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万見
- PDB-4ncc: Neutralizing antibody to murine norovirus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ncc
タイトルNeutralizing antibody to murine norovirus
要素
  • Fab fragment heavy
  • Fab fragment light
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobin / antibody / murine norovirus
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Smith, T. / Li, M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Flexibility in surface-exposed loops in a virus capsid mediates escape from antibody neutralization.
著者: Kolawole, A.O. / Li, M. / Xia, C. / Fischer, A.E. / Giacobbi, N.S. / Rippinger, C.M. / Proescher, J.B. / Wu, S.K. / Bessling, S.L. / Gamez, M. / Yu, C. / Zhang, R. / Mehoke, T.S. / Pipas, J.M. ...著者: Kolawole, A.O. / Li, M. / Xia, C. / Fischer, A.E. / Giacobbi, N.S. / Rippinger, C.M. / Proescher, J.B. / Wu, S.K. / Bessling, S.L. / Gamez, M. / Yu, C. / Zhang, R. / Mehoke, T.S. / Pipas, J.M. / Wolfe, J.T. / Lin, J.S. / Feldman, A.B. / Smith, T.J. / Wobus, C.E.
履歴
登録2013年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月9日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab fragment light
H: Fab fragment heavy
1: Fab fragment light
2: Fab fragment heavy


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,6854
ポリマ－93,6854
非ポリマー00
水6,666370
1
L: Fab fragment light
H: Fab fragment heavy


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8432
ポリマ－46,8432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
2
1: Fab fragment light
2: Fab fragment heavy


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8432
ポリマ－46,8432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.590, 135.810, 83.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111Chain L and resid 1:106
211Chain 1 and resid 1:106
112Chain L and resid 107:210
212Chain 1 and resid 107:210
113Chain H and resid 2:119
213Chain 2 and resid 2:119
114Chain H and resid 120:221
214Chain 2 and resid 120:221

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
詳細There are two Fabs in the asymmetric unit. L (light) and H (heavy) chains make one and chains 1 and 2 make the other where 1=light and 2=heavy

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要素

#1: 抗体 Fab fragment light


分子量: 23083.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab fragment heavy


分子量: 23759.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.6
詳細: Protein concentration 9.7 mg/ml in 50mM Tris. Reservoir 18% PEG 8000 in 90 mM Tris, pH 8.5. Drop was 5 microliters of reservoir and 5 of protein., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月1日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→42.49 Å / Num. obs: 20909 / % possible obs: 63 % / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SAINTデータスケーリング
SAINTデータ削減
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.49→42.49 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 1138 4.83 %
Rwork0.204 --
obs0.207 20909 71.4 %
all-23539 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→42.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6560 0 0 370 6930
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116738
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4749168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7892394
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1041028
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061158
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11L786X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
121786X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.063
21L814X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
221814X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.114
31H933X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
322933X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.081
41H731X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
422731X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4923-2.60580.3014490.20571128X-RAY DIFFRACTION29
2.6058-2.74310.3162990.22461711X-RAY DIFFRACTION44
2.7431-2.91490.33851420.22672685X-RAY DIFFRACTION69
2.9149-3.13990.30171710.2483189X-RAY DIFFRACTION82
3.1399-3.45580.33951660.2293407X-RAY DIFFRACTION87
3.4558-3.95550.27071580.20913384X-RAY DIFFRACTION86
3.9555-4.98230.21481720.15843498X-RAY DIFFRACTION89
4.9823-42.4960.21291810.18153399X-RAY DIFFRACTION86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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