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- PDB-4uim: crystal structure of quinine-dependent Fab 314.3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uim
タイトルcrystal structure of quinine-dependent Fab 314.3
要素(FAB 314.3) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / QUININE-DEPENDENT / MOUSE MAB
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zhu, J. / Zhu, J. / Bougie, D.W. / Aster, R.H. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Quinine-Dependent Antibody Binding to Platelet Integrin Alphaiib Beta3
著者: Zhu, J. / Zhu, J. / Bougie, D.W. / Aster, R.H. / Springer, T.A.
履歴
登録2015年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月11日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAB 314.3
B: FAB 314.3
C: FAB 314.3
D: FAB 314.3
E: FAB 314.3
F: FAB 314.3
H: FAB 314.3
L: FAB 314.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,58410
ポリマ－191,3928
非ポリマー1922
水3,495194
1
H: FAB 314.3
L: FAB 314.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9443
ポリマ－47,8482
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-39.2 kcal/mol
Surface area20290 Å2
手法PISA
2
A: FAB 314.3
B: FAB 314.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9443
ポリマ－47,8482
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-38.1 kcal/mol
Surface area20480 Å2
手法PISA
3
E: FAB 314.3
F: FAB 314.3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8482
ポリマ－47,8482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-26.1 kcal/mol
Surface area20170 Å2
手法PISA
4
C: FAB 314.3
D: FAB 314.3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8482
ポリマ－47,8482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-26.9 kcal/mol
Surface area20170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.320, 145.240, 101.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体
FAB 314.3


分子量: 24257.135 Da / 分子数: 4 / 断片: HEAVY CHAIN, RESIDUES 1-225 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ASCITES FLUID / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体
FAB 314.3


分子量: 23590.900 Da / 分子数: 4 / 断片: LIGHT CHAIN, RESIDUES 1-214 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ASCITES FLUID / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.55 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 40% PEG 400, 200 MM MGCL2, AND 100 MM SODIUM CITRATE PH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.00695
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月10日 / 詳細: DOUBLE MIRROR
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00695 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 53487 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 37.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.26 / Net I/σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4UIK

4uik


解像度: 2.7→49.367 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 2 / 位相誤差: 29.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2596 1035 1.9 %
Rwork0.2215 --
obs0.2223 53452 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.367 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13379 0 10 194 13583
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00513771
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01818729
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5954950
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482103
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.84230.39141520.35917424X-RAY DIFFRACTION100
2.8423-3.02030.30721360.32697466X-RAY DIFFRACTION100
3.0203-3.25350.32751460.28517487X-RAY DIFFRACTION100
3.2535-3.58080.29051510.23947478X-RAY DIFFRACTION100
3.5808-4.09880.28621390.20477492X-RAY DIFFRACTION100
4.0988-5.16310.18031500.15457522X-RAY DIFFRACTION100
5.1631-49.3750.2031610.16927548X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.65010.16890.87591.6610.41982.8823-0.00350.0097-0.07670.0041-0.09320.14960.08810.03750.14550.44550.0079-0.0270.36960.04480.60591.9959-23.89095.0831
24.1422-0.0345-0.11318.52623.00466.455-0.022-0.36410.4880.2269-0.1660.0871-0.616-0.30290.23470.32540.039-0.08860.42350.01530.491923.9934-2.755826.7669
32.16060.59080.34395.74723.12922.0579-0.1663-0.20310.4763-0.1016-0.0468-0.1252-0.2324-0.1780.11890.66230.0815-0.22060.4140.01620.7885-7.7103-3.96764.7813
47.4961-1.9633-0.66585.77811.17641.7149-0.1611.06571.3787-0.2298-0.0226-0.4776-0.28160.18830.10920.5256-0.0729-0.15290.57310.21170.78325.20747.617215.0668
54.0929-1.24513.68642.9368-0.62564.8672-1.0142-0.52761.04310.32090.1555-0.1987-1.3742-0.40580.62140.68670.0958-0.22920.4879-0.11790.6844-5.1929-1.718949.6594
65.621.21640.4927.5821-0.19713.6014-0.0125-0.252-0.57010.1284-0.17460.27330.1162-0.35430.22260.29220.015-0.02490.39620.07060.4222-32.4461-23.139333.8633
75.19442.55783.60745.71460.8543.39680.0704-0.5817-0.02460.0905-0.02250.20660.0271-0.5994-0.04070.36290.00280.0470.4990.06870.3158-2.0791-21.979257.9778
81.7374-0.1812.10071.7062-1.99438.60860.0749-0.0997-0.2786-0.09230.0113-0.16030.16040.1867-0.06830.3323-0.05560.0310.41330.03180.5506-21.4032-32.626728.711
96.8642-2.46562.39884.63360.5853.31480.0403-0.3567-0.44130.40640.119-0.04820.3931-0.2699-0.11360.347-0.0720.07570.3540.07770.33732.8204-26.854391.2352
104.5211-0.6295-0.41167.14212.95684.08820.07810.1609-0.5084-0.1577-0.00880.24460.7596-0.3192-0.04770.5924-0.1132-0.05240.35280.07690.44814.2332-47.555169.9503
113.6686-0.83451.13536.3744.75316.53990.49540.58460.1426-0.2848-0.1295-0.87290.01970.1848-0.35420.34270.03450.07370.48910.03450.592848.0202-33.658776.4968
126.0454-0.6546-0.43131.6931-0.13091.72140.04910.24080.3521-0.066-0.0162-0.0640.0312-0.0322-0.06030.58240.00670.00390.4033-0.02520.432217.8859-42.293555.6495
133.1212-0.96481.69022.9177-0.01984.2377-0.14340.15850.56120.17-0.0291-0.6882-0.18510.28760.14360.3134-0.04570.00480.34510.06870.521647.7001-71.886122.1042
145.2911-1.72480.17617.2841.56525.66830.01650.28220.5248-0.2469-0.03780.4209-0.4442-0.0332-0.04570.3852-0.0352-0.04390.35230.02910.55122.6923-50.52478.5957
156.2383-5.02040.89645.1232-1.00391.1103-0.2348-0.24340.04310.84040.1196-0.17080.0579-0.07920.10150.6514-0.0191-0.10790.4146-0.07470.38536.4742-64.934840.0263
162.46111.19373.1833.20870.65716.3122-0.0562-0.163-0.2043-0.0592-0.04360.40130.248-0.29190.07640.3709-0.00370.03120.3367-0.02680.64029.7933-55.683615.0623
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN H AND RESID 1:125
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN H AND RESID 126:226
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN L AND RESID 1:111
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN L AND RESID 112:213
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND RESID 1:125
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND RESID 126:226
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND RESID 1:111
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND RESID 112:213
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN C AND RESID 1:125
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN C AND RESID 126:226
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN D AND RESID 1:111
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN D AND RESID 112:213
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN E AND RESID 1:125
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN E AND RESID 126:226
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN F AND RESID 1:111
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN F AND RESID 112:213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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