+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4uim | ||||||
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Title | crystal structure of quinine-dependent Fab 314.3 | ||||||
Components | (FAB 314.3) x 2 | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / QUININE-DEPENDENT / MOUSE MAB | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | MUS MUSCULUS (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Zhu, J. / Zhu, J. / Bougie, D.W. / Aster, R.H. / Springer, T.A. | ||||||
Citation | Journal: Blood / Year: 2015 Title: Structural Basis for Quinine-Dependent Antibody Binding to Platelet Integrin Alphaiib Beta3 Authors: Zhu, J. / Zhu, J. / Bougie, D.W. / Aster, R.H. / Springer, T.A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4uim.cif.gz | 958.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4uim.ent.gz | 823.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4uim.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4uim_validation.pdf.gz | 497.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4uim_full_validation.pdf.gz | 528.9 KB | Display | |
Data in XML | 4uim_validation.xml.gz | 64 KB | Display | |
Data in CIF | 4uim_validation.cif.gz | 87.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/4uim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/4uim | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4uikSC 4uilC 4uinC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24257.135 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: HEAVY CHAIN, RESIDUES 1-225 / Source method: isolated from a natural source / Details: ASCITES FLUID / Source: (natural) MUS MUSCULUS (house mouse) #2: Antibody | Mass: 23590.900 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: LIGHT CHAIN, RESIDUES 1-214 / Source method: isolated from a natural source / Details: ASCITES FLUID / Source: (natural) MUS MUSCULUS (house mouse) #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.55 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 5.5 Details: 40% PEG 400, 200 MM MGCL2, AND 100 MM SODIUM CITRATE PH 5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 287 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.00695 |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Nov 10, 2012 / Details: DOUBLE MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00695 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 53487 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 37.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.26 / Net I/σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Redundancy: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4UIK Resolution: 2.7→49.367 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 2 / Phase error: 29.88 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 70.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→49.367 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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