[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3cfb: High-resolution structure of blue fluorescent antibody EP2-19G2 i... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3cfb | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | High-resolution structure of blue fluorescent antibody EP2-19G2 in complex with stilbene hapten at 100K | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / BLUE-FLUORESCENT ANTIBODY / HAPTEN COMPLEX / ELECTRON TRANSFER | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 4-(4-STYRYL-PHENYLCARBAMOYL)-BUTYRIC ACID Function and homology information | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Debler, E.W. / Wilson, I.A. | ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2008 Title: Deeply inverted electron-hole recombination in a luminescent antibody-stilbene complex. Authors: Debler, E.W. / Kaufmann, G.F. / Meijler, M.M. / Heine, A. / Mee, J.M. / Pljevaljcic, G. / Di Bilio, A.J. / Schultz, P.G. / Millar, D.P. / Janda, K.D. / Wilson, I.A. / Gray, H.B. / Lerner, R.A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3cfb.cif.gz | 194.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3cfb.ent.gz | 154.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3cfb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3cfb_validation.pdf.gz | 875.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3cfb_full_validation.pdf.gz | 887.7 KB | Display | |
Data in XML | 3cfb_validation.xml.gz | 40 KB | Display | |
Data in CIF | 3cfb_validation.cif.gz | 58.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/3cfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/3cfb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3cfcC 3cfdC 3cfeC 1fl3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Antibody | Mass: 24082.723 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: FAB / Source method: isolated from a natural source / Details: PURIFIED FROM ASCITIC FLUID / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) Cell: HYBRIDOMA CELLS FROM 129GIX+ SPLEEN CELLS FUSED WITH BALB/C MYELOMA CELLS #2: Antibody | Mass: 22747.699 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: FAB / Source method: isolated from a natural source / Details: PURIFIED FROM ASCITIC FLUID / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) Cell: HYBRIDOMA CELLS FROM 129GIX+ SPLEEN CELLS FUSED WITH BALB/C MYELOMA CELLS #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.93 % |
---|---|
Crystal grow | pH: 5.5 Details: 20% PEG 4000, 0.2M KSCN, PH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 5.50 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 0.97622 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jan 10, 2005 / Details: MONOCHROMATOR |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97622 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 121549 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 58.9 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 30.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.66 Å / Redundancy: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.704 / % possible all: 96.2 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1FL3 Resolution: 1.6→42.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.116 / SU ML: 0.059 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.09 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.11 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→42.03 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|