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- PDB-1aif: ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A) FAB FROM MOUSE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aif
タイトルANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A) FAB FROM MOUSE
要素
  • ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A) FAB (HEAVY CHAIN)
  • ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A) FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN / C REGION / V REGION
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell differentiation / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Immunoglobulin kappa constant
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ban, N. / Escobar, C. / Hasel, K. / Day, J. / Greenwood, A. / McPherson, A.
引用
ジャーナル: FASEB J. / 年: 1995
タイトル: Structure of an anti-idiotypic Fab against feline peritonitis virus-neutralizing antibody and a comparison with the complexed Fab.
著者: Ban, N. / Escobar, C. / Hasel, K.W. / Day, J. / Greenwood, A. / McPherson, A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of an Idiotype-Anti-Idiotype Fab Complex
著者: Ban, N. / Escobar, C. / Garcia, R. / Hasel, K. / Day, J. / Greenwood, A. / McPherson, A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Preliminary Crystallographic Study of a Complex between an Fab of a Monoclonal Feline Peritonitis Virus Neutralizing Antibody and its Anti-Idiotypic Fab
著者: Ban, N. / Escobar, C. / Day, J. / Greenwood, A. / McPherson, A.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Characterization of Crystals of an Fab Fragment of a Murine Monoclonal Antibody
著者: Ban, N. / Escobar, C. / Day, J. / Greenwood, A. / Larson, S. / McPherson, A.
履歴
登録1994年11月14日処理サイト: BNL
改定 1.01997年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A) FAB (LIGHT CHAIN)
H: ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A) FAB (HEAVY CHAIN)
A: ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A) FAB (LIGHT CHAIN)
B: ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A) FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7474
ポリマ－94,7474
非ポリマー00
水00
1
L: ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A) FAB (LIGHT CHAIN)
H: ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A) FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3742
ポリマ－47,3742
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20510 Å2
手法PISA
2
A: ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A) FAB (LIGHT CHAIN)
B: ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A) FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3742
ポリマ－47,3742
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.200, 71.200, 75.800
Angle α, β, γ (deg.)85.30, 121.40, 116.50
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A) FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 23560.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837
#2: 抗体 ANTI-IDIOTYPIC FAB 409.5.3 (IGG2A) FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 23812.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 1042226
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.57 %
結晶化
*PLUS
pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17.5 mg/mlprotein solution1drop
20.015 Macetate1drop
38-10 %(w/v)PEG40001drop
416-20 %(w/v)PEG40001reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Observed criterion σ(I): 3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 18603 / % possible obs: 94 % / Num. measured all: 74745

-
解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.9→20 Å / σ(F): 3 /
Rfactor%反射
Rwork0.22 -
obs0.22 83 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6662 0 0 0 6662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 16482
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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