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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bi0 | ||||||
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Title | Trastuzumab Fab N158A, D185A, K190A (Light Chain) Triple Mutant. | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Fab / immunoglobulin / mutant | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | DiDonato, M. / Spraggon, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Tuning a Protein-Labeling Reaction to Achieve Highly Site Selective Lysine Conjugation. Authors: Pham, G.H. / Ou, W. / Bursulaya, B. / DiDonato, M. / Herath, A. / Jin, Y. / Hao, X. / Loren, J. / Spraggon, G. / Brock, A. / Uno, T. / Geierstanger, B.H. / Cellitti, S.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 285.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 460.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 465.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 37 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 53.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6bhzC ![]() 6bi2C ![]() 1n8zS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 23988.850 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23320.896 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: N158A, D185A, K190A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 100 mM Tris-HCl, pH 7.0, 20% PEGMME 2000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 2, 2017 |
Radiation | Monochromator: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97648 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. obs: 51673 / % possible obs: 92 % / Redundancy: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 28.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 0.927 / Net I/σ(I): 10.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.12 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 3475 / CC1/2: 0.695 / Rpim(I) all: 0.388 / Rrim(I) all: 0.616 / Χ2: 0.735 / % possible all: 61.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1N8Z Resolution: 2.057→44.112 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 25.22
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.057→44.112 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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