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Yorodumi- PDB-4rir: Structural Analysis of the Unmutated Ancestor of the HIV-1 Envelo... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4rir | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structural Analysis of the Unmutated Ancestor of the HIV-1 Envelope V2 Region Antibody CH58 Isolated From an RV144 HIV-1 Vaccine Efficacy Trial Vaccinee and Associated with Decreased Transmission Risk | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody / IgG fold / HIV-1 gp120 V2 region | ||||||
| Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Nicely, N.I. / Wiehe, K. / Kepler, T.B. / Jaeger, F.H. / Dennison, S.M. / Liao, H.-X. / Alam, S.M. / Hwang, K.-K. / Bonsignori, M. / Rerks-Ngarm, S. ...Nicely, N.I. / Wiehe, K. / Kepler, T.B. / Jaeger, F.H. / Dennison, S.M. / Liao, H.-X. / Alam, S.M. / Hwang, K.-K. / Bonsignori, M. / Rerks-Ngarm, S. / Nitayaphan, S. / Pitisuttithum, P. / Kaewkungwal, J. / Robb, M.L. / O'Connell, R.J. / Michael, N.L. / Kim, J.H. / Haynes, B.F. | ||||||
Citation | Journal: EBioMedicine / Year: 2015Title: Structural analysis of the unmutated ancestor of the HIV-1 envelope V2 region antibody CH58 isolated from an RV144 vaccine efficacy trial vaccinee. Authors: Nicely, N.I. / Wiehe, K. / Kepler, T.B. / Jaeger, F.H. / Dennison, S.M. / Rerks-Ngarm, S. / Nitayaphan, S. / Pitisuttithum, P. / Kaewkungwal, J. / Robb, M.L. / O'Connell, R.J. / Michael, N.L. ...Authors: Nicely, N.I. / Wiehe, K. / Kepler, T.B. / Jaeger, F.H. / Dennison, S.M. / Rerks-Ngarm, S. / Nitayaphan, S. / Pitisuttithum, P. / Kaewkungwal, J. / Robb, M.L. / O'Connell, R.J. / Michael, N.L. / Kim, J.H. / Liao, H.X. / Munir Alam, S. / Hwang, K.K. / Bonsignori, M. / Haynes, B.F. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4rir.cif.gz | 335.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4rir.ent.gz | 277.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4rir.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4rir_validation.pdf.gz | 450.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4rir_full_validation.pdf.gz | 455.3 KB | Display | |
| Data in XML | 4rir_validation.xml.gz | 30.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 4rir_validation.cif.gz | 42.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/4rir ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/4rir | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Antibody | Mass: 24949.910 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell (production host): expi293 / Production host: Homo sapiens (human)#2: Antibody | Mass: 23170.354 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell (production host): expi293 / Production host: Homo sapiens (human)#3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.3 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: A drop composed of 0.3 ul protein and 0.3 ul 25 mM MES, pH 6.0, 1.5% PEG 3350 over a reservoir of 50 ul 24% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 93 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 13, 2012 |
| Radiation | Monochromator: double crystal - liquid nitrogen cooled / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. all: 34886 / Num. obs: 33979 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
| Reflection shell | Resolution: 2.5→2.54 Å / % possible all: 93.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5→25.915 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 0 / Phase error: 29.62 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 12.295 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters |
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→25.915 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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