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- PDB-2or9: The structure of the anti-c-myc antibody 9E10 Fab fragment/epitop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2or9
タイトルThe structure of the anti-c-myc antibody 9E10 Fab fragment/epitope peptide complex reveals a novel binding mode dominated by the heavy chain hypervariable loops
要素
  • (Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10) x 2
  • synthetic epitope peptide of 9E10
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIGEN-ANTIBODY COMPLEX / ANTIGEN RECOGNITION / myc-tag / long CDR H3
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of metanephric cap mesenchymal cell proliferation / SCF ubiquitin ligase complex binding / Myc-Max complex / negative regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / regulation of somatic stem cell population maintenance / regulation of cell cycle process / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / RNA polymerase II transcription repressor complex / RUNX3 regulates WNT signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors ...positive regulation of metanephric cap mesenchymal cell proliferation / SCF ubiquitin ligase complex binding / Myc-Max complex / negative regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / regulation of somatic stem cell population maintenance / regulation of cell cycle process / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / RNA polymerase II transcription repressor complex / RUNX3 regulates WNT signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / negative regulation of cell division / negative regulation of monocyte differentiation / response to growth factor / transcription regulator activator activity / protein-DNA complex disassembly / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / fibroblast apoptotic process / Regulation of NFE2L2 gene expression / regulation of telomere maintenance / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / Signaling by ALK / branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / rRNA metabolic process / E-box binding / positive regulation of telomere maintenance / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / chromosome organization / Cyclin E associated events during G1/S transition / core promoter sequence-specific DNA binding / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / negative regulation of fibroblast proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / transcription coregulator binding / positive regulation of epithelial cell proliferation / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / MAPK6/MAPK4 signaling / positive regulation of miRNA transcription / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / G1/S transition of mitotic cell cycle / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Transcriptional regulation of granulopoiesis / positive regulation of fibroblast proliferation / cellular response to UV / MAPK cascade / cellular response to xenobiotic stimulus / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / cellular response to hypoxia / Estrogen-dependent gene expression / intracellular iron ion homeostasis / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / Ub-specific processing proteases / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of cell population proliferation / DNA damage response / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leucine zipper, Myc / Myc leucine zipper domain / Transcription regulator Myc / Transcription regulator Myc, N-terminal / : / Myc amino-terminal region / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. ...Leucine zipper, Myc / Myc leucine zipper domain / Transcription regulator Myc / Transcription regulator Myc, N-terminal / : / Myc amino-terminal region / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myc proto-oncogene protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Krauss, N. / Scheerer, P. / Hoehne, W.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: The structure of the anti-c-myc antibody 9E10 Fab fragment/epitope peptide complex reveals a novel binding mode dominated by the heavy chain hypervariable loops.
著者: Krauss, N. / Wessner, H. / Welfle, K. / Welfle, H. / Scholz, C. / Seifert, M. / Zubow, K. / Ay, J. / Hahn, M. / Scheerer, P. / Skerra, A. / Hohne, W.
履歴
登録2007年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10
H: Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10
M: Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10
I: Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10
P: synthetic epitope peptide of 9E10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,1215
ポリマ－99,1215
非ポリマー00
水5,080282
1
L: Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10
H: Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10
P: synthetic epitope peptide of 9E10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2203
ポリマ－50,2203
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
M: Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10
I: Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9012
ポリマ－48,9012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.068, 111.880, 134.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10


分子量: 24001.543 Da / 分子数: 2 / 断片: light chain of antigen binding fragment, Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C
#2: 抗体 Monoclonal anti-c-myc antibody 9E10


分子量: 24899.799 Da / 分子数: 2 / 断片: heavy chain of antigen binding fragment, Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C
#3: タンパク質・ペプチド synthetic epitope peptide of 9E10


分子量: 1318.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: synthetic peptide derived from the human c-myc proto-oncoprotein
参照: UniProt: P01106*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 12% PEG 4000, 0.1 to 0.2 M sodium acetate, 0.02% sodium azide, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.91
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月25日
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 31926 / Num. obs: 31926 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 73.2 Å2 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 3088 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1CLO

1clo


解像度: 2.7→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31 1623 -RANDOM
Rwork0.252 ---
all-31864 --
obs-31864 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.57 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.65 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6902 0 0 282 7184
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.41
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.645
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.876
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.515 159 -
Rwork0.416 --
obs-3087 97.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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