PDB-5ik3: Crystal structure of anti-gliadin 1002-1E03 Fab fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ik3

タイトル

Crystal structure of anti-gliadin 1002-1E03 Fab fragment

要素

1E03 Fab fragment heavy chain
1E03 Fab fragment light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / anti-gliadin antibody / celiac disease

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Snir, O. / Chen, X. / Gidoni, M. / du Pre, M.F. / Zhao, Y. / Steinsbo, O. / Lundin, K.E. / Yaari, G. / Sollid, L.M.

引用

ジャーナル: JCI Insight / 年: 2017
タイトル: Stereotyped antibody responses target posttranslationally modified gluten in celiac disease.
著者: Snir, O. / Chen, X. / Gidoni, M. / du Pre, M.F. / Zhao, Y. / Steinsbo, O. / Lundin, K.E. / Yaari, G. / Sollid, L.M.

履歴

登録	2016年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2017年12月6日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ik3.cif.gz	372 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ik3.ent.gz	302.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ik3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/5ik3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/5ik3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ifjC 5ig7C 5ihzC 5ijkSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5mv3-3 5mub-2 4r96-4 6b5n-d 5mv4-3 6b5m-d 3mnv-2 6wx2-2 5mv4-2 1bfo-3 1rz8-2 4mhj-6 5b6f-2 3i75-d 5mp5-3 5jrp-d 2vl5-2 4r96-1 6tcp-2 6w4v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 1E03 Fab fragment heavy chain

B: 1E03 Fab fragment light chain

C: 1E03 Fab fragment heavy chain

D: 1E03 Fab fragment light chain

ヘテロ分子

97.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 1E03 Fab fragment heavy chain

B: 1E03 Fab fragment light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 1E03 Fab fragment heavy chain

D: 1E03 Fab fragment light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.280, 138.810, 91.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.20, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-420- HOH

#1: 抗体	1E03 Fab fragment heavy chain 分子量: 24137.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	1E03 Fab fragment light chain 分子量: 24326.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 669 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 30% PEK 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.07192 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07192 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→69.4 Å / Num. obs: 109856 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 1.65→1.69 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
xia		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IJK

5ijk

解像度: 1.65→69.4 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2361	5529	5.03 %
R_work	0.1956	-	-
obs	0.1977	109854	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→69.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6703	0	25	669	7397

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	6883
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.327	9377
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.612	4097
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	1063
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1189

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.6688	0.3774	169	0.3199	3496	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6688-1.6884	0.285	185	0.3064	3472	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6884-1.709	0.3575	189	0.2869	3394	X-RAY DIFFRACTION	100
1.709-1.7306	0.3105	199	0.2721	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7306-1.7534	0.2952	213	0.2607	3441	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7534-1.7774	0.3268	154	0.2516	3481	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7774-1.8028	0.2569	167	0.2419	3508	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8028-1.8297	0.2713	192	0.2394	3432	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8297-1.8583	0.2657	163	0.232	3487	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8583-1.8888	0.2662	201	0.2365	3498	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8888-1.9214	0.2991	168	0.2379	3436	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9214-1.9563	0.2804	176	0.2217	3485	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9563-1.9939	0.2669	186	0.218	3479	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9939-2.0346	0.274	222	0.2177	3473	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0346-2.0789	0.2531	150	0.2115	3483	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0789-2.1272	0.2662	192	0.2075	3434	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1272-2.1804	0.2205	181	0.2088	3496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1804-2.2394	0.2448	162	0.2085	3464	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2394-2.3053	0.2527	194	0.2064	3474	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3053-2.3797	0.259	189	0.2048	3485	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3797-2.4648	0.2495	181	0.2016	3469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4648-2.5635	0.2362	184	0.2006	3523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5635-2.6801	0.2465	201	0.1985	3435	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6801-2.8214	0.2584	179	0.201	3491	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8214-2.9982	0.2379	179	0.1939	3482	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9982-3.2297	0.2288	192	0.187	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2297-3.5547	0.203	196	0.17	3482	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5547-4.069	0.1951	181	0.1688	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
4.069-5.1263	0.2076	188	0.1487	3507	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1263-69.4664	0.2098	196	0.1852	3542	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -10.0835 Å / Origin y: 14.6198 Å / Origin z: 21.2472 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1677 Å²	0.0373 Å²	0.0039 Å²	-	0.1741 Å²	0.0063 Å²	-	-	0.1283 Å²
L	0.4205 °²	0.1122 °²	0.0399 °²	-	0.4261 °²	0.1099 °²	-	-	0.3301 °²
S	-0.009 Å °	0.0021 Å °	0.0569 Å °	-0.0528 Å °	-0.0441 Å °	0.0189 Å °	-0.0943 Å °	-0.0793 Å °	0.0494 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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