K. | ||||||||||||
Funding support | Japan, 3items
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Citation | Journal: Nat. Struct. Mol. Biol. / Year: 2018 Title: Crystal structure of the human angiotensin II type 2 receptor bound to an angiotensin II analog. Authors: Asada, H. / Horita, S. / Hirata, K. / Shiroishi, M. / Shiimura, Y. / Iwanari, H. / Hamakubo, T. / Shimamura, T. / Nomura, N. / Kusano-Arai, O. / Uemura, T. / Suno, C. / Kobayashi, T. / Iwata, S. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xli.cif.gz | 359.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5xli.ent.gz | 293.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xli.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/5xli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/5xli | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5xjmC 1bafS 1mreS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23365.842 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) #2: Antibody | Mass: 23371.201 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 50mM KH2PO4, 20% PEG 8000, 10% Glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-1A / Wavelength: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: CCD / Date: Feb 22, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→19.771 Å / Num. obs: 101148 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.801 % / Biso Wilson estimate: 25.67 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 9.02 / Num. measured all: 687903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1MRE, 1BAF Resolution: 1.696→19.771 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 22.18 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 130.86 Å2 / Biso mean: 37.5325 Å2 / Biso min: 14.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.696→19.771 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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