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- PDB-5xaj: Structural mimicry of the dengue virus envelope glycoprotein reve... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xaj
タイトルStructural mimicry of the dengue virus envelope glycoprotein revealed by the crystallographic study of an idiotype-anti-idiotype Fab complex.
要素
  • (Fab E1 heavy ...) x 2
  • Fab E1 light chain
  • FabHM14c10 heavy chain
  • FabHM14c10 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / Antibody / Anti-idiotype
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wong, Y.H. / Goh, B.C. / Lescar, J.
資金援助 シンガポール, 3件
組織認可番号国
MOERG62/12 シンガポール
NMRCNMRC/CBRG/0028/2014 シンガポール
SMARTSMART Scholarship シンガポール
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2017
タイトル: Structural mimicry of the dengue virus envelope glycoprotein revealed by the crystallographic study of an idiotype-anti-idiotype Fab complex
著者: Wong, Y.H. / Goh, B.C. / Lim, S.Y. / Teo, E.W. / Lim, A.P.C. / Dedon, P.C. / Hanson, B.J. / MacAry, P.A. / Lescar, J.
履歴
登録2017年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FabHM14c10 heavy chain
B: FabHM14c10 light chain
C: Fab E1 light chain
D: Fab E1 light chain
E: Fab E1 heavy chain
F: Fab E1 heavy chain
H: FabHM14c10 heavy chain
L: FabHM14c10 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,0298
ポリマ－186,0298
非ポリマー00
水23,2931293
1
A: FabHM14c10 heavy chain
B: FabHM14c10 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4522
ポリマ－47,4522
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19980 Å2
手法PISA
2
C: Fab E1 light chain
E: Fab E1 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4032
ポリマ－45,4032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20640 Å2
手法PISA
3
D: Fab E1 light chain
F: Fab E1 heavy chain
L: FabHM14c10 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1773
ポリマ－69,1773
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20520 Å2
手法PISA
4
H: FabHM14c10 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9971
ポリマ－23,9971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3880 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area20120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.300, 47.590, 220.759
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 5種, 8分子 AHBLCDEF

#1: 抗体 FabHM14c10 heavy chain


分子量: 23997.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: 抗体 FabHM14c10 light chain


分子量: 23455.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#3: 抗体 Fab E1 light chain


分子量: 22948.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#4: 抗体 Fab E1 heavy chain


分子量: 22454.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#5: 抗体 Fab E1 heavy chain


分子量: 22773.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

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非ポリマー , 1種, 1293分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.57 % / 解説: Plate
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Ammonium acetate, Bis Tris Propane pH 5.5, PEG 10,000

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.0428 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0428 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→52.67 Å / Num. obs: 84640 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 45.15 Å2 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 12224 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→46.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.335 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.38 / SU Rfree Blow DPI: 0.252 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.246
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 4183 4.94 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 84627 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8733 Å20 Å2-1.2126 Å2
2---4.4598 Å20 Å2
3---6.3331 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→46.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13020 0 0 1311 14331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0113354HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2818203HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4333SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes261HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1963HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13354HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.69
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.42
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1762SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14710SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 312 5.09 %
Rwork0.226 5817 -
all0.23 6129 -
obs--99.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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