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Yorodumi- PDB-6azm: Crystal structure of the 580 germline antibody bound to circumspo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6azm | ||||||
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Title | Crystal structure of the 580 germline antibody bound to circumsporozoite protein NANP 5-mer | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Malaria / Circumsporozoite protein / Fab | ||||||
Function / homology | Function and homology information entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Scally, S.W. / Bosch, A. / Triller, G. / Wardemann, H. / Julien, J.P. | ||||||
Citation | Journal: Immunity / Year: 2017 Title: Natural Parasite Exposure Induces Protective Human Anti-Malarial Antibodies. Authors: Triller, G. / Scally, S.W. / Costa, G. / Pissarev, M. / Kreschel, C. / Bosch, A. / Marois, E. / Sack, B.K. / Murugan, R. / Salman, A.M. / Janse, C.J. / Khan, S.M. / Kappe, S.H.I. / Adegnika, ...Authors: Triller, G. / Scally, S.W. / Costa, G. / Pissarev, M. / Kreschel, C. / Bosch, A. / Marois, E. / Sack, B.K. / Murugan, R. / Salman, A.M. / Janse, C.J. / Khan, S.M. / Kappe, S.H.I. / Adegnika, A.A. / Mordmuller, B. / Levashina, E.A. / Julien, J.P. / Wardemann, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6azm.cif.gz | 372.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6azm.ent.gz | 302.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6azm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/6azm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/6azm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24168.748 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Fragment: Fab / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 23478.105 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Fragment: Fab / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #3: Protein/peptide | Mass: 2000.006 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: Circumsporozoite protein NANP 5-mer Source: (synth.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) References: UniProt: P02893*PLUS #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 10% Isopropanol, 100mM HEPES pH 7.5, 20% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.97949 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Dec 1, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→40 Å / Num. obs: 113396 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 4.3 % / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 13.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.7 Å / Redundancy: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 18628 / Rpim(I) all: 0.397 / % possible all: 98.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 580 Fab Crystal structure Resolution: 1.6→37.511 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.44
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→37.511 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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