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- PDB-1clo: ANTI-CARCINOEMBRYONIC ANTIGEN MONOCLONAL ANTIBODY A5B7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1clo
タイトルANTI-CARCINOEMBRYONIC ANTIGEN MONOCLONAL ANTIBODY A5B7
要素(A5B7 MONOCLONAL ANTIBODY) x 2
キーワードIMMUNOGLOBULIN / FAB-FRAGMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / antigen binding ...phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of phagocytosis / B cell differentiation / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...: / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ig gamma-1 chain C region secreted form
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Banfield, M.J. / King, D.J. / Mountain, A. / Brady, R.L.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1997
タイトル: VL:VH domain rotations in engineered antibodies: crystal structures of the Fab fragments from two murine antitumor antibodies and their engineered human constructs.
著者: Banfield, M.J. / King, D.J. / Mountain, A. / Brady, R.L.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: VL:VH Domain Rotations in Engineeded Antibodies: Crystal Structures of the Fab Fragments from Two Murine Anti-Tumour Antibodies and Their Engineered Human Constructs
著者: Banfield, M.J. / King, D.J. / Mountain, A. / Brady, R.L.
履歴
登録1996年5月1日処理サイト: BNL
改定 1.01997年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: A5B7 MONOCLONAL ANTIBODY
H: A5B7 MONOCLONAL ANTIBODY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3062
ポリマ－47,3062
非ポリマー00
水7,206400
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.890, 79.680, 68.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 A5B7 MONOCLONAL ANTIBODY


分子量: 23238.602 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTIGEN BINDING FRAGMENT, FAB / 由来タイプ: 天然
詳細: ANTI-CARCINOEMBRYONIC ANTIGEN MONOCLONAL ANTIBODY A5B7
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 1042224
#2: 抗体 A5B7 MONOCLONAL ANTIBODY


分子量: 24067.021 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTIGEN BINDING FRAGMENT, FAB / 由来タイプ: 天然
詳細: ANTI-CARCINOEMBRYONIC ANTIGEN MONOCLONAL ANTIBODY A5B7
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01868
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE FAB FRAGMENT IS NUMBERED ACCORDING TO THE KABAT SYSTEM (E.A.KABAT, T.T.WU,M.REID-MILLER,H.M. ...THE FAB FRAGMENT IS NUMBERED ACCORDING TO THE KABAT SYSTEM (E.A.KABAT, T.T.WU,M.REID-MILLER,H.M.PERRY, K.S.GOTTESMAN (1987) SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 4TH ED., NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH, BETHESDA, MD).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.25 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Banfield, M.J., (1996) Acta Cryst. D., 52, 1107.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
220 mMBis-Tris1drop
317-21 %PEG40001reservoir
450 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488
検出器タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月20日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 27439 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 2→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.115 / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / % possible all: 98
反射
*PLUS
Num. measured all: 95102
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→8 Å / σ(F): 0
詳細: WEAK ELECTRON DENSITY ONLY IS PRESENT FOR RESIDUES L 155 - L 159 AND H 130 - H 134.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.212 --
obs0.212 23098 99.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 23.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3327 0 0 400 3727
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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