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万見
- PDB-6wx2: Vaccine-elicited mouse FP-targeting neutralizing antibody vFP16.0... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wx2
タイトルVaccine-elicited mouse FP-targeting neutralizing antibody vFP16.02 with F60P mutation on light chain in complex with HIV fusion peptide (residue 512-519)
要素
  • fusion peptide
  • vFP16.02 antibody heavy chain
  • vFP16.02 antibody light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / HIV / fusion peptide / antibody / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Xu, K. / Wang, Y. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Mutational fitness landscapes reveal genetic and structural improvement pathways for a vaccine-elicited HIV-1 broadly neutralizing antibody.
著者: Madan, B. / Zhang, B. / Xu, K. / Chao, C.W. / O'Dell, S. / Wolfe, J.R. / Chuang, G.Y. / Fahad, A.S. / Geng, H. / Kong, R. / Louder, M.K. / Nguyen, T.D. / Rawi, R. / Schon, A. / Sheng, Z. / ...著者: Madan, B. / Zhang, B. / Xu, K. / Chao, C.W. / O'Dell, S. / Wolfe, J.R. / Chuang, G.Y. / Fahad, A.S. / Geng, H. / Kong, R. / Louder, M.K. / Nguyen, T.D. / Rawi, R. / Schon, A. / Sheng, Z. / Nimrania, R. / Wang, Y. / Zhou, T. / Lin, B.C. / Doria-Rose, N.A. / Shapiro, L. / Kwong, P.D. / DeKosky, B.J.
履歴
登録2020年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: vFP16.02 antibody heavy chain
B: vFP16.02 antibody light chain
C: fusion peptide
H: vFP16.02 antibody heavy chain
L: vFP16.02 antibody light chain
F: fusion peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7896
ポリマ－95,7896
非ポリマー00
水2,486138
1
A: vFP16.02 antibody heavy chain
B: vFP16.02 antibody light chain
C: fusion peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8943
ポリマ－47,8943
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19140 Å2
手法PISA
2
H: vFP16.02 antibody heavy chain
L: vFP16.02 antibody light chain
F: fusion peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8943
ポリマ－47,8943
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.246, 111.697, 123.804
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 83 or resid 85 through 217))
21(chain H and (resid 2 through 83 or resid 85 through 217))
12(chain B and (resid 1 through 81 or resid 83 through 151 or resid 153 through 217))
22(chain L and (resid 1 or (resid 2 and (name...
13chain C
23chain F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALLEULEU(chain A and (resid 2 through 83 or resid 85 through 217))AA2 - 832 - 83
121SERSERPROPRO(chain A and (resid 2 through 83 or resid 85 through 217))AA85 - 21785 - 217
211VALVALLEULEU(chain H and (resid 2 through 83 or resid 85 through 217))HD2 - 832 - 83
221SERSERPROPRO(chain H and (resid 2 through 83 or resid 85 through 217))HD85 - 21785 - 217
112ASPASPSERSER(chain B and (resid 1 through 81 or resid 83 through 151 or resid 153 through 217))BB1 - 811 - 81
122VALVALVALVAL(chain B and (resid 1 through 81 or resid 83 through 151 or resid 153 through 217))BB83 - 15183 - 151
132TRPTRPASNASN(chain B and (resid 1 through 81 or resid 83 through 151 or resid 153 through 217))BB153 - 217153 - 217
212ASPASPASPASP(chain L and (resid 1 or (resid 2 and (name...LE11
222VALVALVALVAL(chain L and (resid 1 or (resid 2 and (name...LE22
232ASPASPGLUGLU(chain L and (resid 1 or (resid 2 and (name...LE1 - 2181 - 218
242ASPASPGLUGLU(chain L and (resid 1 or (resid 2 and (name...LE1 - 2181 - 218
252ASPASPGLUGLU(chain L and (resid 1 or (resid 2 and (name...LE1 - 2181 - 218
262ASPASPGLUGLU(chain L and (resid 1 or (resid 2 and (name...LE1 - 2181 - 218
272ASPASPGLUGLU(chain L and (resid 1 or (resid 2 and (name...LE1 - 2181 - 218
113ALAALAPHEPHEchain CCC512 - 5191 - 8
213ALAALAPHEPHEchain FFF512 - 5191 - 8

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: 抗体 vFP16.02 antibody heavy chain


分子量: 23073.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 vFP16.02 antibody light chain


分子量: 24087.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド fusion peptide


分子量: 732.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 9.9% v/v isopropanol, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 9.9% v/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月2日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 39911 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.162 / Χ2: 1.954 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.449.50.80619470.9130.2690.8520.68899.5
2.44-2.499.70.78419730.8980.2630.8290.7499.8
2.49-2.539.20.75219650.8860.2590.7980.81299.7
2.53-2.599.50.67419570.9180.2280.7140.91899.7
2.59-2.6410.80.60119700.9570.1890.6310.92199.5
2.64-2.7120.56519790.9580.1690.5911.01399.8
2.7-2.7712.20.47219770.9730.140.4931.15699.7
2.77-2.8512.30.4119470.9780.1220.4281.27799.1
2.85-2.9311.90.34119920.9850.1030.3571.48299.9
2.93-3.0211.80.30619860.9890.0930.3211.60799.4
3.02-3.1311.70.28219780.9870.0860.2951.88299.7
3.13-3.2611.50.25519800.9910.0790.2672.06299.8
3.26-3.4111.10.22519950.9920.0710.2372.38599.5
3.41-3.5810.20.19319940.9930.0640.2042.64999.6
3.58-3.819.30.15220000.9950.0530.1622.86499.3
3.81-4.111.60.13419850.9960.0410.1413.09999.8
4.1-4.5211.60.10720380.9970.0330.1123.40799.7
4.52-5.1711.50.09320320.9970.0290.0973.39999.8
5.17-6.5111.50.10420600.9970.0320.1093.02699.5
6.51-5011.20.07321560.9980.0220.0762.92298.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3861精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6CDO

6cdo


解像度: 2.39→35.65 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2502 1992 5.01 %
Rwork0.2002 37745 -
obs0.2027 39737 97.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.83 Å2 / Biso mean: 51.4472 Å2 / Biso min: 19.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.39→35.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6645 0 0 138 6783
Biso mean---48.69 -
残基数----872
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1234X-RAY DIFFRACTION4.343TORSIONAL
12H1234X-RAY DIFFRACTION4.343TORSIONAL
21B1263X-RAY DIFFRACTION4.343TORSIONAL
22L1263X-RAY DIFFRACTION4.343TORSIONAL
31C42X-RAY DIFFRACTION4.343TORSIONAL
32F42X-RAY DIFFRACTION4.343TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.39-2.450.3041010.2575181267
2.45-2.520.34991380.2805273799
2.52-2.590.33411370.2793270899
2.59-2.670.32891550.2669272399
2.67-2.770.29351700.25022684100
2.77-2.880.3011520.2355273599
2.88-3.010.31921240.2267274599
3.01-3.170.29941420.2365274799
3.17-3.370.31571350.23372754100
3.37-3.630.25421490.2136276199
3.63-3.990.26671400.1957277099
3.99-4.570.18941480.15142790100
4.57-5.750.17831490.15382832100
5.75-35.650.20821520.1759294799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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