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- PDB-2eh8: Crystal structure of the complex of humanized KR127 fab and PRES1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2eh8
タイトルCrystal structure of the complex of humanized KR127 fab and PRES1 peptide epitope
要素
  • HUMANIZED KR127 FAB, HEAVY CHAIN
  • HUMANIZED KR127 FAB, LIGHT CHAIN
  • PreS1/PreS2/surface protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / HEPATITIS B VIRUS / HUMANIZED ANTIBODY / MONOCLONAL ANTIBODY / NEUTRALIZATION / PRES1
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Large envelope protein S / Major surface antigen from hepadnavirus / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Large envelope protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chi, S.-W. / Kim, S.-J. / Maeng, C.-Y. / Hong, H.J. / Ryu, S.-E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Broadly neutralizing anti-hepatitis B virus antibody reveals a complementarity determining region H3 lid-opening mechanism
著者: Chi, S.-W. / Maeng, C.-Y. / Kim, S.J. / Oh, M.S. / Ryu, C.J. / Kim, S.-J. / Han, K.-H. / Hong, H.J. / Ryu, S.-E.
履歴
登録2007年3月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: HUMANIZED KR127 FAB, LIGHT CHAIN
H: HUMANIZED KR127 FAB, HEAVY CHAIN
P: PreS1/PreS2/surface protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1693
ポリマ－48,1693
非ポリマー00
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.340, 61.270, 83.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 HUMANIZED KR127 FAB, LIGHT CHAIN


分子量: 23788.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: HUMANIZED KR127 / プラスミド: PCMV / Cell (発現宿主): DHFR-DEFICIENT CHO CELL / 細胞株 (発現宿主): DG44 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 HUMANIZED KR127 FAB, HEAVY CHAIN


分子量: 23086.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: HUMANIZED KR127 / プラスミド: PCMV / Cell (発現宿主): DHFR-DEFICIENT CHO CELL / 細胞株 (発現宿主): DG44 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド PreS1/PreS2/surface protein


分子量: 1293.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide P was chemically synthesized. The sequence is naturally found in hepatitis B virus.
参照: UniProt: Q2EID8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SHORT PEPTIDE, PRES1, IS AMIDATED /ACETYLATED AT THE N- AND C-TERMINUS, RESPECTIVELY. A ...THE SHORT PEPTIDE, PRES1, IS AMIDATED /ACETYLATED AT THE N- AND C-TERMINUS, RESPECTIVELY. A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR CHAIN L AND H NOT CURRENTLY EXIST. THE SEQUENCES ARE SHOWN IN THE PAPER(FIGURE 1): HONG, H.J. ET AL., VIROLOGY 318, 134-141 (2004)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.36 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 17% PEG 4000, 10mM Hepes-NaOH, 0.2M ammonium sulfate, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月30日
放射モノクロメーター: CONFOCAL MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→32.91 Å / Num. all: 14984 / Num. obs: 14611 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EH7

2eh7


解像度: 2.6→32.91 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 730 -RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 14611 97.5 %-
all-14984 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→32.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3379 0 0 41 3420
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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