PDB-1xf2: Structure of Fab DNA-1 complexed with dT3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xf2

タイトル

Structure of Fab DNA-1 complexed with dT3

要素

5'-D(*TP*TP*T)-3'
antibody heavy chain Fab
antibody light chain Fab

キーワード

IMMUNE SYSTEM/DNA / antibody / Fab / immunoglobulin / anti-DNA / anti-ssDNA / autoantibody / IMMUNE SYSTEM-DNA COMPLEX

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / : / DNA

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Schuermann, J.P. / Prewitt, S.P. / Deutscher, S.L. / Tanner, J.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Evidence for Structural Plasticity of Heavy Chain Complementarity-determining Region 3 in Antibody-ssDNA Recognition
著者: Schuermann, J.P. / Prewitt, S.P. / Davies, C. / Deutscher, S.L. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2004年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xf2.cif.gz	179.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xf2.ent.gz	141.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xf2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/1xf2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/1xf2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xf3C 1xf4C 1i8mS 1p7k S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1mcp-d 6pxg-1 5i1g-d 2adi-d 6dc8-d 5l7x-d 3iet-2 1jnl-d 3kym-2 5mu2-8 1nld-d 5mu0-3 5nbw-1 6ute-3 2hff-1 4odu-1 1it9-d 1axt-d 7k8p-d 1mam-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

T: 5'-D(*TP*TP*T)-3'

L: antibody light chain Fab

H: antibody heavy chain Fab

A: antibody light chain Fab

B: antibody heavy chain Fab

ヘテロ分子

98.3 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

T: 5'-D(*TP*TP*T)-3'

L: antibody light chain Fab

H: antibody heavy chain Fab

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: antibody light chain Fab

B: antibody heavy chain Fab

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.678, 170.678, 144.667
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

詳細

The biological assembly is Fab, which has one light chain and one heavy chain

#1: DNA鎖	5'-D(TPTPT)-3' 分子量: 867.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成
#2: 抗体	antibody light chain Fab / anti-single-stranded dna antigen-binding fab 分子量: 23616.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 498315
#3: 抗体	antibody heavy chain Fab / anti-single-stranded dna antigen-binding fab 分子量: 24982.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 3399661
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: ammonium sulfate, sodium phosphate, sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	ammonium sulfate	1	1
2	sodium phosphate	1	1
3	sodium citrate	1	1
4	H2O	1	1
5	ammonium sulfate	1	2
6	sodium phosphate	1	2
7	sodium citrate	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月1日
放射	モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→29.5 Å / Num. all: 55433 / Num. obs: 55433 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 31
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / R_merge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / R_sym value: 0.446 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I8M

1i8m

解像度: 2.3→29.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 5.09 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24194	2752	5 %	RANDOM
R_work	0.20157	-	-	-
all	0.20354	55433	-	-
obs	0.20354	55433	99.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.429 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.84 Å²	0.42 Å²	0 Å²
2-	-	0.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.26 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a free: 0.13 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6449	41	10	220	6720

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	6675
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5718
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.402	1.958	9111
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.829	3	13410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.736	5	846
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7362
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	6535
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.128	0.2	4901
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	231
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.176	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.298	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.16	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.602	1.5	4244
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.175	2	6874
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.797	3	2431
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.846	4.5	2237
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.246	182
R_work	0.216	3791

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0759	1.0296	0.9764	0.9946	0.5062	0.7911	0.0389	0.0631	0.2467	-0.0228	0.0206	0.1138	-0.1261	-0.2505	-0.0595	0.2202	0.0501	0.0582	0.3562	0.0547	0.3374	86.218	95.889	-14.893
2	2.8009	-1.1961	-0.2451	2.8938	-0.3992	0.9064	-0.0802	-0.2636	0.2445	0.0092	0.0683	-0.4481	-0.1195	0.3695	0.0119	0.1786	-0.0485	0.0031	0.4603	-0.1311	0.3282	74.564	98.712	20.23
3	1.6304	-0.956	-1.4307	1.2223	1.2904	3.4981	0.0698	0.0753	0.1366	-0.095	0.0262	0.0307	-0.1566	0.061	-0.096	0.3269	-0.025	0.016	0.2784	0.0249	0.2849	118.565	95.331	-33.717
4	4.6555	2.7997	-2.2961	2.8292	-2.2167	2.7188	0.1603	-0.5335	0.3509	0.3787	-0.0488	0.1395	-0.2173	0.0951	-0.1115	0.3652	0.0307	0.0528	0.3385	-0.1105	0.2381	40.47	98.666	37.251
5	2.1951	-0.2688	-0.5489	1.8798	0.662	4.1497	0.0938	-0.131	-0.0767	0.1687	0.0625	0.0509	-0.0356	-0.1003	-0.1564	0.202	0.0072	-0.0471	0.3496	0.0449	0.2995	86.568	73.576	-19.785
6	3.505	-0.3563	-0.9317	2.9407	-0.1826	2.8252	0.0342	-0.1596	-0.1153	-0.0197	0.0512	-0.3611	0.2517	0.3581	-0.0854	0.1919	0.1369	-0.0629	0.4169	-0.0361	0.2556	72.528	76.649	22.309
7	2.6519	0.5953	0.4012	2.4317	0.7102	1.0189	0.0147	-0.0016	-0.0134	-0.069	-0.0091	0.1096	-0.2057	-0.0575	-0.0057	0.2869	-0.0166	-0.0185	0.2815	0.0096	0.2525	119.128	82.209	-23.781
8	3.7415	-0.9729	-0.092	2.5002	0.0764	1.1656	-0.1047	-0.1364	-0.0257	0.1671	0.1073	0.0399	-0.1664	0.04	-0.0026	0.2929	0.0311	0.0095	0.2724	0.0108	0.228	40.345	86.952	25.76
9	24.0387	2.589	-7.7785	6.4901	-2.1654	3.2113	-0.8193	-0.7797	-0.497	0.0043	-0.2167	0.091	0.0858	-0.0309	1.036	0.0552	0.0532	0.0832	0.1822	0.041	0.1758	72.255	86.181	-7.425

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	B	1 - 108	1 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	D	1 - 108	1 - 108
3	X-RAY DIFFRACTION	3	L	B	109 - 213	109 - 213
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	D	109 - 213	109 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	H	C	1 - 113	1 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	E	1 - 113	1 - 120
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	C	114 - 213	121 - 220
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	E	114 - 213	121 - 220
9	X-RAY DIFFRACTION	9	T	A	1 - 3	1 - 3

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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