+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3o41 | ||||||
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Title | Crystal Structure of 101F Fab Bound to 15-mer Peptide Epitope | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / Immunoglobulin / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Human respiratory syncytial virus A | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | McLellan, J.S. / Chen, M. / Chang, J.S. / Yang, Y. / Kim, A. / Graham, B.S. / Kwong, P.D. | ||||||
Citation | Journal: J.Virol. / Year: 2010 Title: Structure of a Major Antigenic Site on the Respiratory Syncytial Virus Fusion Glycoprotein in Complex with Neutralizing Antibody 101F. Authors: McLellan, J.S. / Chen, M. / Chang, J.S. / Yang, Y. / Kim, A. / Graham, B.S. / Kwong, P.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3o41.cif.gz | 364.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3o41.ent.gz | 296.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3o41.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/3o41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/3o41 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3o45C 1dqdS 1iqwS 2j88S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24064.551 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 23704.695 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) #3: Protein/peptide | Mass: 1650.880 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Residues 422-436 / Source method: obtained synthetically / Details: synthetic peptide / Source: (synth.) Human respiratory syncytial virus A / References: UniProt: P03420 #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 20.5% (w/v) PEG 4000, 0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 0.8266 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 3, 2009 |
Radiation | Monochromator: Si 220. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8266 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. all: 73963 / Num. obs: 73963 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2.02 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 77.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1DQD,1IQW,2J88 Resolution: 1.95→33.079 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0.18 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.951 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→33.079 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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